整合性接合元件(ICE)是一種可自傳遞的移動遺傳元件(MGE)。整合性接合元件常賦予宿主細(xì)菌新的性狀,如耐藥性和致病性等。目前,SXT/R391 ICE是ICE數(shù)據(jù)庫中列出的最大的整合性接合元件,近幾年攜帶SXT/R391元件的細(xì)菌在臨床和環(huán)境中出現(xiàn)的頻率逐漸增高。它們已成為傳播眾多抗生素抗性基因的重要載體。隨著SXT/R391元件的增多,目前已經(jīng)積累了許多相關(guān)的研究,但這些研究主要集中在SXT/R391元件基因組結(jié)構(gòu)、基因功能、固定的分子機(jī)制等方面,有關(guān)SXT/R391元件進(jìn)化的系統(tǒng)研究報(bào)道很少。因此,為了更有效的應(yīng)對SXT/R391元件基因組進(jìn)化與傳播帶來的潛在威脅,我們對SXT/R391元件的基因組進(jìn)化、傳播擴(kuò)散規(guī)律展開了系統(tǒng)的研究。在本文的第一部分工作中,我們首先對現(xiàn)有的數(shù)據(jù)進(jìn)行有效的篩查,搜集和整理了83個獲得全基因組序列的SXT/R391元件。通過開發(fā)的預(yù)測SXT/R391元件的方法,預(yù)測到29個SXT/R391元件。之后對29個新元件和其所在基因組的GC含量、密碼子適應(yīng)性指數(shù)、有效密碼子數(shù)分析。結(jié)果發(fā)現(xiàn)海洋細(xì)菌菌株中攜帶的SXT/R391元件在上述核酸組成分指標(biāo)均與宿主的...

【文章頁數(shù)】：89 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖1所示，A）ICE被整合到染色體的一個位點(diǎn)中，并由右端（attR）和左端（attL）上的特定序列限制

軍事科學(xué)院碩士學(xué)位論文第2頁復(fù)制及加工模塊（replication/DNAprocessingmodule）、DNA分泌模塊（DNAsecretionmodule）和調(diào)控模塊（theregulationmodule）。整合與剪切模塊的主要功能是催化ICE特異性整合進(jìn)宿主染色體以及....

圖2SXT/R391元件的結(jié)構(gòu)示意圖

iT下游的mobI,為轉(zhuǎn)移過程必需基因,其功能與oriT識別有關(guān)。λRed-like的同源重組系統(tǒng)（bet/exo）負(fù)責(zé)SXT/R391元件間的重組，traG、eex則為編碼排斥系統(tǒng)的基因，用于阻止同一個宿主細(xì)胞再次獲得密切相關(guān)的同類ICE（稱之為進(jìn)入排斥）�；趀ex基因，SX....

圖1.1SXT/R391元件的菌屬分布

軍事科學(xué)院碩士學(xué)位論文第13頁pleuropneumoniaeMF490434107395France2012stoolsICEPmiFra1ProteusmirabilisMG01439391669China2011patientICESupCHN110003Shewanell....

圖1.229個新元件和其所在基因組的G+C含量示意圖

UCM-V493112512109,flgR,vasH,flgR,hspX,clpC,clpE,clpV1,clpB/vasG,bfpH1.3.3SXT/R391元件與其宿主的核酸組成分析研究發(fā)現(xiàn)由于選擇壓力的不同、突變的偏好性以及DNA修復(fù)相關(guān)的偏好性重組使不同的物種....

本文編號：3965764