可變剪接是一種廣泛存在于生物體中造成蛋白質(zhì)多樣性的重要機制,它對細胞的增殖、分化、發(fā)育、凋亡等一系列重要的生物過程具有重要精細調(diào)控的作用。近年來,人們發(fā)現(xiàn)多種復(fù)雜疾病的產(chǎn)生往往伴隨著剪接異構(gòu)體的紊亂表達。為了研究剪接異構(gòu)體在整體分布上的差異,該文提出一種基于中值的JS散度可變剪接(AS)差異分析方法。結(jié)果表明,該文的方法能夠發(fā)現(xiàn)大量在剪接異構(gòu)體整體分布上具有顯著差異的基因。這些基因不僅富集在一些癌癥密切相關(guān)的通路,而且也富集在一些基于可變剪接調(diào)控的信號通路、細胞分裂過程和蛋白質(zhì)功能等通路。此外,與基因?qū)哟蔚牟町惙治鱿啾?可變剪接顯著差異的基因在生存分析方面也具有更好的性能。總之,該文提出基于中值的JS散度可變剪接差異分析方法,將為進一步揭示可變剪接在癌癥中的機制奠定基礎(chǔ)。

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【文章目錄】：
1 引言
2 研究方法
    2.1 實驗數(shù)據(jù)集
    2.2 JS散度
    2.3 基于中值的JS散度可變剪接差異分析方法
3 實驗結(jié)果及分析
    3.1 差異基因分析
    3.2 KEGG通路分析
    3.3 驅(qū)動基因分析
    3.4 癌癥分類
    3.5 生存分析
4 結(jié)束語



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