本文關(guān)鍵詞：芒和荻葉綠體DNA全基因組測序分析及InDel標(biāo)記的開發(fā)

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【摘要】：芒屬植物是高大直立的多年生禾本科C4類植物,因其生物質(zhì)產(chǎn)量高、適應(yīng)性廣和抗逆性強(qiáng)等特點(diǎn)而被視為是一種最具開發(fā)利用潛力的能源植物之一。芒屬植物葉綠體DNA全基因組相對于核基因組具有高度的保守性,基因的編碼區(qū)和非編碼區(qū)進(jìn)化速率不同,是各層次系統(tǒng)學(xué)研究的理想分子標(biāo)記。研究芒屬植物葉綠體DNA全基因組序列,并開發(fā)有效的葉綠體DNA分子標(biāo)記,對已有的芒屬材料資源正確分類和雜交育種工作具有重要的指導(dǎo)作用,也可以為開展芒屬的葉綠體基因工程奠定基礎(chǔ)。1、本研究中,采用全基因組鳥槍法測序策略及使用Illumina Hiseq2000測序系統(tǒng)對芒(C0430)和荻(A0117)的葉綠體DNA全基因組進(jìn)行測序,得到初步序列后,采用PCR測序的方法對2個(gè)種的葉綠體全基因組補(bǔ)洞和校正。試驗(yàn)得到141369 bp、 141133 bp的芒和荻的葉綠體體DNA全基因組序列。進(jìn)行了序列基本特征的分析,搜索到可能的SSR標(biāo)記位點(diǎn)337個(gè)和InDel標(biāo)記位點(diǎn)50個(gè)。2、利用其中12個(gè)InDel標(biāo)記位點(diǎn)兩側(cè)的序列設(shè)計(jì)12對引物。這些芒屬葉綠體InDel標(biāo)記在43個(gè)芒屬材料和2個(gè)甘蔗材料中能夠有效擴(kuò)增,其中5對引物具有種的特征。進(jìn)一步UPGMA聚類的結(jié)果顯示,荻和南荻遺傳距離近,而芒和五節(jié)芒親緣關(guān)系較近,在芒屬植物的分類研究中有實(shí)用價(jià)值。
【學(xué)位授予單位】：湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號(hào)】：S578;Q943.2

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本文編號(hào)：1191171