本文關(guān)鍵詞：大熊貓和林麝糞便中細(xì)菌和古菌結(jié)構(gòu)組成研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：本研究選取5只圈養(yǎng)的健康成年大熊貓和5只健康林麝作為試驗(yàn)動(dòng)物,收集它們?cè)诔匡暻芭懦龅男迈r糞便,利用高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)比研究了大熊貓和林麝腸道細(xì)菌和古菌的組成。提取大熊貓和林麝糞便中微生物總DNA,以糞便中微生物總DNA為模板,選用細(xì)菌特異性引物對(duì)515F(5'-GTGCCAGCMGCCGCGGTAA-3')和806R(5'-GGACTAC VSGGGTATCTAAT-3')、古菌特異性引物對(duì)A349F (5'-GYGCASCAGKCGMGAAW-3')和A806R(5'-GGACTACVSGGGTATCTAAT-3'),針對(duì)細(xì)菌的16S rRNA可變區(qū)V3-V4區(qū)域、古菌16SrRNA V4-V5區(qū)域分別擴(kuò)增30bp、500bp左右的片段,所得產(chǎn)物用2%瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)后,用AxyPrepDNA凝膠回收試劑盒切膠回收。將PCR產(chǎn)物送上海美吉生物醫(yī)藥科技有限公司和深圳千年盛世基因科技有限公司,用Illumina公司的MiSeq 250PE測(cè)序平臺(tái)和MiSeq 300PE測(cè)序平臺(tái)進(jìn)行測(cè)序。通過對(duì)測(cè)序所得的序列進(jìn)行質(zhì)控和過濾,再進(jìn)行OTU聚類分析和物種分類學(xué)分析。最終得出的結(jié)果如下所示：(1)大熊貓和林麝糞便中分別檢測(cè)出16門、21門細(xì)菌,其中兩種動(dòng)物糞便中共享的細(xì)菌有13門,大熊貓糞便中優(yōu)勢(shì)菌門是變形菌門(Proteobacteria) (74.46%)、厚壁菌門(Firmicutes)(15.66%),林麝糞便中優(yōu)勢(shì)菌門是厚壁菌門(Firmicutes)(51.53%)、擬桿菌門(Bacteroidetes) (34.69%)。在屬水平上,大熊貓和林麝糞便中優(yōu)勢(shì)細(xì)菌存在很大差異,前者的優(yōu)勢(shì)菌屬是埃希氏桿菌屬/志賀氏菌(Escherichia/ Shigella) (49.84%)和腸桿菌科(Enterobacteriaceae; Other) (13.73%),后者的優(yōu)勢(shì)菌屬是瘤胃菌科(Ruminococcaceae; other) (15.10%)、梭菌目(Clostridiales; other)(14.17%),且這四個(gè)屬在大熊貓和林麝糞便中的豐度差異顯著(P0.01)。(2)大熊貓糞便中泉古菌門(Crenarchaeota)的豐度高于廣古菌門(Euryarchaeota)。在屬水平上,大熊貓糞便中優(yōu)勢(shì)古菌屬是熱變形菌綱(Thermoprotei; unclassified)(57.91%)和甲烷短桿菌屬(Methanobrevibacter) (18.35%),林麝糞便中優(yōu)勢(shì)古菌屬是甲烷短桿菌屬(Methanobrevibacter) (73.18%)和熱變形菌綱(Thermoprotei; unclassified) (12.01%)。甲烷短桿菌屬(Methanobrevibacter) (P=0.010)和甲烷球形菌屬(Methanosphaera) (P=0.048)在大熊貓和林麝糞便中的豐度差異顯著。
【關(guān)鍵詞】：大熊貓 林麝 細(xì)菌 古菌 產(chǎn)甲烷菌 高通量測(cè)序技術(shù)
【學(xué)位授予單位】：四川農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：S852.6
【目錄】：

• 摘要5-6
• Abstract6-8
• 縮寫詞表8-12
• 第一章 文獻(xiàn)綜述12-22
• 1. 腸道細(xì)菌的研究進(jìn)展12-14
• 1.1. 腸道細(xì)菌的組成與分布12
• 1.2. 腸道細(xì)菌的作用12-14
• 1.2.1. 腸道細(xì)菌影響宿主的營(yíng)養(yǎng)代謝12-13
• 1.2.2. 腸道細(xì)菌影響宿主的免疫13-14
• 1.3. 影響腸道細(xì)菌多樣性的因素——品種因素14
• 2. 腸道古菌的研究進(jìn)展14-18
• 2.1. 古菌和產(chǎn)甲烷菌14-15
• 2.2. 動(dòng)物源CH_4排放現(xiàn)狀15-16
• 2.3. 動(dòng)物胃腸道CH_4產(chǎn)生機(jī)制及減排技術(shù)16-18
• 2.3.1. 動(dòng)物胃腸道CH_4產(chǎn)生機(jī)制16-17
• 2.3.2. 減排技術(shù)17-18
• 2.4. 影響腸道古菌多樣性的因素——品種因素18
• 3. 大熊貓和林麝腸道微生物研究概況18-20
• 3.1. 大熊貓腸道微生物研究概況18-19
• 3.2 林麝腸道微生物研究概況19-20
• 4. 高通量測(cè)序技術(shù)20-21
• 4.1. 高通量測(cè)序技術(shù)的簡(jiǎn)介20
• 4.2. 高通量測(cè)序技術(shù)的應(yīng)用20
• 4.3. 高通量測(cè)序技術(shù)的優(yōu)缺點(diǎn)20-21
• 5. 有待研究的問題21-22
• 第二章 本研究的目的意義、研究?jī)?nèi)容22-23
• 1. 本研究的目的和意義22
• 2. 研究?jī)?nèi)容22-23
• 第三章 試驗(yàn)研究23-52
• 1. 試驗(yàn)材料23-24
• 1.1. 試驗(yàn)動(dòng)物23
• 1.2. 樣品收集23
• 1.3. 試劑23
• 1.4. 儀器及用品23-24
• 1.5. PCR引物24
• 1.6. 數(shù)據(jù)分析軟件及所用數(shù)據(jù)庫(kù)24
• 2. 試驗(yàn)步驟24-27
• 2.1. 糞便樣品微生物總DNA的提取24-26
• 2.2. 16S rRNA V3-V4區(qū)PCR擴(kuò)增和測(cè)序26-27
• 2.2.1. PCR擴(kuò)增26
• 2.2.2. 熒光定量26
• 2.2.3. Miseq文庫(kù)構(gòu)建26-27
• 2.2.4. Miseq測(cè)序27
• 3. 數(shù)據(jù)處理27-30
• 3.1. 原始數(shù)據(jù)樣品區(qū)分與統(tǒng)計(jì)27
• 3.2. 數(shù)據(jù)優(yōu)化與統(tǒng)計(jì)27-28
• 3.3. OTU分析28
• 3.4. α多樣性分析28-29
• 3.4.1. Shannon指數(shù)29
• 3.4.2. ChaoI指數(shù)29
• 3.4.3. The Observed Species指數(shù)29
• 3.5. 分類學(xué)分析29-30
• 3.6. 優(yōu)勢(shì)菌群比較分析30
• 4. 結(jié)果與分析30-46
• 4.1. 細(xì)菌的結(jié)果30-36
• 4.1.1. 測(cè)序數(shù)據(jù)序列信息統(tǒng)計(jì)30
• 4.1.2. α多樣性分析結(jié)果30-32
• 4.1.3. 樣品物種組成分析32-35
• 4.1.4. 兩種動(dòng)物糞便中優(yōu)勢(shì)細(xì)菌的比較35-36
• 4.2. 古菌的結(jié)果36-46
• 4.2.1. 數(shù)據(jù)序列信息統(tǒng)計(jì)36-37
• 4.2.2. α多樣性分析結(jié)果37-39
• 4.2.3. 古菌的組成分析39-44
• 4.2.4 兩種動(dòng)物糞便中優(yōu)勢(shì)古菌的比較44-46
• 5. 討論46-50
• 5.1. 高通量測(cè)序技術(shù)研究腸道菌群的優(yōu)缺點(diǎn)46-47
• 5.2. 大熊貓和林麝糞便中細(xì)菌組成分析47-49
• 5.3. 大熊貓和林麝糞便中古菌組成分析49-50
• 6. 小結(jié)50-52
• 第四章 全文結(jié)論及展望52-53
• 1. 全文結(jié)論52
• 2. 展望52-53
• 參考文獻(xiàn)53-63
• 致謝63

【相似文獻(xiàn)】

中國(guó)期刊全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 朱靖;關(guān)于大熊貓分類地位的討論[J];動(dòng)物學(xué)報(bào);1974年02期

2 裴文中;大熊貓發(fā)展簡(jiǎn)史[J];動(dòng)物學(xué)報(bào);1974年02期

3 文煥然,何業(yè)恒;近五千年來豫鄂湘川間的大熊貓[J];西南師范學(xué)院學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版);1981年01期

4 胡錦矗;;大熊貓的生物學(xué)[J];科學(xué);1986年03期

5 劉天成;高晉蜀;黃楠;郭黎康;李學(xué)寧;王錦;唐建華;張忠慧;鄭惠珍;袁蓉;黃浩云;李成渝;彭樺;陳莉;;大熊貓文獻(xiàn)通報(bào)[J];南充師院學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版);1987年02期

6 楊楓;;大熊貓的近況與未來[J];化石;1987年04期

7 胡錦矗;;大熊貓的研究史略與分類地位[J];生物學(xué)通報(bào);1990年05期

8 張俊范,鄧昕,李如嘉;大熊貓的演變過程和原因的探討[J];四川動(dòng)物;1993年03期

9 胡錦矗;1990～1994年大熊貓的研究進(jìn)展[J];四川師范學(xué)院學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版);1996年03期

10 侯一民;大熊貓向人類襲擊[J];南風(fēng)窗;1996年02期

中國(guó)重要報(bào)紙全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 譚薇;大熊貓“挑食”之謎[N];第一財(cái)經(jīng)日?qǐng)?bào);2009年

2 記者 周琦;大熊貓成為人類自然遺產(chǎn)[N];雅安日?qǐng)?bào);2010年

3 蔡曉蕓;“活化石”真情守護(hù)者[N];華東旅游報(bào);2006年

4 實(shí)習(xí)生 曹旭超;大熊貓是熊還是貓？[N];科技日?qǐng)?bào);2007年

5 本報(bào)記者 趙天偉　鄒海榮;冶勒大熊貓種群正繁衍壯大[N];涼山日?qǐng)?bào)(漢);2010年

6 實(shí)習(xí)記者 嚴(yán)玉琳　記者 高曉軍;像愛護(hù)眼睛一樣 愛護(hù)大熊貓品牌[N];雅安日?qǐng)?bào);2010年

7 記者　張勇;島內(nèi)民眾失望：熊貓不是“政治玩偶”[N];新華每日電訊;2006年

8 本報(bào)記者 童光來;大熊貓吃竹子之謎有望破解[N];北京科技報(bào);2004年

9 本報(bào)記者 陳圣強(qiáng)　劉錦;研究棕色“活化石”,發(fā)現(xiàn)更多生命秘密[N];陜西日?qǐng)?bào);2009年

10 本報(bào)記者 蔡玉冰;熊貓其實(shí)有點(diǎn)“兇”[N];廣東科技報(bào);2012年

中國(guó)博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前5條

1 嚴(yán)旬;大熊貓自然保護(hù)區(qū)體系研究[D];北京林業(yè)大學(xué);2005年

2 何東陽;大熊貓取食竹選擇、消化率及營(yíng)養(yǎng)和能量對(duì)策的研究[D];北京林業(yè)大學(xué);2010年

3 冉江洪;小相嶺大熊貓種群生態(tài)學(xué)和保護(hù)策略研究[D];四川大學(xué);2004年

4 侯新東;我國(guó)華南地區(qū)大熊貓系統(tǒng)演化與遺傳多樣性的古DNA研究[D];中國(guó)地質(zhì)大學(xué);2014年

5 胡細(xì)連;大熊貓等瀕危動(dòng)物IGF-Ⅰ基因的克隆、表達(dá)與組織分布研究[D];浙江大學(xué);2005年

中國(guó)碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫(kù) 前10條

1 孫欣;歷史時(shí)期川渝鄂地區(qū)大熊貓的分布及其變遷[D];陜西師范大學(xué);2008年

2 馮志儒;馬邊大風(fēng)頂自然保護(hù)區(qū)大熊貓生境適宜性評(píng)價(jià)[D];東北林業(yè)大學(xué);2015年

3 楊婭楠;基于森林結(jié)構(gòu)遙感反演的大熊貓生境適宜性評(píng)價(jià)[D];云南師范大學(xué);2015年

4 徐誼英;大熊貓和林麝糞便中細(xì)菌和古菌結(jié)構(gòu)組成研究[D];四川農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

5 杜有順;武漢動(dòng)物園大熊貓飼養(yǎng)管理與疾病防治研究[D];華中農(nóng)業(yè)大學(xué);2008年

6 郭海燕;人類干擾對(duì)王朗自然保護(hù)區(qū)大熊貓及其棲息地的影響[D];四川大學(xué);2003年

7 劉磊;提高大熊貓（Ailuropoda melanoleuca）初生幼仔免疫力前期研究[D];四川農(nóng)業(yè)大學(xué);2004年

8 高潔;大熊貓運(yùn)動(dòng)和齒系骨骼系統(tǒng)功能形態(tài)學(xué)分析及所反映的環(huán)境學(xué)問題[D];西北大學(xué);2006年

9 趙鵬鵬;雌性大熊貓繁殖期尿中雌二醇、孕酮水平變化的研究[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2012年

10 何蔚;王朗和寶興大熊貓遺傳多樣性的微衛(wèi)星分析[D];四川大學(xué);2007年

  本文關(guān)鍵詞：大熊貓和林麝糞便中細(xì)菌和古菌結(jié)構(gòu)組成研究，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號(hào)：263882