淡水魚(yú)消化道噬菌體多樣性及噬菌體受體的遺傳學(xué)分析
發(fā)布時(shí)間:2021-05-08 15:10
由于水產(chǎn)養(yǎng)殖業(yè)的抗生素濫用,導(dǎo)致水產(chǎn)致病菌的耐藥性逐年增加,嚴(yán)重危害食品安全。本文以淡水魚(yú)的腸道為樣品,分離致病菌和噬菌體,研究魚(yú)類消化道中噬菌體種群多樣性,同時(shí)采用分子生物學(xué)方法,篩選宿主噬菌體受體分子相關(guān)基因。收集62份淡水魚(yú)腸道樣品,分離致病菌和噬菌體。使用TCBS、SS和MAC三種選擇性培養(yǎng)基,共分離到445株革蘭氏陰性菌,并作為指示菌分離噬菌體。通過(guò)富集培養(yǎng)和雙層平板法,分離到75株噬菌體。通過(guò)分析16S rRNA基因?qū)λ拗骶M(jìn)行鑒定,結(jié)果顯示,75株宿主菌分布在3個(gè)科、11個(gè)屬。曾經(jīng)被報(bào)道的宿主菌包括:氣單胞菌屬(Aeromonas)37株,弧菌屬(Vibrio)1株,檸檬酸菌屬(Citrobacter)19株,沙雷氏菌屬(Serratia)5株,摩根氏菌屬(Morganella)2株和變形桿菌屬(Proteua)3株。首次被發(fā)現(xiàn)的宿主菌包括:腸桿菌屬(Enterobacter)2株,步丘氏菌屬(Buttiauxella)2株,鄰單胞菌屬(Plesiomonas)2株,克呂沃爾氏菌屬(Kluyvera)1株和普羅維登斯菌屬(Providencia)1 株。本實(shí)驗(yàn)中分離株數(shù)最...
【文章來(lái)源】:天津科技大學(xué)天津市
【文章頁(yè)數(shù)】:75 頁(yè)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
ABSTRACT
1 前言
1.1 水產(chǎn)品的重要性和現(xiàn)狀
1.2 重要的水產(chǎn)致病菌
1.2.1 氣單胞菌屬
1.2.2 弧菌屬
1.2.3 變形桿菌屬
1.2.4 鄰單胞菌屬
1.2.5 摩根菌屬
1.3 噬菌體
1.3.1 噬菌體概述
1.3.2 噬菌體的受體
1.3.3 噬菌體的生態(tài)學(xué)意義
1.4 本文的研究意義及其內(nèi)容
1.4.1 本文研究意義
1.4.2 本文研究?jī)?nèi)容
2 材料與方法
2.1 樣品來(lái)源
2.2 選擇性培養(yǎng)基分離水產(chǎn)致病菌
2.2.1 選擇性培養(yǎng)基的種類和成分
2.2.2 選擇性培養(yǎng)基的分離原理
2.2.3 潛在水產(chǎn)致病菌的分離
2.3 乳酸菌的分離
2.4 芽孢桿菌的分離
2.5 噬菌體的分離
2.5.1 噬菌體的富集
2.5.2 雙層平板法分離噬菌體
2.5.3 噬菌體的純化
2.5.4 噬菌體的保存
2.6 致病菌的鑒定
2.6.1 基因組DNA的提取
2.6.2 致病菌16S rRNA基因的PCR擴(kuò)增
2.6.3 宿主菌16S rRNA基因的克隆及測(cè)序
2.6.4 使用BLAST工具分析宿主菌16S rRNA基因
2.6.5 構(gòu)建致病菌16S rRNA基因的系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)
2.7 氣單胞菌屬菌株的分型
2.7.1 氣單胞菌的PFGE分型
2.7.2 氣單胞菌屬菌株的RAPD分型
2.7.3 氣單胞菌屬菌株的ERIC-PCR分型
2.7.4 分析電泳結(jié)果構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)
2.8 氣單胞菌致病性分析
2.8.1 氣單胞菌毒力基因的PCR擴(kuò)增
2.8.2 溶血性分析
2.9 氣單胞菌噬菌體的生物學(xué)特性分析
2.9.1 噬菌體滴度測(cè)定
2.9.2 噬菌體宿主范圍的測(cè)定
2.9.3 噬菌體對(duì)宿主菌的生長(zhǎng)抑制試驗(yàn)
2.9.4 pH對(duì)噬菌體穩(wěn)定性的影響
2.10 氣單胞菌噬菌體受體相關(guān)基因的遺傳學(xué)分析
2.10.1 構(gòu)建氣單胞菌轉(zhuǎn)座子文庫(kù)
2.10.2 噬菌體抗性突變株對(duì)噬菌體的吸附分析
2.10.3 轉(zhuǎn)座子Tn5G插入位點(diǎn)的確定
2.10.4 突變子泳動(dòng)能力(swimming motility)的測(cè)定
3 結(jié)果與討論
3.1 淡水魚(yú)消化道內(nèi)的微生物生態(tài)分析
3.1.1 潛在致病菌的分離
3.1.2 乳酸菌的分離
3.1.3 芽孢桿菌的分離
3.2 淡水魚(yú)消化道內(nèi)噬菌體的分離
3.3 噬菌體宿主菌的鑒定和同源性分析
3.3.1 宿主菌16S rRNA基因的鑒定
3.3.2 宿主菌16S rRNA基因的同源性分析
3.4 氣單胞菌分型研究
3.4.1 氣單胞菌的RAPD分型
3.4.2 氣單胞菌的ERIC-PCR分型
3.4.3 氣單胞菌的PFGE分型
3.4.4 氣單胞菌的毒力基因擴(kuò)增和溶血性分析
3.5 氣單胞菌噬菌體宿主范圍的測(cè)定
3.6 噬菌體的生物學(xué)特性研究
3.6.1 噬菌體對(duì)宿主菌的抑制效應(yīng)
3.6.2 噬菌體與菌株的組合對(duì)生長(zhǎng)抑制的影響
3.6.3 pH對(duì)噬菌體穩(wěn)定性的影響
3.7 噬菌體受體相關(guān)基因的遺傳分析
3.7.1 構(gòu)建轉(zhuǎn)座子文庫(kù)篩選噬菌體耐受突變株
3.7.2 突變株的表型
3.7.3 鑒定突變子的插入位點(diǎn)
4 結(jié)論
5 展望
6 參考文獻(xiàn)
7 攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表論文情況
8 致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]陰離子交換晶膠層析分離質(zhì)粒DNA[J]. 郭延濤,沈紹傳,贠軍賢,姚克儉. 生物工程學(xué)報(bào). 2012(08)
[2]黏質(zhì)沙雷菌短尾噬菌體中國(guó)分離株的鑒定[J]. 徐鳳宇,劉永杰,馬紅霞,張巖,蘇勝兵,沈嬋娟,陸承平. 病毒學(xué)報(bào). 2012(04)
[3]鰻源嗜水氣單胞菌主要粘附素基因克隆表達(dá)及產(chǎn)物粘附功能分析[J]. 莊培德,楊金先,吳學(xué)敏,龔暉,林天龍. 中國(guó)人獸共患病學(xué)報(bào). 2011(02)
[4]細(xì)菌性魚(yú)病研究現(xiàn)狀與展望[J]. 秦玉廣,陳秀麗,朱永安,李秀啟,楊桂文,朱士文,王欽東,安利國(guó). 井岡山大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2010(03)
[5]溫泉魚(yú)致病性類志賀鄰單胞菌和舒氏氣單胞菌的分離鑒定和藥敏試驗(yàn)[J]. 余華,何智,嚴(yán)玉寶,楊光友,胡娟,周岷江. 中國(guó)動(dòng)物檢疫. 2009(07)
[6]斑點(diǎn)叉尾鮰致病菌株的鑒定及特性[J]. 陳林,譚愛(ài)萍,鄒為民. 大連水產(chǎn)學(xué)院學(xué)報(bào). 2009(03)
[7]異育銀鯽類志賀鄰單胞菌的鑒定[J]. 陸文浩,楊家新,陳輝,顧偉,楊鳶劼. 淡水漁業(yè). 2009(02)
[8]抗弧菌海洋細(xì)菌的分離篩選及其抗菌作用測(cè)定[J]. 暴增海,孔德平,王增池,馬桂珍,肖云. 水產(chǎn)科學(xué). 2009(01)
[9]我國(guó)海水養(yǎng)殖貝類弧菌病研究進(jìn)展[J]. 李國(guó),閆茂倉(cāng),常維山,劉連生,馬愛(ài)敏,林志華. 浙江海洋學(xué)院學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2008(03)
[10]銅綠假單胞菌PA1550基因?qū)τ緞?dòng)及蹭動(dòng)的影響[J]. 姚宏明,張璐,單志英,李迎麗,徐海津,喬明強(qiáng). 微生物學(xué)報(bào). 2008(07)
博士論文
[1]噬菌體與宿主細(xì)胞相互作用的微量熱研究[D]. 劉國(guó)生.武漢大學(xué) 2004
本文編號(hào):3175556
【文章來(lái)源】:天津科技大學(xué)天津市
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【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
ABSTRACT
1 前言
1.1 水產(chǎn)品的重要性和現(xiàn)狀
1.2 重要的水產(chǎn)致病菌
1.2.1 氣單胞菌屬
1.2.2 弧菌屬
1.2.3 變形桿菌屬
1.2.4 鄰單胞菌屬
1.2.5 摩根菌屬
1.3 噬菌體
1.3.1 噬菌體概述
1.3.2 噬菌體的受體
1.3.3 噬菌體的生態(tài)學(xué)意義
1.4 本文的研究意義及其內(nèi)容
1.4.1 本文研究意義
1.4.2 本文研究?jī)?nèi)容
2 材料與方法
2.1 樣品來(lái)源
2.2 選擇性培養(yǎng)基分離水產(chǎn)致病菌
2.2.1 選擇性培養(yǎng)基的種類和成分
2.2.2 選擇性培養(yǎng)基的分離原理
2.2.3 潛在水產(chǎn)致病菌的分離
2.3 乳酸菌的分離
2.4 芽孢桿菌的分離
2.5 噬菌體的分離
2.5.1 噬菌體的富集
2.5.2 雙層平板法分離噬菌體
2.5.3 噬菌體的純化
2.5.4 噬菌體的保存
2.6 致病菌的鑒定
2.6.1 基因組DNA的提取
2.6.2 致病菌16S rRNA基因的PCR擴(kuò)增
2.6.3 宿主菌16S rRNA基因的克隆及測(cè)序
2.6.4 使用BLAST工具分析宿主菌16S rRNA基因
2.6.5 構(gòu)建致病菌16S rRNA基因的系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)
2.7 氣單胞菌屬菌株的分型
2.7.1 氣單胞菌的PFGE分型
2.7.2 氣單胞菌屬菌株的RAPD分型
2.7.3 氣單胞菌屬菌株的ERIC-PCR分型
2.7.4 分析電泳結(jié)果構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)
2.8 氣單胞菌致病性分析
2.8.1 氣單胞菌毒力基因的PCR擴(kuò)增
2.8.2 溶血性分析
2.9 氣單胞菌噬菌體的生物學(xué)特性分析
2.9.1 噬菌體滴度測(cè)定
2.9.2 噬菌體宿主范圍的測(cè)定
2.9.3 噬菌體對(duì)宿主菌的生長(zhǎng)抑制試驗(yàn)
2.9.4 pH對(duì)噬菌體穩(wěn)定性的影響
2.10 氣單胞菌噬菌體受體相關(guān)基因的遺傳學(xué)分析
2.10.1 構(gòu)建氣單胞菌轉(zhuǎn)座子文庫(kù)
2.10.2 噬菌體抗性突變株對(duì)噬菌體的吸附分析
2.10.3 轉(zhuǎn)座子Tn5G插入位點(diǎn)的確定
2.10.4 突變子泳動(dòng)能力(swimming motility)的測(cè)定
3 結(jié)果與討論
3.1 淡水魚(yú)消化道內(nèi)的微生物生態(tài)分析
3.1.1 潛在致病菌的分離
3.1.2 乳酸菌的分離
3.1.3 芽孢桿菌的分離
3.2 淡水魚(yú)消化道內(nèi)噬菌體的分離
3.3 噬菌體宿主菌的鑒定和同源性分析
3.3.1 宿主菌16S rRNA基因的鑒定
3.3.2 宿主菌16S rRNA基因的同源性分析
3.4 氣單胞菌分型研究
3.4.1 氣單胞菌的RAPD分型
3.4.2 氣單胞菌的ERIC-PCR分型
3.4.3 氣單胞菌的PFGE分型
3.4.4 氣單胞菌的毒力基因擴(kuò)增和溶血性分析
3.5 氣單胞菌噬菌體宿主范圍的測(cè)定
3.6 噬菌體的生物學(xué)特性研究
3.6.1 噬菌體對(duì)宿主菌的抑制效應(yīng)
3.6.2 噬菌體與菌株的組合對(duì)生長(zhǎng)抑制的影響
3.6.3 pH對(duì)噬菌體穩(wěn)定性的影響
3.7 噬菌體受體相關(guān)基因的遺傳分析
3.7.1 構(gòu)建轉(zhuǎn)座子文庫(kù)篩選噬菌體耐受突變株
3.7.2 突變株的表型
3.7.3 鑒定突變子的插入位點(diǎn)
4 結(jié)論
5 展望
6 參考文獻(xiàn)
7 攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表論文情況
8 致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]陰離子交換晶膠層析分離質(zhì)粒DNA[J]. 郭延濤,沈紹傳,贠軍賢,姚克儉. 生物工程學(xué)報(bào). 2012(08)
[2]黏質(zhì)沙雷菌短尾噬菌體中國(guó)分離株的鑒定[J]. 徐鳳宇,劉永杰,馬紅霞,張巖,蘇勝兵,沈嬋娟,陸承平. 病毒學(xué)報(bào). 2012(04)
[3]鰻源嗜水氣單胞菌主要粘附素基因克隆表達(dá)及產(chǎn)物粘附功能分析[J]. 莊培德,楊金先,吳學(xué)敏,龔暉,林天龍. 中國(guó)人獸共患病學(xué)報(bào). 2011(02)
[4]細(xì)菌性魚(yú)病研究現(xiàn)狀與展望[J]. 秦玉廣,陳秀麗,朱永安,李秀啟,楊桂文,朱士文,王欽東,安利國(guó). 井岡山大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2010(03)
[5]溫泉魚(yú)致病性類志賀鄰單胞菌和舒氏氣單胞菌的分離鑒定和藥敏試驗(yàn)[J]. 余華,何智,嚴(yán)玉寶,楊光友,胡娟,周岷江. 中國(guó)動(dòng)物檢疫. 2009(07)
[6]斑點(diǎn)叉尾鮰致病菌株的鑒定及特性[J]. 陳林,譚愛(ài)萍,鄒為民. 大連水產(chǎn)學(xué)院學(xué)報(bào). 2009(03)
[7]異育銀鯽類志賀鄰單胞菌的鑒定[J]. 陸文浩,楊家新,陳輝,顧偉,楊鳶劼. 淡水漁業(yè). 2009(02)
[8]抗弧菌海洋細(xì)菌的分離篩選及其抗菌作用測(cè)定[J]. 暴增海,孔德平,王增池,馬桂珍,肖云. 水產(chǎn)科學(xué). 2009(01)
[9]我國(guó)海水養(yǎng)殖貝類弧菌病研究進(jìn)展[J]. 李國(guó),閆茂倉(cāng),常維山,劉連生,馬愛(ài)敏,林志華. 浙江海洋學(xué)院學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2008(03)
[10]銅綠假單胞菌PA1550基因?qū)τ緞?dòng)及蹭動(dòng)的影響[J]. 姚宏明,張璐,單志英,李迎麗,徐海津,喬明強(qiáng). 微生物學(xué)報(bào). 2008(07)
博士論文
[1]噬菌體與宿主細(xì)胞相互作用的微量熱研究[D]. 劉國(guó)生.武漢大學(xué) 2004
本文編號(hào):3175556
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