【摘要】：DNA序列是一種符號序列,其承載了關(guān)于物種遺傳的全部信息,也編碼了物種在進化中的演化過程.DNA序列中的重復(fù)性結(jié)構(gòu)是反映物種演化過程的重要信息之一,其主要表現(xiàn)為周期性結(jié)構(gòu).本文主要從DNA序列周期性的角度來研究DNA序列的表示方法,并給出不同物種間親緣關(guān)系的比較方法.DNA序列具有復(fù)雜的周期性結(jié)構(gòu),除明顯重復(fù)性周期外,還存在著無法直接觀察的隱周期結(jié)構(gòu).DNA序列中具有隱周期結(jié)構(gòu)的成分可采用Ramanujan子空間進行刻畫,整個DNA序列所在的空間可視為一系列Ramanujan子空間的并集構(gòu)成.基于DNA序列的Ramanujan子空間可構(gòu)建周期分解模型.為了實現(xiàn)所提出模型的分解,將DNA序列看成信號來進行處理分析,應(yīng)用信號處理領(lǐng)域周期性識別的相關(guān)思想,針對DNA序列不等長且為了提高計算效率,提出了一種基于周期和能量策略的Ramanujan復(fù)共軛子空間匹配追蹤算法(CSPPE).由于DNA序列的周期性具有局部性的特點,在CSPPE算法的基礎(chǔ)上給出加窗的CSPPE算法,以適應(yīng)DNA序列局部周期性結(jié)構(gòu)的特點.通過加窗CSPPE算法可得到DNA序列的周期成分構(gòu)成,并將其作為DNA序列的表示.基于周期結(jié)構(gòu)分解的DNA序列表示方法和周期結(jié)構(gòu)的相似性度量方法,進行DNA序列相似性比較的實驗.實驗表明所提出的方法能很好地表示不同物種間的相似性程度,是一種有效的DNA序列表示方法.
【學位授予單位】：哈爾濱師范大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2019
【分類號】：TP301.6;Q523
【圖文】：

第２章ＤＮＡ序列的獲取和處理逡逑本章主要介紹ＤＮＡ序列數(shù)據(jù)的獲取和處理，并給出了在Ｍａｔｌａｂ軟件中實現(xiàn)逡逑的算法，簡述了邋ＤＮＡ序列轉(zhuǎn)化為向量描述子的過程．本章是ＤＮＡ序列表示及分逡逑析比較的基本工作．逡逑２．１邋ＤＮＡ序列數(shù)據(jù)獲取逡逑１．邐ＮＣＢＩ邋數(shù)據(jù)庫的邋ＧｅｎＢａｎｋ邋（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ／）上可獲取公開逡逑數(shù)據(jù)．如圖２－１．逡逑

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【參考文獻】

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1 鄭雙艷;趙永聚;許寶華;王子龍;李娟;;山羊CD4基因的克隆及組織表達分析[J];西南大學學報(自然科學版);2012年02期

2 李建伏;郭茂祖;;系統(tǒng)發(fā)生樹構(gòu)建技術(shù)綜述[J];電子學報;2006年11期

3 奇云;;黑猩猩與人類基因相似度達96％以上[J];生物學通報;2006年02期

本文編號：2733831