桃(Prunus persica L.)是具有重要經(jīng)濟價值的核果類果樹,我國是世界最大的桃生產(chǎn)國和消費國。然而,桃樹在其生長發(fā)育過程中易受多種病毒的侵染,從而影響桃樹的生長、發(fā)育和生產(chǎn),進而制約桃產(chǎn)業(yè)的健康、可持續(xù)發(fā)展。目前對于我國桃樹病毒的種類、不同桃種質(zhì)中病毒發(fā)生情況及其遺傳多樣性和演化等問題仍缺少全面的認識。本研究利用高通量測序?qū)μ壹捌湟吧壍?個植物學(xué)種的118份桃種質(zhì)樣品進行病毒鑒定,分析不同桃種質(zhì)中的病毒組成差異,分析病毒的遺傳多樣性和遺傳演化,鑒定了5種桃病毒新種。首先,明確桃及其野生近緣的4個植物學(xué)種的118份桃種質(zhì)樣品中的病毒種類和組成情況。RNA-seq(RNA sequencing)和sRNA測序比較發(fā)現(xiàn),RNA-seq可以拼接獲得比sRNA測序更完整的病毒基因組序列和檢出更多的病毒種類。因此選用RNA-seq對桃及其野生近緣的4個植物學(xué)種的118份桃種質(zhì)樣品進行病毒鑒定,經(jīng)RT-PCR驗證,共鑒定出15種已知植物病毒、2種類病毒及新病毒5種。其中,發(fā)生最為普遍的病毒和類病毒有桃相關(guān)黃癥病毒屬病毒、李屬壞死環(huán)斑病毒、桃病毒D、李樹皮壞死莖痘相關(guān)病毒、油桃莖痘相關(guān)...

【文章頁數(shù)】：143 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
abstract
第一章 緒論
    1.1 本研究的目的及意義
        1.1.1 本研究的目的
        1.1.2 本研究的背景及意義
    1.2 桃病毒研究進展
        1.2.1 桃病毒種類
        1.2.2 桃病毒發(fā)生分布及危害
        1.2.3 主要桃病毒的研究現(xiàn)狀
    1.3 植物病毒檢測技術(shù)研究進展
        1.3.1 常用檢測技術(shù)
        1.3.2 高通量測序技術(shù)簡介
        1.3.3 高通量測序檢測病毒的方法
        1.3.4 生物信息學(xué)分析
    1.4 高通量測序技術(shù)在植物病毒學(xué)研究中的應(yīng)用
        1.4.1 果樹病害中的病毒鑒定
        1.4.2 植物病毒群體多樣性和演化研究
        1.4.3 植物與病毒互作研究
第二章 桃種質(zhì)樣品中病毒檢測
    2.1 材料
        2.1.1 桃葉片樣品的收集
        2.1.2 主要的試劑及儀器
    2.2 試驗方法
        2.2.1 總RNA提取
        2.2.2 總RNA質(zhì)量檢測、文庫構(gòu)建與測序
        2.2.3 生物信息學(xué)分析
        2.2.4 病毒驗證
    2.3 結(jié)果
        2.3.1 高通量測序檢測桃病毒方法比較
        2.3.2 RNA-seq檢測桃種質(zhì)樣品中的病毒
        2.3.3 RT-PCR驗證
        2.3.4 桃及其野生近緣種中的病毒種類和組成分析
    2.4 討論
第三章 桃病毒序列多樣性和遺傳演化分析
    3.1 試驗數(shù)據(jù)與方法
        3.1.1 數(shù)據(jù)
        3.1.2 序列多樣性及重組分析
        3.1.3 遺傳演化分析
    3.2 結(jié)果
        3.2.1 桃病毒種群內(nèi)的序列多樣性
        3.2.2 PaLV的遺傳演化分析
        3.2.3 NSPaV的遺傳演化分析
        3.2.4 PLPaV的遺傳演化分析
        3.2.5 APV1、2、3的多樣性和遺傳演化分析
        3.2.6 PNSRV的多樣性和遺傳演化分析
        3.2.7 其它桃病毒的多樣性和遺傳演化分析
    3.3 討論
第四章 新病毒的鑒定
    4.1 試驗材料及方法
        4.1.1 植物材料
        4.1.2 病毒基因組擴增及測序
        4.1.3 序列分析
        4.1.4 生物學(xué)試驗
        4.1.5 電鏡觀察
    4.2 結(jié)果
        4.2.1 桃褪綠葉斑病毒(peach chlorotic leaf spot virus,PCLSV)
        4.2.2 桃病毒1(peach virus1,Pe V1)
        4.2.3 桃病毒2(peach virus2,Pe V2)
        4.2.4 兩個斑點病毒屬新病毒種
    4.3 討論
第五章 結(jié)論
參考文獻
附錄 A
附錄 B
致謝
作者簡歷



本文編號：3740362