張氏江蘺是江蘺屬的重要代表,具有寶貴的工業(yè)生產(chǎn)價值。隨著海洋環(huán)境的惡化,江蘺資源亟待進(jìn)一步開發(fā)與利用。作為基因轉(zhuǎn)錄后表達(dá)的重要調(diào)控子,microRNA （miRNA）在植物組織器官發(fā)育、生理調(diào)節(jié)、脅迫應(yīng)答等方面起著關(guān)鍵的調(diào)控作用。然而,迄今仍未有張氏江蘺miRNA（gch-miRNA）信息的報道,極大地阻礙了江蘺屬非編碼RNA的相關(guān)研究。運(yùn)用生物信息學(xué)技術(shù),通過gch-ESTs與miRBase數(shù)據(jù)庫的比對分析,共鑒定到6條gch-miRNAs。序列特征分析結(jié)果顯示,鑒定的gch-miRNA序列基本可信,并在其它植物間有保守性和多態(tài)性特征。頸環(huán)引物qRT-RCR的試驗(yàn)驗(yàn)證進(jìn)一步證實(shí)了鑒定結(jié)果的可靠性。部分miRNA基因家族的NJ系統(tǒng)進(jìn)化結(jié)果顯示:gch-miRNA位于進(jìn)化樹的外類群;miRNA的進(jìn)化與物種本身的進(jìn)化并不同步。TargetFinder篩選獲得8條gch-miRNA靶標(biāo)序列,psRNATarget預(yù)測其抑制類型均為切割抑制。首次公布了張氏江蘺miRNA及其靶標(biāo)信息,綜合分析了部分miRNA基因家族在不同植物物種間的系統(tǒng)進(jìn)化關(guān)系。研究結(jié)果為張氏江蘺非編碼RNA研究,高品質(zhì)藻種分... 

【文章來源】：生物學(xué)雜志. 2020,37(03)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：6 頁

【部分圖文】：

基于NJ法的植物部分miRNA基因家族系統(tǒng)進(jìn)化樹

圖1 張氏江蘺miRNA堿基偏好性及其前體二級結(jié)構(gòu)

表2 張氏江蘺miRNAs及其前體序列信息Table 2 Sequences of miRNAs and their precursors in Gracilaria changii miRNA 定位 MFE(kJ/mol) miRNA前體序列 5′端序列 3′端序列 長度(nt) gch-miR534 gi|120456624|gb|DV962406.1|DV962406:69:195:+ -197.2 CUGCAGUUUGCAUGUCCAUUGCAGUUGCACCAACGAUGCAAUUUGCACACAUGUGCAAUCGCUCCAGAUGCAGCAACAUGCAUGCCACAUGCAGCUGCAUGCAGACGGUGCUGACUCGACCUGCAGC CAUGUCCAUUGCAGUUGCACCA - 22 gch-miR5658 gi|120457167|gb|DV963177.1|DV963177:341:532:- -272.5 CAUCCUCUGGAUGAGGAUGAUGAUGAUGACGUACGUACAUUCCGUGCCCAGCAAUGCGGUUUGCCGACACAGGCUUCAUGCUUGUGUAUUCGUUGAUAAUGUCGUCAUCCACUCCAGGAUAUCGCGUGUGCAGCCCGUACGGCUUGAGCUUCAUGUAGCGGUUGACAAUAUCGUCAUCCACUCCAGGACUUC AUGAGGAUGAUGAUGAUGACG - 21 gch-miR5386a gi|120457541|gb|DV963813.1|DV963813:144:281:+ -274.2 UCGCUGUCGCUGUCGCUGUCGCGCGCGUGCCGCCUCUCCACGCGCGCCACCUCCUUCACCAGCGCGCGCCGCACGCCACUCGCGCUGGCGUCAAAUCGAGCGCUGCGCGCGUUCACAAUGACGGCGGGAAACAGCGAA UGUCGCUGUCGCGCGCGUGC - 20 gch-miR156 gi|120460008|gb|DV967496.1|DV967496:745:965:- -243.2 CUCAUACUACACACAGAAGAGAGUGAGCGAUACAAUGAGAUGAGCGACGUCCGCCUCUUNGCGAGUAGAAGUAGCGUCACGCGUUCUCGAACCCGUGGUAUACACCACACGACGUCCGCUUAGUCCGUNUCUGAGCUCGUUGCAAUUAUUACUAUCCAUCUCACAUACCGUUGCGUCCAGGCGCGAGCGUCGCGAUCACUGCUACUUCUCAUUAGUUACCU ACACAGAAGAGAGUGAGCGA - 20 gch-miR399 gi|120461207|gb|DV968935.1|DV968935:517:669:- -211.4 CUGAACGGCAUUGCAAACGAGAGCUGCUCUUUGCGCACGGUAGUGGUGUCGAUGGGAAACACCGCGCACACGUUGGUCAUCACCUGUUCUGGAUCGACGGUGUCCACGAUGGGUUCGGUUAGAGCUACGUUCUUGAUGCAAGACAUGUUGAGC UUGCAAACGAGAGCUGCUCUU - 21 gch-miR5386b gi|120463562|gb|DV964656.1|DV964656:95:199:+ -293.4 UCAGCGCCGACGGCGAGCGCGCGCUGGCGGCGGCGCGCAUGAUGCGCUGCGAGCAGCUGCUACAAUCGCUGCGCCUCUCGCUGCCGCGCGCGCUGGCGGCGCUGC - UCUCGCUGCCGCGCGCGCUG 202.3 植物miR534,miR399及miR156基因家族的NJ系統(tǒng)進(jìn)化分析

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]基于生物信息學(xué)的條斑紫菜microRNAs及其靶標(biāo)預(yù)測[J]. 尹旭崗,馮佳,呂俊平,劉琪,南芳茹,謝樹蓮,高帆.  山西農(nóng)業(yè)科學(xué). 2018(08)
[2]響應(yīng)面法優(yōu)化超聲波提取江蘺超氧化物歧化酶工藝[J]. 龐庭才,胡上英,黃海,龔斌,趙文成.  食品工業(yè). 2018(01)
[3]江蘺對海水重金屬銅、鉛、鎘的凈化作用研究[J]. 董樹剛,胡澤坤.  海洋湖沼通報. 2017(03)
[4]中國近海重要生態(tài)建群紅藻真江蘺的群體遺傳多樣性[J]. 劉若愚,孫忠民,姚建亭,胡自民,段德麟.  生物多樣性. 2016(07)
[5]從江蘺藻中提取瓊膠的工藝研究[J]. 宗培杰,趙鏡錕,張曉東.  青島大學(xué)學(xué)報(工程技術(shù)版). 2016(02)
[6]響應(yīng)面試驗(yàn)優(yōu)化脆江蘺多糖提取工藝及其對腫瘤細(xì)胞的抑制作用[J]. 鞠瑤瑤,曹純潔,陳美珍,葉天文.  食品科學(xué). 2016(08)
[7]植物非編碼小RNA研究進(jìn)展（英文）[J]. 沈恩惠,劉揚(yáng),葉楚玉,樊龍江.  浙江大學(xué)學(xué)報(農(nóng)業(yè)與生命科學(xué)版). 2014(04)
[8]一種綠色真江蘺的分子鑒定[J]. 鐘晨輝,黃瑞芳,林琪,鄭雅友,李雷斌,劉波.  應(yīng)用海洋學(xué)學(xué)報. 2014(02)
[9]Comparative analysis of four essential Gracilariaceae species in China based on whole transcriptomic sequencing[J]. XU Jiayue,SUN Jing,YIN Jinlong,WANG Liang,WANG Xumin,LIU Tao,CHI Shan,LIU Cui,REN Lufeng,WU Shuangxiu,YU Jun.  Acta Oceanologica Sinica. 2014(02)
[10]植物miRNA的進(jìn)化[J]. 魏強(qiáng),梁永宏,李廣林.  遺傳. 2013(03)



本文編號：3247420