IFN-α亞型在流感病毒感染中的差異性表達
發(fā)布時間：2021-01-17 09:48
流感病毒感染后上皮細胞和免疫細胞通過模式識別受體識別流感病毒,通過釋放包括IFN-α和IFN-β在內(nèi)的I型干擾素和各種細胞因子,促進固有免疫系統(tǒng)的抗病毒反應(yīng)。但是過度釋放的細胞因子可能誘導(dǎo)產(chǎn)生細胞因子風(fēng)暴,造成急性肺損傷。流感病毒感染所誘發(fā)的急性肺損傷被認為與其誘導(dǎo)的Ⅰ型干擾素（尤其IFN-α）關(guān)系密切。IFN-α有多種亞型,人有13種,小鼠有14種。已有研究證明不同病毒感染誘導(dǎo)產(chǎn)生的IFN-α亞型不相同,目前流感病毒感染中IFN-α亞型的表達差異尚不明確。為了探索IFN-α亞型在流感病毒感染中的差異性表達,我們首先通過生物信息學(xué)分析篩選IFN-α亞型;隨后使用體外流感病毒感染人和小鼠上皮細胞、單核/巨噬細胞及流感病毒感染小鼠模型,檢測流感病毒感染后IFN-α亞型及相關(guān)轉(zhuǎn)錄因子m RNA的表達水平;最后克隆表達IFN-α21亞型重組蛋白,初步探究其生物學(xué)活性。本研究為流感病毒感染引發(fā)免疫損傷的防治提供了實驗基礎(chǔ)。
【文章來源】：吉林大學(xué)吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】：81 頁
【學(xué)位級別】：碩士
【部分圖文】：
干擾素調(diào)節(jié)因子的激活和I型干擾素正反饋調(diào)節(jié)作用[53]
吉林大學(xué)碩士學(xué)位論文82.2.4IFN-α亞型的啟動子分析使用GeneCopoeia（https://www.genecopoeia.com）獲取各IFN-α亞型啟動子序列，并在啟動子上找尋IRF、NF-κB轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點序列，在啟動子相應(yīng)位置進行標記。2.3結(jié)果2.3.1IFN-α亞型氨基酸序列及堿基序列比對由于人和小鼠的IFN-α都有多種亞型，我們分別對人和小鼠IFN-α亞型的氨基酸序列和編碼基因堿基序列比對。2.3.1.1人IFN-α亞型氨基酸序列及編碼基因堿基序列比對我們對人IFN-α亞型之間的氨基酸序列和編碼基因堿基序列分別進行了比對，結(jié)果如下：（1）人IFN-α不同亞型之間的氨基酸序列比對為了確定IFN-α亞型之間的氨基酸序列是否存在差異，我們使用DNAMAN對人IFN-α各亞型氨基酸序列進行比對，發(fā)現(xiàn)各IFN-α亞型的氨基酸同源性高達88.46%，其中已經(jīng)應(yīng)用于臨床的IFNA2型比較特殊，在第68位缺少一個甘氨酸（Glycine,G），其他各亞型的氨基酸序列無法完全區(qū)分（如圖2.1所示）。這說明在蛋白質(zhì)水平上區(qū)分不同IFN-α亞型的表達情況是不可能的。圖2.1人IFN-α不同亞型氨基酸序列的比對結(jié)果Fig2.1ComparisonresultsofaminoacidsequencesofdifferentsubtypesofhumanIFN-α（2）人IFN-α不同亞型編碼基因的堿基序列比對由于人IFN-α不同亞型氨基酸序列無法完全區(qū)分，因此，我們分析了IFN-α各亞型編碼基因的堿基序列。結(jié)果發(fā)現(xiàn)：人IFN-α各亞型的編碼基因堿基序列的同源性更高，為93.45%。
第二章IFN-α亞型生物信息學(xué)分析9但當對位置進行比對時，我們發(fā)現(xiàn)各亞型間的序列差異還是很大的（如圖2.2所示），連續(xù)超過20bp完全相同的序列只在第490-520的位置，其余序列均無法找到連續(xù)20bp以上完全相同的序列。這提示在mRNA水平上通過設(shè)計特定序列引物是可以區(qū)分不同IFN-α亞型的，這為后續(xù)以qRT-PCR分析不同IFN-α亞型的表達水平奠定了基矗圖2.2人IFN-α不同亞型編碼基因堿基序列的比對結(jié)果Fig2.2ComparisonresultsofbasesequencesofdifferentsubtypesofhumanIFN-α2.3.1.2小鼠IFN-α亞型氨基酸序列及編碼基因堿基序列比對我們對小鼠IFN-α亞型之間的氨基酸序列和編碼基因堿基序列分別比對，結(jié)果如下：（1）小鼠IFN-α亞型氨基酸序列比對同上，我們對小鼠的IFN-α亞型的氨基酸序列也進行了比對分析，結(jié)果發(fā)現(xiàn)：小鼠IFN-α亞型氨基酸序列同源性為89.49%，其中Ifna4尤為特殊，在第19位氨基酸較其他亞型多一個丙氨酸（Alanine，A），第125至129位缺少五個氨基酸。其他各亞型的氨基酸序列無法完全區(qū)分（圖2.3）。這提示在蛋白質(zhì)水平上是無法區(qū)分小鼠IFN-α亞型的。
本文編號：2982639
【文章來源】：吉林大學(xué)吉林省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
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【學(xué)位級別】：碩士
【部分圖文】：
干擾素調(diào)節(jié)因子的激活和I型干擾素正反饋調(diào)節(jié)作用[53]
吉林大學(xué)碩士學(xué)位論文82.2.4IFN-α亞型的啟動子分析使用GeneCopoeia（https://www.genecopoeia.com）獲取各IFN-α亞型啟動子序列，并在啟動子上找尋IRF、NF-κB轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點序列，在啟動子相應(yīng)位置進行標記。2.3結(jié)果2.3.1IFN-α亞型氨基酸序列及堿基序列比對由于人和小鼠的IFN-α都有多種亞型，我們分別對人和小鼠IFN-α亞型的氨基酸序列和編碼基因堿基序列比對。2.3.1.1人IFN-α亞型氨基酸序列及編碼基因堿基序列比對我們對人IFN-α亞型之間的氨基酸序列和編碼基因堿基序列分別進行了比對，結(jié)果如下：（1）人IFN-α不同亞型之間的氨基酸序列比對為了確定IFN-α亞型之間的氨基酸序列是否存在差異，我們使用DNAMAN對人IFN-α各亞型氨基酸序列進行比對，發(fā)現(xiàn)各IFN-α亞型的氨基酸同源性高達88.46%，其中已經(jīng)應(yīng)用于臨床的IFNA2型比較特殊，在第68位缺少一個甘氨酸（Glycine,G），其他各亞型的氨基酸序列無法完全區(qū)分（如圖2.1所示）。這說明在蛋白質(zhì)水平上區(qū)分不同IFN-α亞型的表達情況是不可能的。圖2.1人IFN-α不同亞型氨基酸序列的比對結(jié)果Fig2.1ComparisonresultsofaminoacidsequencesofdifferentsubtypesofhumanIFN-α（2）人IFN-α不同亞型編碼基因的堿基序列比對由于人IFN-α不同亞型氨基酸序列無法完全區(qū)分，因此，我們分析了IFN-α各亞型編碼基因的堿基序列。結(jié)果發(fā)現(xiàn)：人IFN-α各亞型的編碼基因堿基序列的同源性更高，為93.45%。
第二章IFN-α亞型生物信息學(xué)分析9但當對位置進行比對時，我們發(fā)現(xiàn)各亞型間的序列差異還是很大的（如圖2.2所示），連續(xù)超過20bp完全相同的序列只在第490-520的位置，其余序列均無法找到連續(xù)20bp以上完全相同的序列。這提示在mRNA水平上通過設(shè)計特定序列引物是可以區(qū)分不同IFN-α亞型的，這為后續(xù)以qRT-PCR分析不同IFN-α亞型的表達水平奠定了基矗圖2.2人IFN-α不同亞型編碼基因堿基序列的比對結(jié)果Fig2.2ComparisonresultsofbasesequencesofdifferentsubtypesofhumanIFN-α2.3.1.2小鼠IFN-α亞型氨基酸序列及編碼基因堿基序列比對我們對小鼠IFN-α亞型之間的氨基酸序列和編碼基因堿基序列分別比對，結(jié)果如下：（1）小鼠IFN-α亞型氨基酸序列比對同上，我們對小鼠的IFN-α亞型的氨基酸序列也進行了比對分析，結(jié)果發(fā)現(xiàn)：小鼠IFN-α亞型氨基酸序列同源性為89.49%，其中Ifna4尤為特殊，在第19位氨基酸較其他亞型多一個丙氨酸（Alanine，A），第125至129位缺少五個氨基酸。其他各亞型的氨基酸序列無法完全區(qū)分（圖2.3）。這提示在蛋白質(zhì)水平上是無法區(qū)分小鼠IFN-α亞型的。
本文編號：2982639
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