蛋白質(zhì)的三維空間結(jié)構(gòu)決定該蛋白質(zhì)的生物功能,研究蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的相似性在計(jì)算分子生物學(xué)中具有重要意義。本文將蛋白質(zhì)C_α原子距離矩陣分解成許多小的子矩陣表示蛋白質(zhì)的局部結(jié)構(gòu),通過(guò)對(duì)這些局部結(jié)構(gòu)的統(tǒng)計(jì)分析得到局部特征頻率向量計(jì)算蛋白質(zhì)的相似性,在此基礎(chǔ)上提出一種新的基于自適應(yīng)局部特征頻率向量的方法(ALFF)計(jì)算蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)相似性。ALFF在選取蛋白質(zhì)局部特征的方式上,使用OTSU算法確定局部特征最合適的大小m,并通過(guò)MeanShift聚類計(jì)算出具有代表性的局部特征數(shù)量k。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,ALFF可以更好更快地劃分蛋白質(zhì)的局部子結(jié)構(gòu),相對(duì)于人工選擇參數(shù)的方法,ALFF在SCOP蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)分類中有更高的一致性,與TM-score比較有更好的準(zhǔn)確性。

【文章頁(yè)數(shù)】：11 頁(yè)

【文章目錄】：
1 材料和方法
    1.1 局部特征頻率向量(LFF)
    1.2 自適應(yīng)的局部特征頻率向量(ALFF)
        1.2.1 最大類間方差法(OTSU)
        1.2.2 MeanShift
        1.2.3 ALFF算法步驟
2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果及討論
    2.1 局部特征大小分析
    2.2 算法對(duì)比
3 結(jié)語(yǔ)



本文編號(hào)：3740290