利用CodonW、CHIPS與CUPS等程序?qū)?0種百合科植物psbA基因的密碼子偏好性展開分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn)有26種密碼子具有偏好性,其中12個極強,10個密碼子在psbA中出現(xiàn)率極低,13個密碼子沒有出現(xiàn)。ENc平均值為37.84,顯示出密碼子偏好性較弱。GC和GC3s平均值分別為42.5%和48.0%,表明密碼子組成偏向A與U堿基,且傾向于以A/U結(jié)尾。CAI的平均值為0.218,說明密碼子的表達水平偏低。ENc-plot表明密碼子偏好性主要受到自然選擇的影響。聚類分析表明,基于CDS序列的聚類比基于RSCU更適合作為百合科植物系統(tǒng)發(fā)育分析。 

【文章來源】：生物學(xué)雜志. 2020,37(06)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：5 頁

【部分圖文】：

60種百合科植物psbA基因的RSCU熱圖

psbA基因RSCU值聚類樹狀圖

基于CDS的系統(tǒng)進化樹更接近這60種植物的真實系統(tǒng)分類,在NJ進化樹(圖5)中煙草、擬南芥與百合科植物形成2個不同的分支。百合科植物中,貝母屬、百合屬、大百合屬與老鴉瓣屬等聚為一簇,而黃精屬與天門冬屬等聚為一簇。具有相近親緣關(guān)系的植物在NJ樹中相對接近,表明psbA基因CDS的差異大小與物種的親緣關(guān)系遠近有較密切的聯(lián)系。比如:來自貝母屬的所用植物均集中在進化樹中的一個分支;來自大百合屬的3種植物集中在一個分支。3 討論與結(jié)論

【參考文獻】：
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本文編號：3464600