【摘要】：花羔紅點(diǎn)鮭(Salvelinus malma)為鮭科紅點(diǎn)鮭屬的魚(yú)類,體色由褐色至灰色。有陸封型和洄游型之分,在我國(guó)境內(nèi)主要為陸封型,終身生活于江河干流及支流清冷水域。食性廣,以底棲動(dòng)物及落入水面的昆蟲(chóng)為主,有的時(shí)候會(huì)跳出水面掠食�；ǜ峒t點(diǎn)鮭不僅能夠在不進(jìn)食情況下存活下來(lái),而且它們還可以根據(jù)大麻哈魚(yú)卵,它們最喜歡的食物的數(shù)量,改變腸道的體積。擴(kuò)展變化的腸道使花羔紅點(diǎn)鮭可以盡量多地利用多余的食物,盡可能地儲(chǔ)存能量。尤其在大麻哈魚(yú)魚(yú)卵被吃完的時(shí)候,花羔紅點(diǎn)鮭就開(kāi)始變得節(jié)約起來(lái)。通過(guò)縮小的腸道使自身不需要攝食太多,這樣就能夠維持身體機(jī)能的運(yùn)作。在生產(chǎn)實(shí)踐中,人們將花羔紅點(diǎn)鮭與七彩鮭(Salvelinus fontinalis)雜交獲得了雜交鮭(七彩鮭♀×花羔高紅點(diǎn)鮭♂)。雜交鮭在生產(chǎn)實(shí)踐中表現(xiàn)出良好的雜種優(yōu)勢(shì)。由于雜交種具有優(yōu)秀的的養(yǎng)殖經(jīng)濟(jì)性能,養(yǎng)殖戶更愿意選擇雜交種進(jìn)行養(yǎng)殖。目前由于花羔紅點(diǎn)鮭營(yíng)養(yǎng)價(jià)值高,養(yǎng)殖周期長(zhǎng),養(yǎng)殖環(huán)境要求完善,導(dǎo)致花羔紅點(diǎn)鮭價(jià)格居高不下。而且在我國(guó)對(duì)于三文魚(yú)界定的模糊,缺少完善的科研技術(shù)對(duì)于鮭魚(yú)的種質(zhì)進(jìn)行鑒定,鮭科魚(yú)類又善于通過(guò)雜交獲得,導(dǎo)致我國(guó)鮭魚(yú)市場(chǎng)品種混雜,雜交鮭魚(yú)泛濫,對(duì)于生物多樣性的保護(hù)起到了一定的不利影響,也對(duì)鮭魚(yú)消費(fèi)市場(chǎng)有很大的沖擊。本實(shí)驗(yàn)從線粒體基因組的角度,對(duì)生活在我國(guó)東北鴨綠江流域的的花羔紅點(diǎn)鮭,雜交鮭,進(jìn)行了比較分析,為我國(guó)鮭鱒魚(yú)屬種質(zhì)資源保護(hù)和利用提供了基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。其次本實(shí)驗(yàn)測(cè)定了花羔紅點(diǎn)鮭在注射嗜水氣單胞菌(實(shí)驗(yàn)組)和生理鹽水(對(duì)照組)的條件下的的全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組,并且通過(guò)對(duì)于花羔紅點(diǎn)鮭補(bǔ)體系統(tǒng)的基因的克隆,進(jìn)一步為我國(guó)花羔紅點(diǎn)鮭補(bǔ)體系統(tǒng)免疫基因分子演化提供數(shù)據(jù)支持�；ǜ峒t點(diǎn)鮭的完整線粒體基因組序列長(zhǎng)度為16,652個(gè)核苷酸,由13個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因,2個(gè)核糖體RNA基因,22個(gè)轉(zhuǎn)移RNA基因和2個(gè)非編碼區(qū)(L鏈復(fù)制起點(diǎn)和對(duì)照區(qū))組成,顯示出與大多數(shù)脊椎動(dòng)物的線粒體基因組相保守基因排列�；贑ytb基因的花羔紅點(diǎn)鮭以及其他四個(gè)紅點(diǎn)鮭亞種的系統(tǒng)發(fā)育分析表明,中國(guó)陸封型花羔紅點(diǎn)鮭與花羔紅點(diǎn)鮭亞種克氏紅點(diǎn)鮭和宮部紅點(diǎn)鮭有密切的關(guān)系。這個(gè)結(jié)果不支持花羔紅點(diǎn)鮭的已有物種分類關(guān)系,需要進(jìn)一步的研究來(lái)確定中國(guó)陸封花羔紅點(diǎn)鮭的系統(tǒng)發(fā)育位置。進(jìn)而又對(duì)雜交鮭的完整線粒體基因組序列進(jìn)行了測(cè)序。它長(zhǎng)度為16,623個(gè)核苷酸,由13個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因,2個(gè)核糖體RNA基因,22個(gè)轉(zhuǎn)移RNA基因和兩個(gè)非編碼區(qū)(L鏈復(fù)制起點(diǎn)和控制區(qū))組成,系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)顯示雜交鮭魚(yú)隸屬紅點(diǎn)鮭,在花羔紅點(diǎn)鮭與七彩鮭之間,與七彩鮭的關(guān)系更密切,原因可能是由于在線粒體基因組遺傳中,更偏向于母系遺傳,而雜交鮭的母本恰好是七彩鮭。雜交鮭的完整線粒體基因組序列為鮭魚(yú)分類提供了一個(gè)重要的信息,以便更好地了解鮭魚(yú)的生物多樣性和進(jìn)化,并且可以將其數(shù)據(jù)用于研究鮭魚(yú)類群的群體遺傳信息和物種鑒定的標(biāo)記。在以細(xì)菌侵染后花羔紅點(diǎn)斑鮭為材料,構(gòu)建了全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組文庫(kù)。經(jīng)過(guò)質(zhì)量控制,從31,233個(gè)高質(zhì)量轉(zhuǎn)錄本中共獲得27,829個(gè)轉(zhuǎn)錄本,并鑒定出24,541個(gè)開(kāi)放閱讀框(ORF),其中17,670個(gè)完整。將27,829個(gè)轉(zhuǎn)錄本用于功能富集和分類分析,25,809個(gè)轉(zhuǎn)錄本得到注釋。相對(duì)于后天免疫基因,注釋到更多先天免疫相關(guān)基因。為驗(yàn)證全長(zhǎng)轉(zhuǎn)錄組鑒定基因序列準(zhǔn)確性,選擇花羔紅點(diǎn)鮭C4基因進(jìn)行重新克隆測(cè)序驗(yàn)證,進(jìn)一步證明測(cè)序結(jié)果的準(zhǔn)確性。
【學(xué)位授予單位】：浙江海洋大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號(hào)】：Q78;S917.4
【圖文】：

14圖 2-1 花羔紅點(diǎn)鮭完整線粒體基因組的基因圖譜Fig 2.1 Gene map of the complete mitochondrial genome of Salvelinus malma .表 2-2 花羔紅點(diǎn)鮭線粒體基因組的特征Table 2.2 Characteristics of the complete mitochondrial genome of Salvelinus malma .Geneposition Size(bp) CodonFrom To Nucleotide Aminoacid Initiation StoptRNA-Phe 1 68 6812S rRNA 69 1015 947tRNA-Val 1016 1087 7216S rRNA 1088 2766 1679tRNA-Leu 2767 2841 75ND1 2842 3816 975 324 ATG TAAtRNA-Ile 3823 3894 72tRNA-Gln 3892 3962 71tRNA-Met 3962 4030 69ND2 4031 5080 1050 349 ATG TAA

第二章 花羔紅點(diǎn)鮭及其雜交種線粒體 DNA 測(cè)序及系統(tǒng)發(fā)育分析為了探索花羔紅點(diǎn)鮭的系統(tǒng)發(fā)育位置，使用其他九種鮭科物種的公共 Cytb 基因構(gòu)建了基于最大似然（ML）和貝葉斯方法的系統(tǒng)發(fā)育。兩種外系群物種，克拉克大麻哈魚(yú)（Oncorhynchus clarkii henshawi）和一種雜交鮭（O. mykiss x Salmo salar）被用作外群。通過(guò) Clustal X 以默認(rèn)設(shè)置比對(duì)核苷酸序列，并通過(guò) jModel Test 0.1[70]計(jì)算最佳擬合核苷酸模型（TrN + I）[71]。然后由 PhyML3.1[72]和 MrBayes[73]進(jìn)行 ML 和貝葉斯分析，并分別通過(guò) 1,000 次引導(dǎo)和后驗(yàn)概率驗(yàn)證。ML 和貝葉斯方法產(chǎn)生相同的系統(tǒng)發(fā)育（圖 2-2），表明中國(guó)陸封型花羔紅點(diǎn)鮭與花羔紅點(diǎn)鮭亞種克氏紅點(diǎn)鮭和宮部紅點(diǎn)鮭有密切的關(guān)系。它不支持花羔紅點(diǎn)鮭魚(yú)的單系種關(guān)系。需要進(jìn)一步研究形態(tài)學(xué)和分子比較，以解決中國(guó)陸封型花羔紅點(diǎn)鮭的系統(tǒng)發(fā)育位置。

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