本文關(guān)鍵詞：應(yīng)用于珙桐基因表達(dá)定量分析的內(nèi)參基因的篩選及驗(yàn)證　出處：《中南林業(yè)科技大學(xué)》2017年碩士論文　論文類型：學(xué)位論文

  更多相關(guān)文章： 實(shí)時(shí)熒光定量PCR 轉(zhuǎn)錄組 內(nèi)參基因 BADH基因 CAC基因 珙桐

【摘要】：實(shí)時(shí)熒光定量PCR(qPCR)技術(shù)具有靈敏度高、特異性強(qiáng)、重復(fù)性好、高通量等優(yōu)點(diǎn),廣泛應(yīng)用于基因表達(dá)分析研究中。選擇合適的內(nèi)參基因是運(yùn)用qPCR技術(shù)準(zhǔn)確分析目標(biāo)基因表達(dá)量變化的重要前提。哄桐(Davidia involucrata Baill.)是國(guó)家I級(jí)保護(hù)植物,具有極高的觀賞價(jià)值與科學(xué)研究?jī)r(jià)值。目前,對(duì)珙桐的基因表達(dá)分析研究日益增多,但有關(guān)內(nèi)參基因的研究尚未見報(bào)道。本研究首次以珙桐作為材料,從珙桐果實(shí)與種子轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù)中選取了 8個(gè)常用管家基因18S rRNA(18S 核糖體 RNA)、ACT7(肌動(dòng)蛋白)、DNAJ(DnaJ 蛋白)、EF1a(轉(zhuǎn)錄延伸因子)、eIF(翻譯起始因子)、GAPDH(甘油醛-3-磷酸脫氫酶)、β-TUB(β微管蛋白基因)、UBQ(泛素蛋白)與7個(gè)新內(nèi)參基因B4DH(甜菜堿醛脫氫酶)、C4C(網(wǎng)格蛋白銜接蛋白復(fù)合物)、CSD(外被體蛋白δ亞基)、hnRNP(核內(nèi)不均一核糖蛋白)、PP2A(絲氨酸/蘇氨酸磷酸酯酶)、,SAND(Sand蛋白)、TIP41分子量為41 kDa的Tap42互作蛋白)作為候選內(nèi)參基因。運(yùn)用qPCR技術(shù)對(duì)15個(gè)候選內(nèi)參基因在珙桐7組不同類型樣本(營(yíng)養(yǎng)器官、生殖器官、不同顏色葉片、不同發(fā)育階段苞片、不同發(fā)育階段種子、正常種子與敗育種子、所有組織)中的表達(dá)量進(jìn)行測(cè)定,利用geNorm、NormFinder、BestKeeper3種軟件以及幾何平均值法對(duì)候選內(nèi)參基因的表達(dá)穩(wěn)定性進(jìn)行評(píng)價(jià),篩選出了適用于不同研究的珙桐內(nèi)參基因。為進(jìn)一步證明篩選結(jié)果的準(zhǔn)確性,在珙桐不同類型樣品中,分別利用目標(biāo)基因DiLTP、DiMYB1、DiLAC對(duì)部分內(nèi)參基因的表達(dá)穩(wěn)定性進(jìn)行了驗(yàn)證。最后,對(duì)珙桐中表達(dá)穩(wěn)定性好的兩個(gè)新內(nèi)參基因BADH、C4C進(jìn)行了克隆。通過(guò)以上研究,本文主要得到以下結(jié)論:1.不同珙桐組織樣品中內(nèi)參基因的表達(dá)穩(wěn)定性不同,而各自不同組織樣品中又有特定的表達(dá)相對(duì)穩(wěn)定的內(nèi)參基因。營(yíng)養(yǎng)器官樣品中,BADH、EF1α、hnRNP是表達(dá)穩(wěn)定性排名前三的基因,適合作為內(nèi)參基因;生殖器官樣品中,BADH、eIF、C4C是表達(dá)穩(wěn)定性排名前三的基因,適合作為內(nèi)參基因;不同顏色葉片樣品中,SAND、18SrRNA、eIF是表達(dá)穩(wěn)定性排名前三的基因,適合作為內(nèi)參基因;不同發(fā)育階段苞片樣品中,TIP41、C4C、CSD是表達(dá)穩(wěn)定性排名前三的基因,適合作為內(nèi)參基因;不同發(fā)育階段種子樣品中,C4C、CSD、BADH是表達(dá)穩(wěn)定性排名前三的基因,適合作為內(nèi)參基因;正常種子與敗育種子樣品中,SAND、C4C、eIF是表達(dá)穩(wěn)定性排名前三的基因,適合作為內(nèi)參基因;所有組織樣品中,BADH、C4C、DNAJ是表達(dá)穩(wěn)定性排名前三的基因,適合作為內(nèi)參基因。總之,所有候選內(nèi)參基因中,新內(nèi)參基因的表達(dá)穩(wěn)定性普遍優(yōu)于常用管家基因,其中新內(nèi)參基因BADH與CAC較管家基因表現(xiàn)更優(yōu)。2.基因表達(dá)分析中,內(nèi)參基因的表達(dá)穩(wěn)定性、表達(dá)量與選用數(shù)目都會(huì)對(duì)定量結(jié)果的準(zhǔn)確性產(chǎn)生影響。在珙桐基因表達(dá)研究中,應(yīng)當(dāng)根據(jù)具體的樣品類型和目標(biāo)基因,選擇在該試驗(yàn)條件下表達(dá)穩(wěn)定且表達(dá)量與目標(biāo)基因接近的內(nèi)參基因或內(nèi)參基因組合進(jìn)行校準(zhǔn),以提高定量結(jié)果的準(zhǔn)確性。3.珙桐新內(nèi)參基因BADH命名為DiBADH,登錄號(hào)KX655718,基因序列長(zhǎng)度966 bp,編碼322個(gè)氨基酸,氨基酸序列與茶樹BADH氨基酸序列的相似度最高;珙桐新內(nèi)參基因CAC命名為DiC4C,登錄號(hào)KX268525,基因序列長(zhǎng)度1317 bp,編碼438個(gè)氨基酸,氨基酸序列與葡萄、可可等植物的CAC氨基酸序列相似度最高。該研究為在珙桐中合理選用內(nèi)參基因以及準(zhǔn)確進(jìn)行基因表達(dá)分析提供了理論基礎(chǔ),也為在其它植物中開發(fā)新內(nèi)參基因資源提供了參考依據(jù)。
[Abstract]:......
【學(xué)位授予單位】：中南林業(yè)科技大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號(hào)】：S792.99;Q943.2

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本文編號(hào)：1354818