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HOXC10啟動(dòng)子區(qū)域G-四鏈體結(jié)構(gòu)的鑒定及功能的研究

發(fā)布時(shí)間:2020-05-12 02:09
【摘要】:作為Homeobox家族中的一員,HOXC10在哺乳動(dòng)物的細(xì)胞分化和胚胎發(fā)育中起著重要的作用。越來(lái)越多的證據(jù)表明HOXC10在腫瘤的發(fā)生發(fā)展中具有調(diào)節(jié)作用,但關(guān)于HOXC10基因自身的表達(dá)調(diào)節(jié)相對(duì)被忽略。在本研究中,我們發(fā)現(xiàn)在HOXC10啟動(dòng)子的反義鏈上存在多個(gè)連續(xù)的鳥(niǎo)嘌呤序列,并且利用G-四鏈體預(yù)測(cè)網(wǎng)站發(fā)現(xiàn)每個(gè)多鳥(niǎo)嘌呤序列之間具有較高的形成G-quadreplex(G-四鏈體)結(jié)構(gòu)的潛力。針對(duì)有高潛力形成G-四鏈體的區(qū)域利用化學(xué)合成方法體外合成該區(qū)域?qū)?yīng)的寡核苷酸單鏈,通過(guò)圓二色譜實(shí)驗(yàn)分析并確定該區(qū)域存在的多個(gè)連續(xù)的鳥(niǎo)嘌呤序列在特定的波長(zhǎng)處呈現(xiàn)G-四鏈體結(jié)構(gòu)所展現(xiàn)的特定摩爾橢圓率,明確了 HOXC10啟動(dòng)子區(qū)域存在G-四鏈體結(jié)構(gòu)。進(jìn)一步通過(guò)非變性聚丙烯酰胺凝膠電泳展示該區(qū)域在一定濃度的氯化鉀溶液中能夠形成分子內(nèi)的G-四鏈體結(jié)構(gòu)。將寡核苷酸單鏈用轉(zhuǎn)染試劑轉(zhuǎn)入人的宮頸癌HeLa細(xì)胞中,用G-四鏈體的抗體BG4做免疫熒光檢測(cè)到熒光信號(hào),證實(shí)寡核苷酸單鏈在癌細(xì)胞自身內(nèi)環(huán)境中也可以形成G-四鏈體結(jié)構(gòu)。將HOXC10轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游2 000 bp的核苷酸序列通過(guò)PCR方法克隆到高斯熒光素酶報(bào)告載體中,并將能夠形成G-四鏈體結(jié)構(gòu)的區(qū)域進(jìn)行點(diǎn)突變或缺失突變,將不同的報(bào)告載體轉(zhuǎn)染到HeLa細(xì)胞中,利用發(fā)光底物檢測(cè)高斯熒光素酶表達(dá)情況。結(jié)果顯示G-四鏈體結(jié)構(gòu)缺失或突變能夠改變HOXC10啟動(dòng)子下游的高斯螢光素酶表達(dá)。據(jù)已報(bào)道文獻(xiàn)記載,G-四鏈體結(jié)構(gòu)的打開(kāi)需要解旋酶的調(diào)控,本研究分析了759個(gè)乳腺癌病人樣本,發(fā)現(xiàn)具有DNA解旋酶活性的染色質(zhì)重塑蛋白CHD7與HOXC10基因的表達(dá)呈正相關(guān),通過(guò)熒光素酶報(bào)告載體及CHD7表達(dá)干擾實(shí)驗(yàn)發(fā)現(xiàn)解旋酶CHD7能夠解開(kāi)HOXC10啟動(dòng)子中的G-四鏈體結(jié)構(gòu)并增強(qiáng)其基因表達(dá)。綜上實(shí)驗(yàn)結(jié)果,HOXC10啟動(dòng)子的G-rich區(qū)域能夠形成G-四鏈體結(jié)構(gòu),并且能夠被解旋酶CHD7解旋進(jìn)而調(diào)控HOXC10基因表達(dá)。
【圖文】:

鳥(niǎo)嘌呤,金屬陽(yáng)離子,中間位置,氫鍵


逑三個(gè)以上的分子內(nèi)或分子間的平面四鏈體,每個(gè)平面的鳥(niǎo)嘌呤之間通過(guò)Hoogsteen氫鍵穩(wěn)定逡逑其結(jié)構(gòu)[17],其中相鄰鳥(niǎo)嘌呤之間相對(duì)大約旋轉(zhuǎn)90°邋(圖1)邋[|8],中間位置為金屬陽(yáng)離子,四逡逑周的4個(gè)鳥(niǎo)嘌呤之間通過(guò)Hoogsteen氫鍵連接。一些金屬陽(yáng)離子緩沖溶液能夠穩(wěn)定G-四鏈逡逑體結(jié)構(gòu),其穩(wěn)定性順序?yàn)椋耍荆危幔荆危龋矗荆蹋椋簦欤梗。目前研宄者提出多種不同的算法來(lái)預(yù)測(cè)候逡逑選序列形成G-四鏈體結(jié)構(gòu)的潛能[2(W3]。在各種生化技術(shù)如圓二色譜、NMR光譜、非變性聚逡逑丙烯酰胺凝膠電泳等的幫助下,通過(guò)化學(xué)合成方法將內(nèi)源性啟動(dòng)子的鳥(niǎo)嘌呤富集區(qū)合成寡核逡逑苷酸單鏈,證明了邋G-四鏈體結(jié)構(gòu)可以在體外形成[17]。逡逑丫'逡逑)—(/h逡逑yWH逡逑H逡逑圖1邋G-四鏈體結(jié)構(gòu)平面圖逡逑中間位置為金屬陽(yáng)離子,四周的4個(gè)鳥(niǎo)嘌呤之間通過(guò)Hoogsteen氫鍵連接。逡逑Fig.邋1邋Schematic邋structures邋of邋G-quadruplex逡逑The邋intermediate邋position邋is邋the邋metal邋cation,邋and邋the邋four邋guanines邋around邋it邋are邋connected邋by邋Hoogsteen逡逑hydrogen邋bond.逡逑1.2.1邋G-四鏈體結(jié)構(gòu)的功能逡逑研宄發(fā)現(xiàn),G-四鏈體結(jié)構(gòu)廣泛分布于釀酒酵母細(xì)胞中和人類基因組上,尤其是在哺乳逡逑動(dòng)物中許多基因的G-四鏈體結(jié)構(gòu)區(qū)域是進(jìn)化保守的[24 ̄26]。并且大數(shù)據(jù)運(yùn)算發(fā)現(xiàn),,在人類基逡逑因組上存在的潛在G-四鏈體結(jié)構(gòu)形成位點(diǎn)超過(guò)30萬(wàn)個(gè)[25]。這些潛在的G-四鏈體結(jié)構(gòu)在調(diào)逡逑控的關(guān)鍵位點(diǎn)分布較多

區(qū)域圖,轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn),下劃線,紅色


在基因的啟動(dòng)子區(qū)域中,G-四鏈體結(jié)構(gòu)可以在其正義鏈或負(fù)義鏈中形成。本研宄檢測(cè)逡逑了人類HOXC10基因的啟動(dòng)子區(qū)域,發(fā)現(xiàn)在HOXC10基因臨近轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)的啟動(dòng)子區(qū)域逡逑存在胞嘧啶富集區(qū),見(jiàn)圖3-1,胞嘧啶富集區(qū)域?yàn)榧t色部分,而其互補(bǔ)鏈就正好存在著(G>逡逑sN^GgN^G^N^G^)。將轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的第一個(gè)核苷酸定義為“-1”時(shí),在-295和-逡逑272之間存在著連續(xù)4組5個(gè)胞嚼啶連續(xù)出現(xiàn)的情況,而其反向互補(bǔ)鏈則存在著連續(xù)4組5逡逑個(gè)鳥(niǎo)嘌呤連續(xù)出現(xiàn)的情況
【學(xué)位授予單位】:東北林業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2019
【分類號(hào)】:Q75

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