刺激隱核蟲(chóng)是危害海洋經(jīng)濟(jì)魚(yú)類養(yǎng)殖業(yè)的寄生蟲(chóng)之一,而對(duì)于其感染魚(yú)類和相關(guān),免疫應(yīng)答機(jī)制尚不明確,有研究顯示魚(yú)類皮膚的粘膜免疫應(yīng)答在寄生蟲(chóng)感染過(guò)程中發(fā)揮重要作用。粘膜免疫系統(tǒng)由皮膚,鰓,腸道和泌尿組織組成。對(duì)于水生動(dòng)物而言,粘膜免疫尤為重要,這些組織和器官不僅是與水體密切接觸的部分,還是應(yīng)對(duì)病原體入侵的第一道防線。在對(duì)病原體入侵硬骨魚(yú)的研究中,研究熱點(diǎn)主要集中在傳統(tǒng)的免疫器官,如頭腎,胸腺等。而粘膜免疫并沒(méi)有得到相應(yīng)的重視。本課題選用斜帶石斑魚(yú)感染皮膚組織作為研究對(duì)象,首先從轉(zhuǎn)錄組層面宏觀的研究了皮膚在刺激隱核蟲(chóng)感染斜帶石斑魚(yú)后黏膜免疫系統(tǒng)的應(yīng)答情況。轉(zhuǎn)錄組結(jié)果顯示補(bǔ)體通路,趨化因子及趨化因子受體,Toll樣受體通路顯著富集。同時(shí)我們分析得到了一系列在感染過(guò)程中顯著富集的分子。在分析轉(zhuǎn)錄組過(guò)程中,我們開(kāi)發(fā)了一個(gè)用于富集分析,網(wǎng)絡(luò)分析和數(shù)據(jù)可視化的軟件包,用于優(yōu)化分析流程。在轉(zhuǎn)錄組的顯著差異表達(dá)基因中,我們挑選了BCR共受體和CD40/CD40L分子進(jìn)行深入的序列分析和表達(dá)譜研究。鑒定了EcIFITM1和EcCD81兩個(gè)BCR共刺激受體,其中EcCD81分子保守性較高。健康石斑魚(yú)的組織分布分...

【文章頁(yè)數(shù)】：63 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 緒論
    1.1 斜帶石斑魚(yú)
        1.1.1 分類及分布
        1.1.2 形態(tài)特征
        1.1.3 養(yǎng)殖情況
    1.2 轉(zhuǎn)錄組學(xué)
        1.2.1 建庫(kù)和測(cè)序
        1.2.2 轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)分析
        1.2.3 轉(zhuǎn)錄組學(xué)在魚(yú)類免疫研究中的應(yīng)用
    1.3 魚(yú)類免疫系統(tǒng)
        1.3.1 免疫相關(guān)組織和器官
        1.3.2 魚(yú)類免疫細(xì)胞
        1.3.3 體液免疫因子
    1.4 BCR通路相關(guān)基因研究情況
        1.4.1 BCR結(jié)構(gòu)
        1.4.2 BCR信號(hào)通路
        1.4.3 BCR共刺激受體
        1.4.4 BCR共抑制受體
    1.5 魚(yú)類粘膜免疫
        1.5.1 粘膜免疫與疫苗
        1.5.2 粘膜免疫組織中的抗體
        1.5.3 粘膜免疫組織中的T/B細(xì)胞
    1.6 刺激隱核蟲(chóng)
        1.6.1 刺激隱核蟲(chóng)及生活史
        1.6.2 刺激隱核蟲(chóng)的感染形式
        1.6.3 刺激隱核蟲(chóng)病的防治
    1.7 本研究的目的和意義
第二章 刺激隱核蟲(chóng)局部感染斜帶石斑魚(yú)的轉(zhuǎn)錄組分析
    2.1 實(shí)驗(yàn)材料和方法
        2.1.1 實(shí)驗(yàn)魚(yú)
        2.1.2 刺激隱核蟲(chóng)
        2.1.3 局部感染和采樣
        2.1.4 RNA提取,建庫(kù)和測(cè)序
        2.1.5 測(cè)序結(jié)果的質(zhì)控,組裝和注釋
        2.1.6 基因差異表達(dá)分析
        2.1.7 KEGG和GO網(wǎng)絡(luò)富集分析
        2.1.8 qRT-PCR驗(yàn)證
    2.2 結(jié)果分析
        2.2.1 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序和組裝
        2.2.2 基因差異表達(dá)分析
        2.2.3 免疫相關(guān)差異表達(dá)基因聚類
        2.2.4 qRT-PCR驗(yàn)證轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)
    2.3 討論
        2.3.1 獲得性免疫相關(guān)分子
        2.3.2 補(bǔ)體激活相關(guān)分子
        2.3.3 趨化因子和趨化因子受體
        2.3.4 Toll樣受體信號(hào)通路
        2.3.5 抗原遞呈和T/B細(xì)胞激活
    2.4 本章小結(jié)
第三章 用于通路和網(wǎng)絡(luò)分析的PYTHON軟件包
    3.1 相互作用網(wǎng)絡(luò)和通路數(shù)據(jù)庫(kù)
        3.1.1 通路數(shù)據(jù)庫(kù)
        3.1.2 相互作用網(wǎng)絡(luò)數(shù)據(jù)庫(kù)
        3.1.3 數(shù)據(jù)請(qǐng)求與處理
        3.1.4 數(shù)據(jù)導(dǎo)出
    3.2 網(wǎng)絡(luò)富集分析
        3.2.1 基因集合富集分析
        3.2.2 網(wǎng)絡(luò)富集分析
    3.3 網(wǎng)絡(luò)建模分析
        3.3.1 網(wǎng)絡(luò)傳播
        3.3.2 最優(yōu)子網(wǎng)絡(luò)
    3.4 數(shù)據(jù)可視化與導(dǎo)出
    3.5 本章小節(jié)
第四章 刺激隱核蟲(chóng)感染斜帶石斑魚(yú)BCR相關(guān)共刺激/抑制受體表達(dá)譜分析
    4.1 實(shí)驗(yàn)材料和方法
        4.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        4.1.2 感染組織樣品采集
        4.1.3 健康組織樣品采集
        4.1.4 感染組織樣品采集
        4.1.5 組織總RNA提取
        4.1.6 RNA反轉(zhuǎn)錄
        4.1.7 目的基因全長(zhǎng)克隆
        4.1.8 瓊脂糖凝膠電泳檢測(cè)
        4.1.9 PCR產(chǎn)物回收純化
        4.1.10 RACE
        4.1.11 序列分析
        4.1.12 BCR共刺激和共抑制受體引物設(shè)計(jì)
        4.1.13 qRT-PCR
        4.1.14 數(shù)據(jù)分析
    4.2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果與討論
        4.2.1 序列查找和克隆
        4.2.2 序列結(jié)構(gòu)分析
        4.2.3 組織分布
        4.2.4 感染后表達(dá)鑒定
    4.3 本章小結(jié)
結(jié)論與展望
    本文創(chuàng)新點(diǎn)
    展望
參考文獻(xiàn)
攻讀碩士學(xué)位期間取得的研究成果
致謝
附件



本文編號(hào)：3838571