輔酶A(Coenzyme A,Co A)在多種細(xì)胞功能和代謝通路中發(fā)揮著至關(guān)重要的作用,準(zhǔn)確識(shí)別Co A相關(guān)蛋白(Coenzyme A-associated proteins,CAP)有利于深入理解�；D(zhuǎn)移、羧酸代謝、三羧酸循環(huán)等重要生物過(guò)程。利用實(shí)驗(yàn)方法鑒定這些重要蛋白耗時(shí)費(fèi)力且價(jià)格昂貴,而開(kāi)發(fā)計(jì)算方法則有望彌補(bǔ)現(xiàn)有實(shí)驗(yàn)技術(shù)的不足。雖然已有少數(shù)計(jì)算研究從不同角度對(duì)CAP進(jìn)行了分析,但是鮮有研究對(duì)這些蛋白從序列、進(jìn)化、結(jié)構(gòu)以及網(wǎng)絡(luò)等層面進(jìn)行過(guò)系統(tǒng)的特征化并嘗試綜合這些信息來(lái)開(kāi)發(fā)理論預(yù)測(cè)模型,因此本研究將率先在這方面進(jìn)行探索。本研究提出了一種基于序列和網(wǎng)絡(luò)信息來(lái)預(yù)測(cè)CAP的集成算法。首先,該算法聯(lián)合機(jī)器學(xué)習(xí)方法和模板方法開(kāi)發(fā)了用于識(shí)別Co A結(jié)合殘基的預(yù)測(cè)模型,并且利用預(yù)測(cè)的結(jié)合殘基分布特征進(jìn)一步預(yù)測(cè)相關(guān)蛋白。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明相較于其他蛋白,CAP更傾向于與Co A或其衍生物發(fā)生物理綁定。其次,在序列和網(wǎng)絡(luò)層面設(shè)計(jì)了其他六類特征并構(gòu)建了相應(yīng)的子分類器,這些特征包括詞嵌入向量、遠(yuǎn)距同源物數(shù)量、進(jìn)化保守性、氨基酸組成、預(yù)測(cè)的結(jié)構(gòu)特征和網(wǎng)絡(luò)拓?fù)涮卣�。通過(guò)比對(duì)分析,發(fā)現(xiàn)CAP具有更多的遠(yuǎn)距同源物且更...

【文章頁(yè)數(shù)】：59 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

圖1CoA在哺乳動(dòng)物細(xì)胞中的生物合成和降解(Gout2018)

華中農(nóng)業(yè)大學(xué)2020屆碩士研究生學(xué)位（畢業(yè)）論文2道大腸桿菌菌群對(duì)動(dòng)物有部分泛酸的貢獻(xiàn)。日常食物中維生素B5的含量很高，并且人腸中的細(xì)菌也會(huì)產(chǎn)生維生素B5。如圖1B，細(xì)胞中CoA的總含量也受降解控制，涉及磷酸二酯酶（phosphodiesterases），磷酸酶（phosphat....

圖2數(shù)據(jù)收集流程及分類器框架

使用序列和網(wǎng)絡(luò)信息預(yù)測(cè)輔酶A相關(guān)蛋白的集成算法9圖2數(shù)據(jù)收集流程及分類器框架（A）數(shù)據(jù)集收集流程，（B）CoA綁定殘基預(yù)測(cè)流程，（C）CAP綁定蛋白2層分類器流程。關(guān)鍵詞：coa或coenzymea，數(shù)據(jù)過(guò)濾：本研究設(shè)定在UniProt三個(gè)模塊（催化活性、GO分子功能、GO生物過(guò)....

圖3模板庫(kù)序列詞劃分

華中農(nóng)業(yè)大學(xué)2020屆碩士研究生學(xué)位（畢業(yè)）論文12用上述13維特征表示綁定位點(diǎn)信息。最后聯(lián)合使用26維特征預(yù)測(cè)CAP。2.3.2詞向量特征詞向量方法的主要思想是序列間交互信息的分布式表示，這一方法已被廣泛用于機(jī)器學(xué)習(xí)中的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)和功能預(yù)測(cè)。連續(xù)的向量表示已經(jīng)在自然語(yǔ)言處理中被....

圖4CAPBR方法所得預(yù)測(cè)概率的13種統(tǒng)計(jì)特征在3物種正負(fù)樣本間比較

華中農(nóng)業(yè)大學(xué)2020屆碩士研究生學(xué)位（畢業(yè)）論文

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