本實驗室從自然患病的楊樹葉上分離到一株真菌菌株P(guān)A-2,通過18S r DNA序列分析,該菌株被鑒定為出芽短梗霉菌（Aureobacidium pullulans）。前期研究表明,該菌株發(fā)酵液對雜草具有顯著的除草活性,且對青海省主栽作物安全,具有開發(fā)成微生物源除草劑的潛力。因此,實驗室開展了出芽短梗霉菌PA-2全基因組分析和次級代謝產(chǎn)物預(yù)測,用現(xiàn)代分離純化方法探索次級代謝產(chǎn)物中活性物質(zhì)。研究得到以下結(jié)論:1.試驗測序菌株P(guān)A-2全基因組,并對低質(zhì)量數(shù)據(jù)進行過濾,過濾后的優(yōu)質(zhì)數(shù)據(jù)用于后續(xù)功能注釋和產(chǎn)物預(yù)測。結(jié)果表明,菌株P(guān)A-2的Reads總數(shù)為25,615,586,堿基總數(shù)3,673,018,658,堿基識別準確率在99.9%以上的堿基占堿基總數(shù)的95.28%,GC含量為49.83%。對其進行GO、KOG、KEGG功能注釋中發(fā)現(xiàn)10839個蛋白編碼序列,其基因產(chǎn)物主要集中在生物學(xué)過程方面,如代謝產(chǎn)物的運輸和轉(zhuǎn)運�；蝾A(yù)測時發(fā)現(xiàn)有229個非編碼RNA,其中最多的是t RNA,最為活躍地參與菌體細胞內(nèi)的調(diào)控。產(chǎn)物預(yù)測中,菌株P(guān)A-2的次生代謝產(chǎn)物合成與Ⅰ型聚酮合酶（T1PKS）類途徑相關(guān),... 

【文章來源】：青海大學(xué)青海省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：70 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

農(nóng)產(chǎn)品在食品鏈中的損失

青海大學(xué)碩士學(xué)位論文第二章出芽短梗霉菌菌株P(guān)A-2全基因組測序分析21圖2.1產(chǎn)物預(yù)測基因簇相關(guān)描述Figure2.1Correlationdescriptionoftheproductpredictivegenecluster2.3結(jié)果與分析2.3.1菌株基因組及18SrDNA區(qū)段的擴增結(jié)果采用熒光計核酸定量儀Qubit對菌株P(guān)A-2基因組DNA進行定量檢測，濃度為39.6ng/μL，凝膠電泳后，電泳圖顯示條帶清晰，可以進行下一步的試驗。經(jīng)18SrDNA序列引物PCR擴增后,獲得400bp大小的序列片段（圖2.2）。取PCR產(chǎn)物做1.0%瓊脂糖凝膠電泳，電泳結(jié)束后在FR980凝膠成像系統(tǒng)顯示。圖2.2PA-2菌株基因組DNA和18SrDNA序列1%瓊脂糖凝膠電泳圖Figure2.21%agarosegelelectrophoresisofPA-2straingenomicDNAand18SrDNAsequences2.3.2樣品拼接和BLAST結(jié)果將約400bp左右的條帶切膠回收后送sanger法測序，得到PA-2樣品序列如下：ATTGCACGAATCATAGCGTATATTAAGTTGTTGCAGTTAAAAAGCTCGTAGTTGAACCTTGGGCCTGGCTGGCCGGTCCGCCTCACCGCGTGTACTGGTCCGGCCGGGCCTTTCCTTCTGGGGAGCCGCATGCCCTTPA-2PA-2+Marker-

青海大學(xué)碩士學(xué)位論文第二章出芽短梗霉菌菌株P(guān)A-2全基因組測序分析23Herbarium327518SribosomalRNAgeneKP963612.1Dothidealessp.Rco004EF418SribosomalRNAgene41541541.840.099.76%KM388547.1AureobasidiumpullulansstrainMFLUCC14-028818SribosomalRNAgene41541541.840.099.76%AB746233.1Aureobasidiumpullulansgenefor18SrRNA41541541.840.099.76%AB746232.1Aureobasidiumnamibiaegenefor18SrRNA41541541.840.099.76%以上獲得的序列與數(shù)據(jù)庫比較，其結(jié)果表明，菌株P(guān)A-2的18SrDNA序列與數(shù)據(jù)庫中的1個出芽短梗霉菌菌株的18SrDNA序列有100%的相似性（表４），因此菌株P(guān)A-2確定為Aureobasidiumpullulans。2.3.3文庫質(zhì)量控制2.3.3.1文庫大小檢測建庫完成的文庫片段需要進行瓊脂糖凝膠電泳檢測文庫大小，取PCR產(chǎn)物進行電泳檢測，如圖2.3：圖2.3構(gòu)建文庫的2%瓊脂糖凝膠電泳圖Figure2.32%agarosegelelectrophoresismapoftheconstructedlibraryPA-2Marker


本文編號：3140304