蛋白質(zhì)是活細(xì)胞生命活動中最主要的載體,執(zhí)行著生物體內(nèi)各種重要功能。對蛋白質(zhì)功能進(jìn)行自動標(biāo)注是生物信息學(xué)領(lǐng)域的關(guān)鍵問題,也是后基因組時代的核心問題之一。準(zhǔn)確全面地對蛋白質(zhì)進(jìn)行功能標(biāo)注,不僅能幫助人們正確理解生命機(jī)理,而且對疾病分析、藥物研發(fā)、農(nóng)作物促產(chǎn)等研究領(lǐng)域都有著極大的促進(jìn)作用。基因本體(Gene Ontology,GO)是一種在蛋白質(zhì)功能預(yù)測中被廣泛使用的功能標(biāo)注數(shù)據(jù)庫。本體中包含多于45000個功能標(biāo)簽術(shù)語,但是一個蛋白質(zhì)僅被其中的幾個或者幾十個功能標(biāo)簽標(biāo)注,且這些標(biāo)簽間存在復(fù)雜的結(jié)構(gòu)關(guān)系,給蛋白質(zhì)功能預(yù)測工作帶來了巨大挑戰(zhàn)。本文結(jié)合基因本體建模及其降維學(xué)習(xí),進(jìn)行蛋白質(zhì)功能預(yù)測研究,主要工作如下:(1)提出一種基于基因本體圖哈希的蛋白質(zhì)功能預(yù)測方法(HashGO)。該方法首先利用基因本體圖結(jié)構(gòu)定義功能標(biāo)簽間的分類相似度,然后將該相似度結(jié)合到圖哈希技術(shù)中并優(yōu)化一系列哈希函數(shù),再以二進(jìn)制的形式編碼大規(guī)模的功能標(biāo)簽術(shù)語。其次,利用這些哈希函數(shù)將蛋白質(zhì)-功能標(biāo)簽關(guān)聯(lián)矩陣映射到低維哈�？臻g,基于海明距離計(jì)算蛋白質(zhì)之間的語義相似度。最后,HashGO基于語義近鄰蛋白質(zhì)的功能預(yù)測蛋白質(zhì)功能。在...

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【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖1-1本文中蛋白質(zhì)功能預(yù)測動機(jī)圖但是在巨大的功能標(biāo)簽空間中，一個蛋白質(zhì)僅被當(dāng)中的幾個或者幾十個標(biāo)注，大量的功能標(biāo)注信息是缺失的，這一現(xiàn)象給蛋白質(zhì)預(yù)測工作帶來一定的挑戰(zhàn)。而蛋白質(zhì)功能標(biāo)注信息對蛋白質(zhì)機(jī)理的解析，疾病機(jī)理分析與調(diào)控，相關(guān)藥物的研發(fā)，生物能源開發(fā)等具有極大的指導(dǎo)作....

基因本體的層次結(jié)構(gòu)可以被用來顯著地提高蛋白質(zhì)功能預(yù)測的精度�，F(xiàn)有的功能標(biāo)簽壓縮方法要不在壓縮前隱式地或部分地利用功能標(biāo)簽間的關(guān)聯(lián)關(guān)系，要不就是便于后期處理將基因本體的有向無環(huán)圖結(jié)構(gòu)變成無向結(jié)構(gòu)。鑒于此，這些方法不能很好地服從GO層次結(jié)構(gòu)，導(dǎo)致預(yù)測性能受損。為了解決這些基于本體....

在統(tǒng)計(jì)差異性檢驗(yàn)中，涉及的p值是某方法相較于其他方法間的差異性概率值，如果p值小于0.05，我們就說該方法具有顯著性差異性。本文，我們在所有物種和所用度量上使用符號秩檢驗(yàn)去統(tǒng)計(jì)HPHash和其他方法中的預(yù)測差異性，p值比10-9還要小。此外，我們也統(tǒng)計(jì)Hash....

西南大學(xué)碩士學(xué)位論文支上分別涉及的功能標(biāo)簽數(shù)為13150、3618和1668，當(dāng)d被設(shè)置為5或者10時，哈希編碼的長度210log1668是不滿足所有功能標(biāo)簽的編碼位數(shù)。碰撞可能會導(dǎo)致哈希沖突，從而會影響蛋白質(zhì)功能預(yù)測的結(jié)果。圖4-1記錄了在人類數(shù)據(jù)....

本文編號：3966309