發(fā)布時(shí)間：2020-12-22 01:43

　　目的:挖掘肝細(xì)胞癌基因芯片數(shù)據(jù),篩選出肝細(xì)胞癌相關(guān)的易感生物靶點(diǎn)分子,初步探索肝細(xì)胞癌發(fā)生發(fā)展過程中的生物功能富集通路,構(gòu)建肝細(xì)胞癌的疾病模塊并進(jìn)行功能分析,為肝細(xì)胞癌患者的病因研究與早期診斷提供依據(jù)。方法:（1）從GEO數(shù)據(jù)庫中檢索出肝細(xì)胞癌基因芯片數(shù)據(jù)集GSE14520,數(shù)據(jù)來自平臺(tái)GPL3921。該數(shù)據(jù)集為人類來源的全基因組RNA表達(dá)芯片,共選取225例肝細(xì)胞癌組織標(biāo)本和220例癌旁正常組織標(biāo)本進(jìn)行后續(xù)研究。（2）利用GEO2R在線分析平臺(tái)對(duì)基因芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化處理,以|log₂FC|>1、P.adjust<0.05為標(biāo)準(zhǔn)篩選肝細(xì)胞癌差異表達(dá)基因。（3）利用DAVID在線分析工具對(duì)篩選出的前250位肝細(xì)胞癌差異表達(dá)基因進(jìn)行GO功能富集分析和KEGG通路富集分析。（4）應(yīng)用String在線分析平臺(tái)構(gòu)建差異表達(dá)基因的蛋白-蛋白交互作用網(wǎng)絡(luò),并利用Cytoscape3.6.1軟件對(duì)蛋白交互作用網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行可視化分析,使用Cytoscape軟件中的MCODE應(yīng)用程序?qū)Φ鞍捉换プ饔镁W(wǎng)絡(luò)進(jìn)行疾病模塊化分析,利用DAVID在線分析平臺(tái)對(duì)疾病模塊中的差異基因進(jìn)行生... 

【文章來源】：湖南師范大學(xué)湖南省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：79 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

基因芯片數(shù)據(jù)歸一化處理箱線圖

肝細(xì)胞癌差異表達(dá)基因的蛋白-蛋白交互作用網(wǎng)絡(luò)圖

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本文編號(hào)：2930904