新城疫病毒（Newcastle disease viruses,NDV）是危害家禽業(yè)的重要病原之一,可引起鴿發(fā)生新城疫（Newcastle disease,ND）,也稱鴿Ⅰ型副黏病毒（Pigeon paramyxovirus type 1,PPMV-1）病。近十年,該病常在我國肉鴿群發(fā)生和流行,給養(yǎng)鴿業(yè)造成巨大的經(jīng)濟(jì)損失。為了探究廣西鴿新城疫的流行情況及不同基因型NDV對(duì)鴿的致病性和NDV感染鴿的轉(zhuǎn)錄組學(xué)的差異,本研究進(jìn)行了鴿NDV流行毒株的分離鑒定,并用三株不同基因型NDV毒株進(jìn)行鴿的致病性試驗(yàn)及感染鴿的轉(zhuǎn)錄組測(cè)序并驗(yàn)證。主要研究?jī)?nèi)容和結(jié)果如下:1、本研究采集最近冬季發(fā)生的鴿新城疫病例臨床樣品,進(jìn)行樣品檢測(cè)和NDV的分離鑒定,結(jié)果分離到一株鴿源NDV毒株,命名為Pi/CH/GX1220/2019株。對(duì)分離株的F基因進(jìn)行克隆和基因序列分析,結(jié)果表明,分離株F蛋白裂解位點(diǎn)氨基酸基序?yàn)?sup>112RRQKRF¹¹⁷,符合NDV強(qiáng)毒株裂解位點(diǎn)的特征;Pi/CH/GX1220/2019屬于基因VI.2.1.1.2.1（VIj）NDV;遺傳進(jìn)化分析發(fā)現(xiàn)該分離... 

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【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
主要中英文簡(jiǎn)寫對(duì)照表
第一章 綜述
    1.1 新城疫病毒概述
    1.2 鴿源新城疫的流行病學(xué)
    1.3 NDV對(duì)鴿的致病性
        1.3.1 NDV對(duì)鴿的致病特點(diǎn)
        1.3.2 鴿源NDV致病的分子機(jī)制
    1.4 NDV感染宿主鴿的免疫應(yīng)答
        1.4.1 RIG-I樣信號(hào)通路
        1.4.2 細(xì)胞凋亡
    1.5 RNA-Seq技術(shù)
        1.5.1 RNA-Seq概述
        1.5.2 RNA-Seq測(cè)序的應(yīng)用
    1.6 實(shí)時(shí)熒光定量RT-PCR
    1.7 本研究的目的意義
第二章 一株基因Ⅵ .2.1.1.2.1(Ⅵj)亞型鴿源NDV分離鑒定及遺傳進(jìn)化分析
    2.1 材料
        2.1.1 病料來源及背景
        2.1.2 實(shí)驗(yàn)主要?jiǎng)游�、試劑和儀器
        2.1.3 引物
        2.1.4 序列收集
    2.2 實(shí)驗(yàn)方法
        2.2.1 病毒的分離
        2.2.2 血凝試驗(yàn)(HA)與血凝抑制試驗(yàn)(HI)
        2.2.3 RT-PCR擴(kuò)增鑒定及強(qiáng)弱毒分型
        2.2.4 其他病毒的排除試驗(yàn)
        2.2.5 分離株F基因的克隆測(cè)序
        2.2.6 遺傳進(jìn)化分析
    2.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        2.3.1 病毒分離鑒定結(jié)果
        2.3.2 RT-PCR鑒定及強(qiáng)弱毒分型結(jié)果
        2.3.3 其他病毒的排除試驗(yàn)結(jié)果
        2.3.4 分離株F基因測(cè)序與分析結(jié)果
        2.3.5 遺傳進(jìn)化分析結(jié)果
    2.4 討論
    2.5 小結(jié)
第三章 三株不同基因型NDV對(duì)鴿致病性及宿主應(yīng)答差異研究
    3.1 材料
        3.1.1 病毒
        3.1.2 試驗(yàn)動(dòng)物
        3.1.3 試劑
    3.2 實(shí)驗(yàn)方法
        3.2.1 動(dòng)物試驗(yàn)
        3.2.2 抗體檢測(cè)
        3.2.3 檢測(cè)感染鴿脾臟病毒載量
        3.2.4 制備病理切片
        3.2.5 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
        3.2.6 測(cè)序結(jié)果分析
        3.2.7 差異表達(dá)分析
    3.3 不同基因型NDV感染鴿子試驗(yàn)結(jié)果
        3.3.1 發(fā)病情況與剖檢病變結(jié)果
        3.3.2 不同基因型NDV感染鴿子抗體效價(jià)結(jié)果
        3.3.3 感染鴿脾臟的病毒載量
        3.3.4 病理組織切片結(jié)果
        3.3.5 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析結(jié)果
        3.3.6 轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)基因篩選結(jié)果
        3.3.7 轉(zhuǎn)錄組GO數(shù)據(jù)庫注釋及顯著性富集分析
        3.3.8 轉(zhuǎn)錄組KEGG數(shù)據(jù)庫注釋及顯著性富集分析
    3.4 討論
    3.5 小結(jié)
第四章 鴿RIG-I樣信號(hào)通路和細(xì)胞凋亡通路相關(guān)因子RT-q PCR方法的建立及其在NDV感染鴿表達(dá)差異驗(yàn)證
    4.1 材料
        4.1.1 試驗(yàn)動(dòng)物
        4.1.2 主要試劑和儀器
    4.2. 試驗(yàn)方法
        4.2.1 引物設(shè)計(jì)及合成
        4.2.2 獲得鴿淋巴細(xì)胞c DNA
        4.2.3 PCR擴(kuò)增目的基因
        4.2.4 目的基因克隆及測(cè)序鑒定
        4.2.5 質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品的提取與制備
        4.2.6 RT-q PCR標(biāo)準(zhǔn)曲線的建立
        4.2.7 敏感性和重復(fù)性檢驗(yàn)
        4.2.8 應(yīng)用建立的好RT-q PCR方法驗(yàn)證基因表達(dá)差異
    4.3 試驗(yàn)結(jié)果
        4.3.1 PCR結(jié)果
        4.3.2 質(zhì)粒濃度及拷貝數(shù)結(jié)果
        4.3.3 RT-q PCR標(biāo)準(zhǔn)曲線的建立
        4.3.4 融解曲線分析結(jié)果
        4.3.5 敏感性及重復(fù)性試驗(yàn)結(jié)果
        4.3.6 RT-q PCR驗(yàn)證部分免疫相關(guān)的差異表達(dá)基因結(jié)果
    4.4 討論
    4.5 小結(jié)
第五章 全文結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝
攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表論文情況


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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碩士論文
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本文編號(hào)：3690662