桃(Prunus persica L.)是具有重要經(jīng)濟(jì)價(jià)值的核果類果樹(shù),我國(guó)是世界最大的桃生產(chǎn)國(guó)和消費(fèi)國(guó)。然而,桃樹(shù)在其生長(zhǎng)發(fā)育過(guò)程中易受多種病毒的侵染,從而影響桃樹(shù)的生長(zhǎng)、發(fā)育和生產(chǎn),進(jìn)而制約桃產(chǎn)業(yè)的健康、可持續(xù)發(fā)展。目前對(duì)于我國(guó)桃樹(shù)病毒的種類、不同桃種質(zhì)中病毒發(fā)生情況及其遺傳多樣性和演化等問(wèn)題仍缺少全面的認(rèn)識(shí)。本研究利用高通量測(cè)序?qū)μ壹捌湟吧壍?個(gè)植物學(xué)種的118份桃種質(zhì)樣品進(jìn)行病毒鑒定,分析不同桃種質(zhì)中的病毒組成差異,分析病毒的遺傳多樣性和遺傳演化,鑒定了5種桃病毒新種。首先,明確桃及其野生近緣的4個(gè)植物學(xué)種的118份桃種質(zhì)樣品中的病毒種類和組成情況。RNA-seq(RNA sequencing)和sRNA測(cè)序比較發(fā)現(xiàn),RNA-seq可以拼接獲得比sRNA測(cè)序更完整的病毒基因組序列和檢出更多的病毒種類。因此選用RNA-seq對(duì)桃及其野生近緣的4個(gè)植物學(xué)種的118份桃種質(zhì)樣品進(jìn)行病毒鑒定,經(jīng)RT-PCR驗(yàn)證,共鑒定出15種已知植物病毒、2種類病毒及新病毒5種。其中,發(fā)生最為普遍的病毒和類病毒有桃相關(guān)黃癥病毒屬病毒、李屬壞死環(huán)斑病毒、桃病毒D、李樹(shù)皮壞死莖痘相關(guān)病毒、油桃莖痘相關(guān)...

【文章頁(yè)數(shù)】：143 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
abstract
第一章 緒論
    1.1 本研究的目的及意義
        1.1.1 本研究的目的
        1.1.2 本研究的背景及意義
    1.2 桃病毒研究進(jìn)展
        1.2.1 桃病毒種類
        1.2.2 桃病毒發(fā)生分布及危害
        1.2.3 主要桃病毒的研究現(xiàn)狀
    1.3 植物病毒檢測(cè)技術(shù)研究進(jìn)展
        1.3.1 常用檢測(cè)技術(shù)
        1.3.2 高通量測(cè)序技術(shù)簡(jiǎn)介
        1.3.3 高通量測(cè)序檢測(cè)病毒的方法
        1.3.4 生物信息學(xué)分析
    1.4 高通量測(cè)序技術(shù)在植物病毒學(xué)研究中的應(yīng)用
        1.4.1 果樹(shù)病害中的病毒鑒定
        1.4.2 植物病毒群體多樣性和演化研究
        1.4.3 植物與病毒互作研究
第二章 桃種質(zhì)樣品中病毒檢測(cè)
    2.1 材料
        2.1.1 桃葉片樣品的收集
        2.1.2 主要的試劑及儀器
    2.2 試驗(yàn)方法
        2.2.1 總RNA提取
        2.2.2 總RNA質(zhì)量檢測(cè)、文庫(kù)構(gòu)建與測(cè)序
        2.2.3 生物信息學(xué)分析
        2.2.4 病毒驗(yàn)證
    2.3 結(jié)果
        2.3.1 高通量測(cè)序檢測(cè)桃病毒方法比較
        2.3.2 RNA-seq檢測(cè)桃種質(zhì)樣品中的病毒
        2.3.3 RT-PCR驗(yàn)證
        2.3.4 桃及其野生近緣種中的病毒種類和組成分析
    2.4 討論
第三章 桃病毒序列多樣性和遺傳演化分析
    3.1 試驗(yàn)數(shù)據(jù)與方法
        3.1.1 數(shù)據(jù)
        3.1.2 序列多樣性及重組分析
        3.1.3 遺傳演化分析
    3.2 結(jié)果
        3.2.1 桃病毒種群內(nèi)的序列多樣性
        3.2.2 PaLV的遺傳演化分析
        3.2.3 NSPaV的遺傳演化分析
        3.2.4 PLPaV的遺傳演化分析
        3.2.5 APV1、2、3的多樣性和遺傳演化分析
        3.2.6 PNSRV的多樣性和遺傳演化分析
        3.2.7 其它桃病毒的多樣性和遺傳演化分析
    3.3 討論
第四章 新病毒的鑒定
    4.1 試驗(yàn)材料及方法
        4.1.1 植物材料
        4.1.2 病毒基因組擴(kuò)增及測(cè)序
        4.1.3 序列分析
        4.1.4 生物學(xué)試驗(yàn)
        4.1.5 電鏡觀察
    4.2 結(jié)果
        4.2.1 桃褪綠葉斑病毒(peach chlorotic leaf spot virus,PCLSV)
        4.2.2 桃病毒1(peach virus1,Pe V1)
        4.2.3 桃病毒2(peach virus2,Pe V2)
        4.2.4 兩個(gè)斑點(diǎn)病毒屬新病毒種
    4.3 討論
第五章 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄 A
附錄 B
致謝
作者簡(jiǎn)歷



本文編號(hào)：3740362