喜馬拉雅雪雞屬國家二級保護(hù)動(dòng)物,是生存海拔最高的雞類,同時(shí)在維持生態(tài)平衡和鳥類高海拔適應(yīng)性研究中具有重要的科研價(jià)值。本研究以東帕米爾高原喜馬拉雅雪雞為研究對象,采用直接測序法,拼接組裝獲得該物種線粒體（mtDNA）全基因組序列,對mtDNA全序列進(jìn)行注釋和結(jié)構(gòu)分析,并選擇GenBank已提交的雞形目鳥類mtDNA序列,利用鄰接法構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹,為該物種的有效保護(hù)和開發(fā)利用提供分子水平的依據(jù)。結(jié)果表明:喜馬拉雅雪雞的mtDNA全長為16 691 bp,基因種類、數(shù)量及排列順序與鳥類線粒體基因典型排列順序一致�；蚪M核苷酸含量為A:30.2%;T:23.9%;C:32.2%;G:13.8%;（A+T）含量（54%）略高于G+C （46%）含量,AT-skew為0.116 7,有一定的堿基偏好。在本研究中,東帕米爾高原喜馬拉雅雪雞起始密碼子以ATG為主,終止密碼子以TAA為主。預(yù)測了22個(gè)tRNA的二級結(jié)構(gòu),均能形成典型的三葉草結(jié)構(gòu),共有錯(cuò)配25處,以GU錯(cuò)配為主,喜馬拉雅雪雞tRNASer （UCN）基因比藏雪雞的tRNASer （UCN）基因多出3個(gè)堿基;系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建表明雪雞與鵪鶉關(guān)系... 

【文章來源】：基因組學(xué)與應(yīng)用生物學(xué). 2020,39(05)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：11 頁

【部分圖文】：

相關(guān)基因蛋白網(wǎng)絡(luò)

CK-vs-T24 DEGs GO注釋

CK-vs-T48DEGs GO注釋

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]基于高通量測序技術(shù)分析番鴨呼腸孤病毒感染雛番鴨腸道轉(zhuǎn)錄組學(xué)的變化[J]. 李鴻文,黃詩杭,駱鈺,吳曉平,王全溪,李健,黃一帆,吳異健.  病毒學(xué)報(bào). 2019(02)
[2]番鴨呼腸孤病毒感染對雛番鴨腸黏膜組織結(jié)構(gòu)及腸道免疫細(xì)胞的影響[J]. 吳異健,姜慧慧,黃麗娜,朱二鵬,周五朵,王全溪,吳曉平,李健,吳寶成,黃一帆.  中國預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2018(05)
[3]東帕米爾高原喜馬拉雅雪雞遺傳多樣性及系統(tǒng)發(fā)育地位[J]. 王玉濤,潘建飛,黃翠翠,胡平,韓建林.  生態(tài)學(xué)報(bào). 2018(01)
[4]鴨腸炎病毒感染鴨脾臟的轉(zhuǎn)錄組分析[J]. 吳良濤,鄭敏,華敏,萬潤,程振濤,周碧君,文明.  病毒學(xué)報(bào). 2017(03)
[5]猴頭菇多糖對呼腸孤病毒感染番鴨腸道黏膜免疫及抗氧化能力的影響[J]. 黃麗娜,姜慧慧,王潔,高婷,張葉飛,吳寶成,吳異健,黃一帆.  畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2015(09)
[6]家禽的黏膜免疫研究及功能[J]. 李春松,戴晉軍,李彪.  國外畜牧學(xué)(豬與禽). 2012(07)
[7]新一代測序技術(shù)在植物轉(zhuǎn)錄組研究中的應(yīng)用[J]. 梁燁,陳雙燕,劉公社.  遺傳. 2011(12)
[8]雞形目鳥類系統(tǒng)發(fā)生研究現(xiàn)狀[J]. 包新康,劉迺發(fā),顧海軍,周曉雯.  動(dòng)物分類學(xué)報(bào). 2008(04)
[9]暗腹雪雞染色體的核型分析[J]. 李紅燕,王金富,劉凱.  石河子大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2006(03)
[10]暗腹雪雞細(xì)胞色素b基因的克隆及其在雉科中親緣關(guān)系的分析[J]. 劉強(qiáng),吳敏,張琳麟,李悅.  浙江大學(xué)學(xué)報(bào)(理學(xué)版). 2006(01)

博士論文
[1]番鴨呼腸孤病毒感染的分子致病機(jī)制的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究[D]. 王全溪.福建師范大學(xué) 2015
[2]喜馬拉雅雪雞的分子系統(tǒng)地理學(xué)研究[D]. 王小立.蘭州大學(xué) 2012

碩士論文
[1]鴨應(yīng)對DEV感染的主要免疫基因篩選[D]. 吳良濤.貴州大學(xué) 2017



本文編號：3212145