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黃花棘豆抗逆轉(zhuǎn)錄因子OoABF2互作蛋白的篩選與鑒定

發(fā)布時(shí)間:2020-09-28 17:09
   近年來,草場(chǎng)退化現(xiàn)象不斷加劇,嚴(yán)重影響了生態(tài)平衡和可持續(xù)發(fā)展,而黃花棘豆作為主要的草原毒害草之一,由于其自身極強(qiáng)的抗逆性和適應(yīng)性而廣泛蔓延。本課題前期對(duì)黃花棘豆在3種逆境脅迫(ABA,NaCl和PEG)處理下的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析顯示ABF2類轉(zhuǎn)錄因子可能參與黃花棘豆的抗逆反應(yīng),但其調(diào)控機(jī)理仍不清楚。因此,本研究以前期工作為基礎(chǔ),以黃花棘豆轉(zhuǎn)錄因子OoABF2為切入點(diǎn),對(duì)其上游互作進(jìn)行蛋白篩選與鑒定,為探明黃花棘豆抗逆性的分子機(jī)制提供理論依據(jù)。(1)本研究以O(shè)oABF2轉(zhuǎn)錄因子(accession number:KU877410.1)為切入點(diǎn),結(jié)合課題組已有研究工作和國內(nèi)外文獻(xiàn)報(bào)道,首先確定SnRK2s蛋白激酶家族為目標(biāo)基因,隨后成功克隆出黃花棘豆中的所有8個(gè)SnRK2s激酶家族:暫時(shí)命名為OoSnRK2.1-OoSnRK2.8(accession number:MH636330-MH636337)。(2)通過T4 DNA連接酶分別將OoABF2和pGADT7連接,將OoSnRK2s與pGBKT7連接,構(gòu)建真核重組質(zhì)粒,利用酵母雙雜交技術(shù),在酵母細(xì)胞體內(nèi)篩選鑒定出了與OoABF2轉(zhuǎn)錄因子相互作用的SnRK2激酶蛋白為OoSnRK2.1和OoSnRK2.6。(3)構(gòu)建OoSnRK2.1-pSPYNE、OoSnRK2.6-pSPYNE和OoABF2-pSPYCE重組質(zhì)粒,利用雙分子熒光互補(bǔ)技術(shù),在煙草表皮細(xì)胞內(nèi)再次體內(nèi)驗(yàn)證了OoABF2轉(zhuǎn)錄因子與OoSnRK2.1和OoSnRK2.6存在相互關(guān)系,且相互作用位點(diǎn)都在細(xì)胞核。(4)將OoSnRK2.1和OoSnRK2.6分別與pGEX-4T-1連接,將OoABF2和pET-32a連接,通過原核誘導(dǎo)表達(dá)出3個(gè)可溶性的目標(biāo)蛋白,通過Pull-Down技術(shù)在體外進(jìn)一步確證了OoABF2轉(zhuǎn)錄因子與OoSnRK2.1和OoSnRK2.6為互作蛋白。(5)綜合利用各種生物信息學(xué)方法對(duì)OoSnRK2.1和OoSnRK2.6基因進(jìn)行生物信息學(xué)分析,解析了這兩個(gè)蛋白的基本理化性質(zhì),結(jié)果表明目標(biāo)蛋白都是親水性蛋白,都沒有跨膜結(jié)構(gòu)域和信號(hào)肽,都是核定位蛋白,都包括特定的保守結(jié)構(gòu)域,都含有磷酸化位點(diǎn)。通過構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹發(fā)現(xiàn)OoSnRK2.1蛋白與蒺藜苜蓿(XP 003615157.1)以及鷹嘴豆(XP 004490378.1)蛋白的一致性最高;OoSnRK2.6蛋白也與蒺藜苜蓿(XP013456889.1)蛋白序列同源性最高。(6)在3種不利脅迫(ABA,NaCl和PEG)處理下,運(yùn)用qRT-PCR技術(shù)對(duì)目標(biāo)基因OoSnRK2.1和OoSnRK2.6進(jìn)行表達(dá)譜分析,結(jié)果表明:兩者都能夠由ABA激活,并且同時(shí)在3 h處達(dá)到較高的轉(zhuǎn)錄水平,在NaCl和PEG的處理下,OoSnRK2.1和OoSnRK2.6也能夠被誘導(dǎo)表達(dá),結(jié)果表明二者可能主要通過依賴ABA信號(hào)途徑參與抗逆反應(yīng)。綜上所述,本研究表明黃花棘豆OoABF2轉(zhuǎn)錄因子和其上游的OoSnRK2.1/OoSnRK2.6激酶家族通過依賴于ABA的信號(hào)通路在逆境脅迫中發(fā)揮了重要的作用,對(duì)于揭示和闡明黃花棘豆抗逆機(jī)制具有重要的意義。
【學(xué)位單位】:西北大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位年份】:2019
【中圖分類】:Q943.2;S812.6
【部分圖文】:

水分脅迫,轉(zhuǎn)錄因子,激酶,西北大學(xué)


西北大學(xué)碩士專業(yè)學(xué)位論文路可簡單概括為 PYR/PYL/RCARs→PP2C→SnRKs→AREB/AB。水分脅迫下 AREB/ABF 作為核心組分參與的 ABA 依賴性途徑 PP2Cs 與 SnRKs 結(jié)合使其去磷酸化,SnRKs 激酶失活,最終 A斷;受脅迫時(shí),植物體內(nèi) ABA 含量上升,能夠與受體結(jié)合成復(fù)合2Cs 對(duì) SnRKs 的抑制作用,從而激活 SnRKs 激酶。SnRKs 以磷酸游 AREB/ABF,進(jìn)而激活 ABA 信號(hào)途徑,誘導(dǎo)相關(guān)靶基因表達(dá)[

樣品質(zhì)量,純度高,檢測(cè)數(shù)據(jù),值分布


分析豆總 RNA 樣品質(zhì)量檢測(cè)RNzol 法,按照方法 2.2.3 的方法提取黃花棘豆總 RNA,利用 Nan結(jié)果顯示,OD260/280值分布在 1.8-2.1 區(qū)間,OD260/230在 2 以上,/μl(如表 2.5),以上結(jié)果均說明植物總 RNA 濃度和純度較高。瓊顯示,28S 條帶亮度最高,5S 條帶亮度極弱(如圖 2.1),這些結(jié)果 RNA 沒有降解和污染,純度高,完整性好,完全可用于后續(xù)實(shí)驗(yàn)表 2.5 黃花棘豆總 RNA 檢測(cè)數(shù)據(jù)Tab.2.5 Total RNA data of the O. ochrocephala 濃度(ng/μl) OD260/280OD260/21114.41 2.08 2.01902.50 2.05 2.07631.69 1.86 2.16

生物信息學(xué),預(yù)測(cè)目標(biāo),相互作用,數(shù)據(jù)庫


西北大學(xué)碩士專業(yè)學(xué)位論文Fig.2.1 Figure of O. ochrocephala total RNA agarose electrophoresis附注:M: DL2000(bp);樣品 1、2、3 為所提取 RNA 的 3 個(gè)生物學(xué)平行重復(fù)3.2 蛋白間相互作用預(yù)測(cè)分析利用在線軟件,利用生物信息學(xué)的方法預(yù)測(cè) OoABF2 轉(zhuǎn)錄因子與 OoSnRK2s 蛋是否存在相互作用,預(yù)測(cè)結(jié)果顯示,黃花棘豆 OoSnRK2s 與擬南芥氣孔開放因子ST1(AtSnRK2.6)有較高的一致性,黃花棘豆 OoABF2 與擬南芥 ABF2 蛋白也有高的一致性,而 OST1 與 ABF2 已被證實(shí)存在相互作用(如圖 2.2),這為研究黃花豆目標(biāo)蛋白的互作關(guān)系提供了有力的理論依據(jù)。

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本文編號(hào):2829037

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