發(fā)布時間：2020-11-03 21:10

　　 凡納濱對蝦是我國乃至世界海水養(yǎng)殖的主導(dǎo)品種,但目前凡納濱對蝦的基礎(chǔ)研究薄弱,特別是繁殖分子機(jī)理的研究尚缺。本研究對不同發(fā)育時期的凡納濱對蝦雌雄性腺組織進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序和分析,鑒定性別差異表達(dá)的功能基因。通過雄性親蝦精巢(Testis)、剪眼柄前雌性親蝦卵巢(Ovary)及剪眼柄后 1 天(1 Day afer Eyestalk Ablation Ovary,1DaEAO)、6 天(6 Days afer Eyestalk Ablation Ovary,6DaEAO)的雌性親蝦卵巢等4個樣品的轉(zhuǎn)錄組測序,共獲得原始序列249,107,536條,經(jīng)質(zhì)量控制、過濾和de novo組裝后,獲得凡納濱對蝦性腺表達(dá)Unigenes 65,218個,平均長度1,021bp,N50達(dá)到2,000bp。注釋到NR,NT,Swiss-Prot,KEGG,(COG,GO庫的Unigenes 數(shù)量和比例分別是 26,482 個(87.39%),14,626 個(48.26%),23,062個(76.10%),20,659 個(68.17%),11,935 個(39.38%),12,320 個(40.65%)。對GO數(shù)據(jù)庫注釋的12,320個Unigenes進(jìn)行了 GO分類,其中分屬于分子功能、細(xì)胞組分和生物過程的Unigenes數(shù)分別為9,884個、19,939個和34,317個。注釋到KEGG庫的20,659個Unigenes映射到258個代謝通路上,定位基因最多的三個通路分別為代謝、RNA轉(zhuǎn)運和微絲骨架的調(diào)控。對卵巢(Ovary)和精巢(Testis)中的基因表達(dá)情況進(jìn)行比較,發(fā)現(xiàn)22,808個Unigenes呈現(xiàn)了性別特異性或差異性表達(dá)。其中3,529個在卵巢中上調(diào)表達(dá),另外19,279個在精巢中上調(diào)表達(dá)。經(jīng)過富集分析,得到414個精巢上調(diào)表達(dá) DEGs(differentially expressed genes)富集的 GO terms 和 646 個卵巢上調(diào)表達(dá)DEGs富集的GO terms,以及34個性別差異基因富集的代謝途徑。通過實時定量PCR驗證,我們鑒定獲得9個卵巢特異表達(dá),6個精巢特異表達(dá)、45個精巢上調(diào)表達(dá)和39個卵巢上調(diào)表達(dá)的Unigenes。另外,在10,411 個 Unigenes 序列中找到 13,223 個 SSRs,其中 2,192 個 Unigenes 包含多個SSR位點。本研究充實了凡納濱對蝦分子遺傳信息數(shù)據(jù)庫,并為其繁殖性狀的分子調(diào)控機(jī)理解析與應(yīng)用建立了基礎(chǔ),挖掘的SSR標(biāo)記可用于功能基因組研究和分子育種新技術(shù)的研發(fā)。
【學(xué)位單位】：廣西大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位年份】：2017
【中圖分類】：S917.4
【部分圖文】：

３結(jié)果與分析??３．１?ＲＮＡ質(zhì)檢結(jié)果??樣品電泳條帶清晰，５Ｓ較弱，沒有明顯降解現(xiàn)象（圖３－１）�？偭烤梢詽M足后續(xù)??實驗要求（表３－１）。檢測結(jié)果均可以為類型Ａ。??ｈｉ＾ｈｐ＾?＾?ｉ＾＾ｈｉｉｉｉｉ＾＾ｈｈ＾ｉｈｈｅ＇＇?ｖ?”??圖３－１凡納濱對奸總ＲＮＡ電泳圖??Ｆｉｇ?３－１?Ｔｈｅ?ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｇｒａｍ?ｏｆ?ｔｏｔａｌ?ＲＮＡ?ｅｘｔｒａｃｔｅｄ?ｆｒｏｍ?Ｌｉｔｏｐｅｎａｅｕｓ?ｖａｎｎａｍｅｉ??ＮａｎｏＤｒｏｐ?ＮＤ－２０００超微量分光光度計檢測濃度和純度，結(jié)果如下：??表３－１凡納濱對蝦總ＲＮＡ樣品濃度和純度??Ｔａｂｌｅ?３－１?Ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎ?ａｎｄ?ｐｕｒｉｔｙ?ｏｆ?ｔｏｔａｌ?ＲＮＡ?ｅｘｔｒａｃｔｅｄ?ｆｒｏｍ?Ｌｉｔｏｐｅｎａｅｕｓ?ｖａｎｎａｍｅｉ??濃度?ＯＤ??編號?實驗名稱?總量（Ｍｇ）??（ｎｇ／｜ＪＬ）?２６０／２８０???１?ＴｅｓｔｉｓＡ?１７８４．９?２．０９?８９．２??２?ＴｅｓｔｉｓＢ?２４５２．３?２．０

６ＤａＥＡＯ?文庫得到?６３，７８２，３４４、６０，３００，５４２、５８，１９５，３８０?和６１，０４８，９４８?的（＾３１１代還￡１８。組??裝結(jié)果總?Ｕｎｉｇｅｎｅｓ６５，２１８?個，總長?６６，５８７．５８ｍｂ，平均長度?ｌ，０２１ｂｐ，Ｎ５０?達(dá)到?２，０００?ｂｐ??（表３－３）。Ｕｎｉｇｅｎｅｓ的長度分布見圖３－２。??表３－３組裝質(zhì)量統(tǒng)計??Ｔａｂｌｅ?３－３?Ａｓｓｅｍｂｌｉｎｇ?ｑｕａｌｉｔｙ?ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ??Ｕｎｉｇｅｎｅｓ?Ｕｎｉｇｅｎｅｓ??ｃｌｅａｎ?ｒｅａｄｓ?ｃｌｅａｎ?ｒｅａｄｓ?Ｕｎｉｇｅｎｅｓ?？?＿＿??樣品名?平均長度?Ｎ５０長度??總數(shù)?總長度（Ｍｂ）?數(shù)量?，?、??（ｂｐ）?（ｂｐ）??Ｔｅｓｔｉｓ?６３，７８２，３４４?６３１４．３?／?／?／??Ｏｖａｒｙ?６０，３００，５４２?５９８１．３４?／?Ｉ?／??ＩＤａＥＡＯ?５８，１９５，３８０?５７６８．６３?／?／?／??６ＤａＥＡＯ?６１，０４８，９４８?６０４９．２３?／?／?／??Ｔｏｔａｌ?２４３，３２７，２１４?２４１１３．５?６５，２１８?１

圖中（Ａ）?ＮＲ注釋的ｅ－ｖａｌｕｅ分布；（Ｂ）?ＮＲ注釋的相似度分布；（Ｃ）?ＮＲ注釋的物種分布。??ＮＲ注釋的ｅ－ｖａｌｕｅ分布圖顯示３８．７％的映射序列有很強的同源性（＜ｌ．〇Ｅ－６０），而??６１．３％的序列有同源性（１．０Ｅ－５？１．０Ｅ－６０）（圖３－３Ａ）。相似度分布圖顯示一個類似的模??２１??
【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 楊銘;于洋;張曉軍;王全超;劉敬文;李富花;相建海;;基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的凡納濱對蝦微衛(wèi)星標(biāo)記開發(fā)[J];海洋科學(xué);2017年02期

2 曾地剛;陳秀荔;謝達(dá)祥;趙永貞;黎銘;陳曉漢;;利用高通量測序技術(shù)分析IHHNV感染凡納濱對蝦的基因差異表達(dá)[J];南方農(nóng)業(yè)學(xué)報;2013年11期

3 馬寧;曾地剛;;凡納濱對蝦微衛(wèi)星序列的篩選[J];西南農(nóng)業(yè)學(xué)報;2013年06期

4 水燕;史永紅;徐增洪;周鑫;;眼柄切除快速誘導(dǎo)甲殼動物生長發(fā)育研究進(jìn)展[J];廣東農(nóng)業(yè)科學(xué);2013年21期

5 祁云霞;劉永斌;榮威恒;;轉(zhuǎn)錄組研究新技術(shù):RNA-Seq及其應(yīng)用[J];遺傳;2011年11期

6 王興強,馬甡,董雙林;凡納濱對蝦生物學(xué)及養(yǎng)殖生態(tài)學(xué)研究進(jìn)展[J];海洋湖沼通報;2004年04期

7 王慧超,朱勇,夏慶友;黑腹果蠅的性別控制[J];遺傳;2003年01期

8 蔡生力,臧維玲,戴習(xí)林;河口區(qū)凡納對蝦親蝦培育及其生長和蛻皮[J];水產(chǎn)學(xué)報;2002年01期

9 張偉權(quán);世界重要養(yǎng)殖品種——南美白對蝦生物學(xué)簡介[J];海洋科學(xué);1990年03期

10 王紅勇;摘除眼柄誘導(dǎo)斑節(jié)對蝦成熟產(chǎn)卵的研究[J];海洋科學(xué);1989年05期

相關(guān)博士學(xué)位論文 前3條

1 于洋;凡納濱對蝦分子標(biāo)記的開發(fā)及其在遺傳育種中的應(yīng)用[D];中國科學(xué)院研究生院（海洋研究所）;2014年

2 薛淑霞;凡納濱對蝦抗對蝦白斑綜合癥病毒感染研究[D];浙江大學(xué);2013年

3 謝松;中國明對蝦（Fenneropenaeus chinensis）卵黃蛋白的生化性質(zhì)及基因克隆[D];河北大學(xué);2006年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前2條

1 周俊;斑節(jié)對蝦幾種激素和基因與卵巢發(fā)育相關(guān)性的研究[D];上海海洋大學(xué);2012年

2 周倩如;中國明對蝦（Fenneropenaeus chinensis）兩個DEAD-box家族基因Fc-vasa和Fc-PL10α的克隆和表達(dá)分析[D];中國海洋大學(xué);2007年

本文編號：2869104