為了開發(fā)精細(xì)可靠且易用的擬南芥（Arabidopsis thaliana）分子標(biāo)記,通過比較基因組學(xué),分析擬南芥哥倫比亞（Columbia）和蘭茲伯格（Landsberg erecta）2個生態(tài)型的全基因組序列,從10 449個不小于6個堿基的插入/缺失（INDEL）DNA片段中篩選得到2 321個新的INDEL標(biāo)記。針對每個標(biāo)記位點(diǎn),設(shè)計(jì)一對或多對引物序列（共計(jì)4 764對）。在此基礎(chǔ)上選擇相對均勻分布在擬南芥5條染色體的20個初定位分子標(biāo)記,它們能夠在統(tǒng)一的反應(yīng)體系和擴(kuò)增條件下獲得穩(wěn)定的聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)（PCR）和瓊脂糖凝膠電泳結(jié)果。該研究能夠方便研究者找到合適的分子標(biāo)記,在常規(guī)的儀器條件和較低的試驗(yàn)成本下,快速進(jìn)行突變體基因定位,提高基因圖位克隆效率。 

【文章來源】：激光生物學(xué)報(bào). 2020,29(06)

【文章頁數(shù)】：6 頁

【部分圖文】：

Col和Ler基因組INDEL（≥6 bp）及分子標(biāo)記的長度分布

針對這2 321個I N D E L標(biāo)記，我們共設(shè)計(jì)了4 764對引物，使得每個位點(diǎn)有一對或多對引物可供選擇。詳細(xì)引物序列及其染色體的物理位置可從At＿In Del＿M(jìn)arker[23](https://github.com/zhoujun1988/At Marker/blob/master/At＿In Del＿M(jìn)arker）獲取。在此基礎(chǔ)上，我們選擇了均勻分布在擬南芥5條染色體的20個分子標(biāo)記（表2），并通過PCR和瓊脂糖凝膠電泳對其特異性進(jìn)行了驗(yàn)證。圖4結(jié)果顯示，這些引物能夠在統(tǒng)一的反應(yīng)體系和擴(kuò)增條件下獲得穩(wěn)定的結(jié)果。Col與Ler混合樣品能夠擴(kuò)增出明顯差異條帶，使得該套分子標(biāo)記可直接應(yīng)用于突變基因的初步定位分析。圖3 設(shè)計(jì)的分子標(biāo)記在染色體上的分布

設(shè)計(jì)的分子標(biāo)記在染色體上的分布


本文編號：3250301