小黃魚是中國東海重要的經(jīng)濟(jì)魚類。隨著二代測序技術(shù)的普及和價格的下降,本論文基于高通量測序技術(shù)對小黃魚的基因組進(jìn)行初略組裝。對大小黃魚進(jìn)行比較基因組學(xué)研究,提取小黃魚基因組中生長相關(guān)的正選擇基因。提供了一個新的思路來解決目前大黃魚養(yǎng)殖育種過程中遇到的各種問題。研究內(nèi)容如下:1.小黃魚的基因組初略組裝結(jié)果本研究利用東海野生小黃魚樣本進(jìn)行測序,一共得到了141 x覆蓋度的DNA序列數(shù)據(jù),小黃魚基因組存在高雜合或高重復(fù)的情況。在初步組裝時,使用了多種不同的基因組組裝軟件進(jìn)行組裝以選取最優(yōu)的組裝策略,最終選用Platanus組裝得到了649 Mb的基因組。通過短片段序列的回貼到基因組上發(fā)現(xiàn)99.28%的測序序列能夠重新比對到小黃魚的基因組上。Contig和Scaffold的N50值分別為3,761 bp和40,284 bp。由于是初略組裝所以從N50值上來看小黃魚的基因組拼裝的質(zhì)量不夠好,存在著序列碎片化的問題。結(jié)合從頭預(yù)測和基于數(shù)據(jù)庫的同源預(yù)測的分析策略對小黃魚進(jìn)行重復(fù)序列和基因注釋。小黃魚基因組的重復(fù)序列占比為19.03%,與大黃魚基因組中的重復(fù)序列比例接近。使用同源蛋白比對預(yù)測和從頭預(yù)測的...

【文章頁數(shù)】：60 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖2.1.1技術(shù)路線圖

圖2.1.1技術(shù)路線圖Figure2.1.1Technologyroadmap數(shù)據(jù)來源和質(zhì)控組組裝所需的材料和數(shù)據(jù)：本研究所用的小黃魚樣品（1齡/體重）由浙江省海洋水產(chǎn)研究所蔣日進(jìn)老師從東海海域捕撈獲得。為了DNA，將捕撈得到的新鮮樣品直接完全浸泡在100％酒精中并且....

圖2.1.2Illumina原始測序數(shù)據(jù)質(zhì)量圖

圖2.1.2Illumina原始測序數(shù)據(jù)質(zhì)量圖Figure2.1.2ThequalityfigureofIlluminasequencingdata2.1.3基因組組裝與注釋基因組組裝軟件通過DeBruijnGraph(DBG)的方法組裝出完整的單倍....

圖2.2.1Kmer深度分布圖

er深度分布圖。Kmer指的是將一條read人為的按照切割堿基序列最后苷酸序列。小黃魚基因組的Kmer分布呈雙峰，第一個峰的Kmer深度10，這意味著小黃魚基因組異質(zhì)性雜合位點(diǎn)豐富。一個序列長為Lbp（L-K+1）個Kmer。基因組大小G估計(jì)為G=....

圖2.2.6大黃魚、小黃魚、青鳉和劍尾魚的基因家族分析

圖2.2.6大黃魚、小黃魚、青鳉和劍尾魚的基因家族分析Figure2.2.6ThegenefamilyanalysisofL.crocea,L.polyactis,O.latipesandX.maculatus2.2.7物種進(jìn)化關(guān)系利用單拷貝直系同源基....

本文編號：3940803