隨著基因組測序技術(shù)的不斷發(fā)展,人們對基因組測序問題有了更深的了解�；蚪M測序是通過使用測序平臺對某物種的基因組分段進行測序,之后將這些測序片段進行正確的拼接,從而得到該物種完整的基因組序列信息,進而對該物種的基因組進行序列分析和功能預(yù)測。轉(zhuǎn)錄組的讀序拼接問題作為基因組測序中的一個重要問題,通過設(shè)計算法對物種的RNA讀序進行拼接,從而得到該物種完整的轉(zhuǎn)錄組序列信息。轉(zhuǎn)錄組讀序拼接問題的研究對構(gòu)建人類完整轉(zhuǎn)錄組以及對人類遺傳變異相關(guān)疾病的預(yù)測有著重大意義,因此,設(shè)計轉(zhuǎn)錄組拼接算法勢在必行。轉(zhuǎn)錄組拼接算法可以分為兩大類,分別是基于參考基因組的轉(zhuǎn)錄組拼接算法和從頭開始的轉(zhuǎn)錄組拼接算法。由于基于參考基因組的轉(zhuǎn)錄組拼接算法要求待拼接的物種具有被完整測序的基因組序列,因此該方法的適用性不是很廣。為了適用于缺少參考基因組的物種,本文設(shè)計了從頭開始的轉(zhuǎn)錄組拼接算法,命名為SS-Assembler 算法。SS-Assembler算法所用的數(shù)據(jù)集是Illumina公司第二代測序技術(shù)RNA高通量測序數(shù)據(jù)集,在存儲數(shù)據(jù)時用到的數(shù)據(jù)結(jié)構(gòu)是雙重哈希表,在實現(xiàn)算法時用到的編程語言是Python。本算法的創(chuàng)新點是在存儲... 

【文章來源】：天津師范大學天津市

【文章頁數(shù)】：54 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

_1中心法則

可以進行自我復制，而且有些病毒可以進行逆轉(zhuǎn)錄，即以ＲＮＡ為模板合成ＤＮＡ。??后續(xù)研究表明，基因表達的產(chǎn)物蛋白質(zhì)可以對ＤＮＡ和ＲＮＡ起到一定的調(diào)控作??用。因此中心法則由之前單一的調(diào)控方向，演變成了如圖１．１所示的多方向調(diào)控??的模式�；虮磉_的過程如圖１．２所示。??２??

可以進行自我復制，而且有些病毒可以進行逆轉(zhuǎn)錄，即以ＲＮＡ為模板合成ＤＮＡ。??后續(xù)研究表明，基因表達的產(chǎn)物蛋白質(zhì)可以對ＤＮＡ和ＲＮＡ起到一定的調(diào)控作??用。因此中心法則由之前單一的調(diào)控方向，演變成了如圖１．１所示的多方向調(diào)控??的模式。基因表達的過程如圖１．２所示。??２??

【參考文獻】：
期刊論文
[1]程序設(shè)計課程教學改革的理想選擇——Python語言[J]. 郭亞東,趙玉新.  產(chǎn)業(yè)與科技論壇. 2019(03)
[2]真核生物基因組長內(nèi)含子遞歸剪接事件的分子機制[J]. 魏金川,徐添翼,吳靜,宋曉峰.  遺傳. 2019(02)
[3]基因組學技術(shù)在中醫(yī)藥研究中的應(yīng)用[J]. 曾召瓊,易帆,李萍,謝小兵.  國際檢驗醫(yī)學雜志. 2018(24)
[4]基于RNA-Seq數(shù)據(jù)集的轉(zhuǎn)錄組從頭拼接算法[J]. 武思文,李靜,張少強.  計算機科學. 2018(12)
[5]DNA測序技術(shù)及其拼接算法綜述[J]. 李艷慧,張少強.  天津師范大學學報(自然科學版). 2018(05)
[6]第二代高通量測序技術(shù)分析倒篤菜菌群[J]. 蘇遠,廖新浴,劉東紅,葉興乾,尹源明,周建偉,謝小本,丁甜.  食品安全質(zhì)量檢測學報. 2018(13)
[7]DNA的測序技術(shù)及應(yīng)用[J]. 馬云聰.  現(xiàn)代醫(yī)學與健康研究電子雜志. 2018(09)
[8]生物信息學中的計算機技術(shù)應(yīng)用[J]. 劉昭.  科學技術(shù)創(chuàng)新. 2018(10)
[9]DNA測序技術(shù)的發(fā)展進程[J]. 毛亞文,陳江華.  亞熱帶植物科學. 2018(01)
[10]DNA雙螺旋結(jié)構(gòu)的多態(tài)性與里奇的科學發(fā)現(xiàn)[J]. 吳志強.  生命世界. 2018(03)

博士論文
[1]翻譯中mRNA與蛋白質(zhì)的定量關(guān)系及其生物學意義研究[D]. 崔毅峙.暨南大學 2017
[2]基于RNA測序技術(shù)的轉(zhuǎn)錄組從頭拼接算法研究[D]. 常征.山東大學 2014

碩士論文
[1]FASTQ文件無損壓縮算法研究[D]. 柳曦.西安電子科技大學 2018



本文編號：3326140