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赤潮生物的分子探針檢測方法及其應(yīng)用研究

發(fā)布時間:2020-05-17 00:06
【摘要】: 有害赤潮正成為越來越嚴(yán)重的全球性海洋災(zāi)害。本文針對目前赤潮藻分類鑒定和快速檢測方法中的不足,從最基本的檢測方法與技術(shù)的建立和優(yōu)化入手,對赤潮生物分類、鑒定中的形態(tài)學(xué)、化學(xué)分類學(xué)和分子分類學(xué)問題以及赤潮生物原位增長率測定等基礎(chǔ)性科學(xué)問題開展了研究,同時也在寡核苷酸、肽核酸和細(xì)胞凝集素3類探針的設(shè)計、篩選、驗證、開發(fā)等方面開展了系列研究,建立和發(fā)展了上述3類探針的檢測應(yīng)用技術(shù),并對這些探針進行了實驗室驗證和在現(xiàn)場樣品的檢測中進行了應(yīng)用。本文的主要研究內(nèi)容和結(jié)果包括以下幾個方面: 1.建立了赤潮監(jiān)測中樣品采集處理、分離和純化培養(yǎng)的技術(shù)體系;建立和優(yōu)化了裸甲藻(Gymnodinium)掃描電鏡觀察技術(shù)和環(huán)境樣品的掃描電鏡觀察方法;提出了庫爾特計數(shù)是相對簡便、快捷、準(zhǔn)確、可行的細(xì)胞計數(shù)方法;應(yīng)用基于反相高效液相色譜(HPLC)的光合色素分析技術(shù)及原位熒光激發(fā)光譜測定方法,得出不同類群浮游植物對不同的營養(yǎng)鹽限制存在不同響應(yīng)機制的結(jié)論;用熒光強度來監(jiān)測浮游植物生理狀態(tài)及營養(yǎng)狀態(tài)變化具有一定的可行性,HPLC和原位熒光兩種方法指示浮游植物的生理狀態(tài)存在一定差異。 2.基于光合色素分析的化學(xué)分類方法能從光合色素組成和比例上區(qū)分一些赤潮藻的不同屬、屬下不同種甚至同種的不同地理株系,并可為進一步鑒定和細(xì)分這些赤潮生物提供重要的分類依據(jù);用光合色素組成及其比值構(gòu)建的聚類分析能較好地反映赤潮生物間的親緣關(guān)系。用PCR產(chǎn)物分析的分子分類方法表明,基于18S rRNA序列檢測分析的變性梯度凝膠電泳(DGGE)技術(shù)分類精確度不高;rDNA序列分析相對可靠,尤其是針對轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)(ITS)的長度和序列分析以及基于28S rRNA的D_1、D_2區(qū)序列分析,可以提供相對準(zhǔn)確的分類信息,為設(shè)計分子探針提供了依據(jù);AP-PCR是以基因組的差異分析為基礎(chǔ),所以其分類信息較為豐富和全面;贗TS序列建立的系統(tǒng)進化樹能顯示Takayama pulchellum和相關(guān)屬的親緣關(guān)系;用核糖體大亞基序列建立的系統(tǒng)發(fā)育樹可把Karlodinium屬和Takayama屬區(qū)分開,但不能很好地把環(huán)溝藻屬(Gyrodinium)與其它藻區(qū)分開;用核糖體小亞基序列構(gòu)建的系統(tǒng)進化樹對近源種的分辯率較差。 3.根據(jù)核糖體大、小亞基的序列信息,針對中國廈門海域的微小原甲藻
【圖文】:

分子分類,適用于,方法,分子探針


廈門大學(xué)博士學(xué)位論文 侯建軍:赤潮生物的分子探針檢測方法及其應(yīng)用研究amplified fingerprints , DAF) 、 隨 機 擴 增 多 態(tài) 性 DNA(random amplifyingpolymorphism,RAPD)、擴增 rDNA 限制性酶切片斷分析方法(amplified ribosomalDNA restriction analysis,,ARDRA)以及變性梯度凝膠電泳(denaturing gradient geleletrophoresis,DGGE)等,這些分子分析技術(shù)廣泛地被應(yīng)用于對浮游植物進行生態(tài)學(xué)及分類學(xué)等研究(de Bruin et al.,2003;Qin et al.,2004;Groben et al.,2005)。但不同的分類方法適用于不同的分類水平(王愛杰等,2004)(圖 1)。

原理圖,寡核苷酸探針,原理圖,目標(biāo)


(Capture probe 和 Detection Probe),以 96 孔平板和寡核苷酸基因玻璃芯片(Chips)為載體,采用直接熒光或化學(xué)發(fā)光的檢測方式(CY3 染色或 APA 檢測或 TSA 信號放大)(見圖 1-2)。目前核酸檢測的 Sandwich 雜交主要基于四種固相支持平臺:1)磁珠;2)96 孔平板;3)玻片;4)膜。磁珠需要特定的磁分離儀器,而膜作為固相載體不適合長期保存。具體操作上,可將檢測板、簡易的細(xì)胞裂解液和雜交信號檢測試劑結(jié)合在一起形成赤潮檢測試劑盒,從而應(yīng)用于赤潮海域現(xiàn)場的實際監(jiān)測工作,根據(jù)具體效果與發(fā)現(xiàn)的問題可進一步完善檢測試劑盒及操作程序(Scholin eal.,1996)。上述檢測方法具有快速、簡便的特點,并能實現(xiàn)高通量和自動化,不受檢測環(huán)境的影響,對不同細(xì)胞周期的藻類甚至藻類的孢子也能直接進行檢測(Bolch,2001)。但這類方法的弱點在于,檢測中無法同時提供傳統(tǒng)的形態(tài)學(xué)特征作為驗證依據(jù),同時檢測信號、檢測限和樣品細(xì)胞數(shù)量關(guān)系的可靠性也值得進一步研究。
【學(xué)位授予單位】:廈門大學(xué)
【學(xué)位級別】:博士
【學(xué)位授予年份】:2006
【分類號】:X55

【引證文獻】

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前2條

1 邊梅;九龍江口的浮游植物群落以及主要產(chǎn)毒素赤潮種的變化[D];汕頭大學(xué);2011年

2 朱霞;應(yīng)用電致化學(xué)發(fā)光分子探針技術(shù)對微小原甲藻的檢測[D];中國海洋大學(xué);2011年



本文編號:2667574

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