為探究大海馬幼體在高溫和低溫脅迫條件下基因表達水平的變化規(guī)律,采用Illumina平臺的PE150測序功能對大海馬幼體肝臟進行了轉(zhuǎn)錄組測序。對照組、高溫脅迫組和低溫脅迫組測序數(shù)據(jù)組裝后獲得22 513個單基因簇(Unigene),N50為2 223 bp,平均長度為1 122.71 bp。與對照組相比,高溫脅迫組共獲得14 009個差異表達基因,其中5 543個差異表達基因上調(diào),8 466個差異表達基因下調(diào);低溫脅迫組共獲得20 030個差異基因,14 016個差異表達基因上調(diào),6 014個差異表達基因下調(diào)。差異表達基因經(jīng)KEGG數(shù)據(jù)庫富集發(fā)現(xiàn),高/低溫脅迫均導致大海馬體內(nèi)抗氧化途徑相關(guān)基因表達(HSP70、HSP90、SOD等)發(fā)生顯著改變;另外,高溫脅迫還造成大海馬免疫系統(tǒng)相關(guān)基因(PIK3R、Akt、IL-10、TLR等)以及細胞凋亡相關(guān)基因(CYCS、CASP9、CASP3等)表達顯著改變;低溫脅迫造成DNA損傷修復(MSH、DDB2、XRCC2、RAD52、Ogg1、PMS2等)、脂肪酸代謝(StARD7、ApoA4、CYP51、Fadsd6等)和細胞凋亡(P21、P53、B...

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【部分圖文】：

圖6低溫脅迫組RT-qPCR及RNA-Seq的比較分析

圖5高溫脅迫組RT-qPCR及RNA-Seq的比較分析3討論

圖1GO統(tǒng)計柱狀圖

由圖3可知,H-testvsCK獲得14009個差異表達基因,其中顯著上調(diào)5543個,顯著下調(diào)8466個;L-testvsCK獲得20030個差異表達基因(14016個差異基因顯著上調(diào),6014個差異表達基因顯著下調(diào))。高溫脅迫組上調(diào)基因數(shù)量低于下調(diào)基因,而低....

圖2KOG功能分類統(tǒng)計圖

表4各個數(shù)據(jù)庫的注釋匯總表Table4Summaryofcommentsineachdatabase數(shù)據(jù)庫Database單基因簇數(shù)量Numberofunigenes百分比Percentage/%非冗余蛋白數(shù)據(jù)庫Nr2267153.64核酸序列....

圖3大海馬肝臟轉(zhuǎn)錄組中差異表達基因個數(shù)統(tǒng)計圖

圖2KOG功能分類統(tǒng)計圖圖4大海馬肝臟轉(zhuǎn)錄組中差異基因韋恩圖

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