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Seq數(shù)據(jù)識別神經(jīng)母細(xì)胞瘤中的環(huán)形RNA.pdf 免費在線閱讀前50頁

發(fā)布時間:2016-10-31 11:00

  本文關(guān)鍵詞:基于RNA-Seq數(shù)據(jù)識別神經(jīng)母細(xì)胞瘤中的環(huán)形RNA,由筆耕文化傳播整理發(fā)布。


網(wǎng)友Alphago近日為您收集整理了關(guān)于基于RNA-Seq數(shù)據(jù)識別神經(jīng)母細(xì)胞瘤中的環(huán)形RNA的文檔,希望對您的工作和學(xué)習(xí)有所幫助。以下是文檔介紹:中圖分類號:TP391論文編號:102870315-S212學(xué)科分類號:083100碩士學(xué)位論文基于RNA-Seq數(shù)據(jù)識別神經(jīng)母細(xì)胞瘤中的環(huán)形RNA研究生姓名陳峂學(xué)科、專業(yè)生物醫(yī)學(xué)工程研究方向生物醫(yī)學(xué)智能信息處理技術(shù)指導(dǎo)教師宋曉峰教授南京航空航天大學(xué)研究生院自動化學(xué)院二О一五年一月Nanjing University of Aeronautics and AstronauticsThe Graduate SchoolCollege of Automation EngineeringIdentification of circular RNAs in human neuroblastomabased on RNA-Seq dataA Thesis inBiomedical intelligent informationprocessingbyChen TongAdvised byProf.Song Xiao-fengSubmitted in Partial Fulfillmentof the Requirementsfor the Degree ofMaster of EngineeringJanuary, 2015承諾書本人聲明所呈交的碩士學(xué)位論文是本人在導(dǎo)師指導(dǎo)下進行的研究工作及取得的研究成果。除了文中特別加以標(biāo)注和致謝的地方外,論文中不包含其他人已經(jīng)發(fā)表或撰寫過的研究成果,也不包含為獲得南京航空航天大學(xué)或其他教育機構(gòu)的學(xué)位或證書而使用過的材料。本人授權(quán)南京航空航天大學(xué)可以將學(xué)位論文的全部或部分內(nèi)容編入有關(guān)數(shù)據(jù)庫進行檢索,可以采用影印、縮印或掃描等復(fù)制手段保存、匯編學(xué)位論文。(保密的學(xué)位論文在解密后適用本承諾書)作者簽名:日期:南京航空航天大學(xué)碩士學(xué)位論文I摘要環(huán)形RNA(circRNA)是細(xì)胞內(nèi)一類非常特別的RNA,它來自外顯子異常剪切,即一個來自下游的剪切片段和來自上游的剪切片段非常規(guī)地結(jié)合成為環(huán)形。不同于線性RNA的是,circRNA是通過共價結(jié)合形成的環(huán)形RNA,并且這種環(huán)形相比其線性結(jié)構(gòu)更加穩(wěn)定。在經(jīng)典的RNA測序中,由于環(huán)形RNA的末端結(jié)合在了一起,導(dǎo)致環(huán)形RNA缺少經(jīng)典RNA測序的重要特征分子“尾巴結(jié)構(gòu)”,因此這些環(huán)形RNA在過去的測序中并未引起普遍關(guān)注。但是新興的生物信息學(xué)方法的發(fā)展以及深度測序技術(shù)的大量應(yīng)用讓更多的研究都聚焦在環(huán)形RNA上。已有研究顯示環(huán)形RNA與基因轉(zhuǎn)錄后調(diào)控有密切聯(lián)系,關(guān)于環(huán)形RNA更多的功能仍有待探索。因此環(huán)形RNA的鑒別對于理解復(fù)雜基因表達(dá)中的調(diào)控以及細(xì)胞功能的分子機制都有著極其重要的意義。在這篇論文里,重點是研究神經(jīng)母細(xì)胞瘤的環(huán)形RNA鑒別以及相關(guān)生物統(tǒng)計分析。具體工作如下:我們對目前學(xué)術(shù)界流行的高通量測序技術(shù)和相關(guān)比對工具進行了全面深入的比較和分析,開發(fā)了一種生物信息學(xué)的計算方法來識別人類神經(jīng)母細(xì)胞瘤中的環(huán)形RNA。選取神經(jīng)母細(xì)胞瘤的四類細(xì)胞系CHLA、COG、SK-N-BE以及SMS的高通量RNA-seq測序結(jié)果作為數(shù)據(jù)處理對象。利用已注釋的人類外顯子邊界序列構(gòu)建“錯序外顯子-外顯子連接數(shù)據(jù)庫”。我們通過Bowtie2二代測序數(shù)據(jù)分析工具,將RNA-seq雙端數(shù)據(jù)分別與ENSEMBL人類hg19全基因組參考序列以及“錯序外顯子-外顯子連接數(shù)據(jù)庫”進行兩次比對。實驗測序結(jié)果以及生物信息處理方法帶來的誤差可能會使得結(jié)果集中存在假陽性的環(huán)形轉(zhuǎn)錄本。因此我們利用統(tǒng)計學(xué)理論并使用使用R語言編程對候選數(shù)據(jù)集進行假陽性(FDR)控制。利用候選數(shù)據(jù)集中讀片段分別構(gòu)建空分布和待檢驗分布,將FDR控制在閾值以下。并對結(jié)果進行去冗余篩選與整理,我們對神經(jīng)母細(xì)胞瘤的14個樣本的環(huán)形RNA做了相關(guān)鑒定。最后,對找到的環(huán)形RNA作相關(guān)生物統(tǒng)計分析。我們發(fā)現(xiàn),藥物對于染色體上環(huán)形RNA的數(shù)量有顯著影響,而對于母基因上環(huán)形RNA變體的數(shù)量影響不大;基因上環(huán)形RNA亞型的剪接位點大多數(shù)與基因的剪接位點是一致的。此外我們對能夠轉(zhuǎn)錄出環(huán)形RNA的基因做了GO分析,探究形成環(huán)的基因參與形成的蛋白質(zhì)在相關(guān)生物過程,分子功能以及細(xì)胞組件中的作用。關(guān)鍵詞:環(huán)形RNA,神經(jīng)瘤母細(xì)胞,高通量測序,序列比對,假陽性基于RNA-Seq數(shù)據(jù)識別神經(jīng)母細(xì)胞瘤中的環(huán)形RNAII南京航空航天大學(xué)碩士學(xué)位論文IIIABSTRACTCircular RNA(or circRNA), arespecial molecules that contain exons fromunusual splicing results–a downstream splice donorunconventionallyspliced to an upstream splice acceptor site.Unlike linear RNA, circRNA is formedby a covalently closed continuous loopwhich has been proved to be more stablethan associated linear mRNAs.With the end of circRNA joiningtogether, circular RNA lack important characteristic molecular ‘tails’.Thus they have generally been overlookedin typical RNA-sequencing. Now, with the development of new bioinformatic approaches and deep sequencing techniques, more and more researches focus onstudies of circular RNA species. Recent studies have revealed that circRNAs involve in regulating gene expression post-transcriptionally. Besides, many other functions of circRNAs are still unknown.Therefore identification of circular RNAis essential prehensively understanding itsregulating function plex gene expressionsystemand the molecularmechanisms of cell functions. Neuroblastoma (NB) is the mon extracranial solid cancer in childhood and the mon cancer in infancy. In this thesis, our emphasis is plac

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本文編號:159761

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