大刺鰍(Mastacembelus armatus)隸屬合鰓目(Symbranchiformes)、刺鰍科(Mastacembelidae)、刺鰍屬(Mastacembelus),是一種廣泛分布在我國南部各水系的重要的經(jīng)濟魚類。近年來,隨著經(jīng)濟的迅猛發(fā)展,人為過度捕撈和生存條件惡化等原因,促使大刺鰍野生資源下降,因此,保護大刺鰍的野生資源迫在眉睫。物種的遺傳多樣性(genetic diversity)是其適應環(huán)境和保持演化潛力的基礎,目前有關大刺鰍遺傳多樣性的研究較少,因此,本研究以不同水系的大刺鰍為研究對象,利用微衛(wèi)星標記(microsatellite marker)和EPIC(exon-primed intron-crossing)分子標記,對大刺鰍的遺傳多樣性和遺傳結構(genetic structure)進行研究,為其遺傳資源保護和利用奠定基礎。本研究的主要內(nèi)容如下:1.通過PIMA(PCR isolation of microsatellite arrays)法和RAD-seq(restrictionsite associated DNA tags sequencing)法兩種方法篩選了66對大刺鰍微衛(wèi)星引物。每對引物經(jīng)過聚丙烯酰胺凝膠電泳和毛細管電泳進行篩選。PIMA法開發(fā)的6對引物中有4對為多態(tài)引物,平均等位基因數(shù)NA為2.333,平均期望雜合度HE和觀測雜合度HO分別為0.272和0.139,平均多態(tài)信息含量(PIC)值為0.234,有4個位點經(jīng)校正后仍偏離哈迪溫伯格(Hardy-Weinberg)平衡(P0.05)。RAD-seq開發(fā)的60個位點中有30個偏離Hardy-Weinberg平衡,其中有58個位點表現(xiàn)出多態(tài)性,平均等位基因數(shù)為6.383,平均期望雜合度HE和觀測雜合度HO分別為0.602和0.760,平均PIC值為0.537。2.利用10個微衛(wèi)星分子標記對中國南部10個大刺鰍群體共283個個體進行了遺傳多樣性分析。結果顯示10個微衛(wèi)星位點在283個大刺鰍個體中共檢測出253個等位基因,平均等位基因數(shù)NA為3.3~11.1,觀測雜合度Ho為0.536~0.913,期望雜合度HE為0.452~0.799,PIC值為0.383~0.699。Hardy-Weinberg平衡檢驗結果顯示有若干個位點偏離平衡(P0.05)。分子變異分析(AMOVA)表明,遺傳變異來源主要在于個體內(nèi)(75%)。遺傳分化系數(shù)Fst為0.060~0.393,說明群體間存在高度的遺傳分化(Fst0.25)。Structure分析結果顯示大刺鰍群體分為5個自由交配群。基于遺傳距離構建的UPGMA聚類結果顯示10個群體分為5支,西雙版納群體(瀾滄江)與其他群體距離最遠。主坐標分析(Pco A)的結果與Structure分析的結果相似。瓶頸效應(bottleneck)檢測結果表明潮州(韓江)、百色(右江)和五華(梅江)群體可能經(jīng)歷過瓶頸效應。3.基于EPIC核基因標記對10個不同水系的大刺鰍群體進行遺傳多樣性分析。結果顯示共檢測到76個簡約信息位點,261個變異位點,185個單變異位點。河池(柳江)、樂昌(北江)和恩平(潭江)這3個群體的核苷酸多樣性較高,分別為0.00579、000544和0.00548,西雙版納和百色群體的核苷酸多樣性較低,分別是0.00265和0.00243。10個群體共有140個單倍型,其中有12個共享單倍型。西雙版納與其他9個群體之間的遺傳分化較大,10個群體平均Fst值為0.2103,說明大刺鰍群體間的遺傳變異顯著。10個群體平均遺傳距離是0.0013,西雙版納群體與其他9個群體的遺傳距離最遠。單倍型網(wǎng)絡圖結果顯示,遺傳距離較近的單倍型聚成一簇,西雙版納群體的單倍型較集中�；谶z傳距離構建UPGMA聚類樹,結果顯示,西雙版納先與其他群體分開,接著白沙(南渡江)單獨成一支,河池、百色和樂昌聚為一支,再與恩平聚為一支。中性檢驗(Neutral test)結果顯示增城(東江)、五華、龍巖(汀江)和3個群體近期可能經(jīng)歷過種群擴張。4.利用RAD-seq開發(fā)的60對微衛(wèi)星引物對7種魚類進行通用性擴增。在黃鱔(Monopterus albus)中有15對引物成功擴增,長吻棘鰍(Mastacembelus aculeatus)有13對引物成功擴增,泥鰍(Misgurnus anguillicaudatus)、橫紋南鰍(Schistura fasciolatus)和桂林薄鰍(Leptobotia guilinensis)擴增效率較低。其中Mat01位點在7種魚類中均能擴增出穩(wěn)定條帶,Mad22、Mad27和Mat09三個位點在5種魚類中成功擴增。二堿基位點的擴增率明顯高于三、四堿基。
【學位單位】：廣州大學
【學位級別】：碩士
【學位年份】：2017
【中圖分類】：S917.4
【部分圖文】：

1989; Pethiyagoda, 1991; Shrestha, 1994)，在我國則主要分布于廣東省、廣西壯族自治區(qū)、云南省、海南省和福建省河流中（成慶泰和鄭葆珊，1987）。其肉質(zhì)結實細嫩、味佳、無肌間刺，深受消費者歡迎，但由于數(shù)量稀少，漁民大肆捕撈，加上水質(zhì)惡化，導致其野生資源日漸枯竭。大刺鰍為底棲淡水魚類，體呈黑褐色，腹部灰白色，頭側(cè)有一黑色縱帶，身體有幾條縱向曲折線在后側(cè)相連形成網(wǎng)狀圖案，隨著個體增大，網(wǎng)紋逐漸模糊，吻突出，前鰓蓋骨后緣具有 2~3 根棘(Talwar&Jhingran, 1991)，因表皮具有黏液腺，大刺鰍表皮光滑而具有粘性（陳忠，2005）。Anand et al.(2012)等發(fā)現(xiàn)大刺鰍下頜突出，口腔狹小，咽部寬，牙齒小而鋒利，向內(nèi)傾斜。主要捕食小蝦、蚯蚓等底棲小型動物，且幼魚和成魚的食性沒有明顯差異。大刺鰍胃壁厚，粘膜層有明顯的縱向褶皺，有利于增加對食物的吸收面積，肌肉層較厚，有利于對食物的初步磨碎。

結果A 法開發(fā)大刺鰍微衛(wèi)星位點擴增結果如圖 2-1 所示，將 400~1000 bp 的 DNA 片段回收，步篩選圖如 2-2，毛細管電泳結果如圖 2-3。通過 PIMA 法共開發(fā) 6 對微衛(wèi)星引物，位點信息如表 2-2。300AC8 和 S289AAT5)為單態(tài)信息位點。等位基因數(shù)為 1~4 為 2.333，期望雜合度 HE和觀測雜合度 HO分別介于 0~0.610.300（平均 0.139)之間。有 4 對引物經(jīng)校正后仍偏離 Hardy– Microchecker 軟件進行無義等位基因(null allele)的檢測，結基因存在的現(xiàn)象。多態(tài)信息含量介于 0~0.533 之間，平均多態(tài)表 2-3）。

期望雜合度 HE和觀測雜合度 HO分別介0（平均 0.139)之間。有 4 對引物經(jīng)校正后仍偏離rochecker 軟件進行無義等位基因(null allele)的存在的現(xiàn)象。多態(tài)信息含量介于 0~0.533 之間-3）。 2-1 RAPD 引物瓊脂糖凝膠電泳圖（marker 為 D200sult of PCR products of RAPD primers tested by agarose
【參考文獻】

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本文編號：2874502