本實(shí)驗(yàn)室從自然患病的楊樹葉上分離到一株真菌菌株P(guān)A-2,通過18S r DNA序列分析,該菌株被鑒定為出芽短梗霉菌（Aureobacidium pullulans）。前期研究表明,該菌株發(fā)酵液對(duì)雜草具有顯著的除草活性,且對(duì)青海省主栽作物安全,具有開發(fā)成微生物源除草劑的潛力。因此,實(shí)驗(yàn)室開展了出芽短梗霉菌PA-2全基因組分析和次級(jí)代謝產(chǎn)物預(yù)測(cè),用現(xiàn)代分離純化方法探索次級(jí)代謝產(chǎn)物中活性物質(zhì)。研究得到以下結(jié)論:1.試驗(yàn)測(cè)序菌株P(guān)A-2全基因組,并對(duì)低質(zhì)量數(shù)據(jù)進(jìn)行過濾,過濾后的優(yōu)質(zhì)數(shù)據(jù)用于后續(xù)功能注釋和產(chǎn)物預(yù)測(cè)。結(jié)果表明,菌株P(guān)A-2的Reads總數(shù)為25,615,586,堿基總數(shù)3,673,018,658,堿基識(shí)別準(zhǔn)確率在99.9%以上的堿基占?jí)A基總數(shù)的95.28%,GC含量為49.83%。對(duì)其進(jìn)行GO、KOG、KEGG功能注釋中發(fā)現(xiàn)10839個(gè)蛋白編碼序列,其基因產(chǎn)物主要集中在生物學(xué)過程方面,如代謝產(chǎn)物的運(yùn)輸和轉(zhuǎn)運(yùn)�；蝾A(yù)測(cè)時(shí)發(fā)現(xiàn)有229個(gè)非編碼RNA,其中最多的是t RNA,最為活躍地參與菌體細(xì)胞內(nèi)的調(diào)控。產(chǎn)物預(yù)測(cè)中,菌株P(guān)A-2的次生代謝產(chǎn)物合成與Ⅰ型聚酮合酶（T1PKS）類途徑相關(guān),... 

【文章來源】：青海大學(xué)青海省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：70 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

農(nóng)產(chǎn)品在食品鏈中的損失

青海大學(xué)碩士學(xué)位論文第二章出芽短梗霉菌菌株P(guān)A-2全基因組測(cè)序分析21圖2.1產(chǎn)物預(yù)測(cè)基因簇相關(guān)描述Figure2.1Correlationdescriptionoftheproductpredictivegenecluster2.3結(jié)果與分析2.3.1菌株基因組及18SrDNA區(qū)段的擴(kuò)增結(jié)果采用熒光計(jì)核酸定量儀Qubit對(duì)菌株P(guān)A-2基因組DNA進(jìn)行定量檢測(cè)，濃度為39.6ng/μL，凝膠電泳后，電泳圖顯示條帶清晰，可以進(jìn)行下一步的試驗(yàn)。經(jīng)18SrDNA序列引物PCR擴(kuò)增后,獲得400bp大小的序列片段（圖2.2）。取PCR產(chǎn)物做1.0%瓊脂糖凝膠電泳，電泳結(jié)束后在FR980凝膠成像系統(tǒng)顯示。圖2.2PA-2菌株基因組DNA和18SrDNA序列1%瓊脂糖凝膠電泳圖Figure2.21%agarosegelelectrophoresisofPA-2straingenomicDNAand18SrDNAsequences2.3.2樣品拼接和BLAST結(jié)果將約400bp左右的條帶切膠回收后送sanger法測(cè)序，得到PA-2樣品序列如下：ATTGCACGAATCATAGCGTATATTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGTGTACTGGTCCGGCCGGGCCTTTCCTTCTGGGGAGCCGCATGCCCTTPA-2PA-2+Marker-

青海大學(xué)碩士學(xué)位論文第二章出芽短梗霉菌菌株P(guān)A-2全基因組測(cè)序分析23Herbarium327518SribosomalRNAgeneKP963612.1Dothidealessp.Rco004EF418SribosomalRNAgene41541541.840.099.76%KM388547.1AureobasidiumpullulansstrainMFLUCC14-028818SribosomalRNAgene41541541.840.099.76%AB746233.1Aureobasidiumpullulansgenefor18SrRNA41541541.840.099.76%AB746232.1Aureobasidiumnamibiaegenefor18SrRNA41541541.840.099.76%以上獲得的序列與數(shù)據(jù)庫比較，其結(jié)果表明，菌株P(guān)A-2的18SrDNA序列與數(shù)據(jù)庫中的1個(gè)出芽短梗霉菌菌株的18SrDNA序列有100%的相似性（表４），因此菌株P(guān)A-2確定為Aureobasidiumpullulans。2.3.3文庫質(zhì)量控制2.3.3.1文庫大小檢測(cè)建庫完成的文庫片段需要進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)文庫大小，取PCR產(chǎn)物進(jìn)行電泳檢測(cè)，如圖2.3：圖2.3構(gòu)建文庫的2%瓊脂糖凝膠電泳圖Figure2.32%agarosegelelectrophoresismapoftheconstructedlibraryPA-2Marker


本文編號(hào)：3140304