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中韓俄沿海刺參種質(zhì)遺傳結(jié)構(gòu)分析及深海海參的生物進(jìn)化研究

發(fā)布時間:2020-10-26 10:02
   刺參,屬于棘皮動物中具有重要經(jīng)濟(jì)價值的水產(chǎn)商品,在我國主要分布于環(huán)渤海、黃海沿岸,近年來刺參產(chǎn)業(yè)蓬勃發(fā)展,我國養(yǎng)殖基地逐步向西部、南部擴(kuò)展。在刺參養(yǎng)殖規(guī)模逐步擴(kuò)大,養(yǎng)殖產(chǎn)業(yè)化過程中,病害、種質(zhì)退化、自然災(zāi)害尤其是夏季高溫引起的海參自溶現(xiàn)象嚴(yán)重制約著產(chǎn)業(yè)的可持續(xù)發(fā)展。而過度捕撈和環(huán)境污染導(dǎo)致自然海區(qū)的野生刺參數(shù)量急劇下降,野生刺參自然資源趨于枯竭,刺參已被世界自然保護(hù)聯(lián)盟收錄到瀕危物種紅色名錄的瀕危Endangered(EN)等級。因此,對不同地區(qū)野生刺參的種質(zhì)差異進(jìn)行調(diào)查研究,對保護(hù)刺參種群遺傳多樣性和改良刺參養(yǎng)殖品種,促進(jìn)刺參產(chǎn)業(yè)的健康高效發(fā)展具有重要意義。本文將重點(diǎn)從刺參的表觀特征、刺參品質(zhì)、刺參骨片差異及刺參的遺傳多樣性(SSR和mtDNA)四個方面,對來自于中國青島、煙臺、俄羅斯和韓國群山、木浦、浦項(xiàng)的海參種群進(jìn)行種質(zhì)差異分析。此外,對獲得的深海海參資源Y30071進(jìn)行分子遺傳學(xué)和系統(tǒng)進(jìn)化學(xué)分析,為解析深海棘皮動物遺傳特征、開發(fā)深海棘皮動物資源提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。利用本實(shí)驗(yàn)室與瑞滋海珍品有限責(zé)任公司的合作平臺,采集不同月齡養(yǎng)殖刺參苗種進(jìn)行骨片研究,為刺參年齡鑒定提供理論依據(jù)。1中韓俄沿海不同地理群體刺參的遺傳多樣性及種群結(jié)構(gòu)分析形態(tài)學(xué)分析發(fā)現(xiàn),不同群體刺參的體色、體重、體長、棘刺數(shù)等都有所差異,最顯著的是俄羅斯海參棘刺列數(shù)及總數(shù)最多,90%以上個體含有6列棘刺,韓國浦項(xiàng)紅參體色發(fā)紅,與常見的刺參色系區(qū)分顯著。品質(zhì)研究發(fā)現(xiàn),韓國群山黑參出皮率最高(85.78%),韓國浦項(xiàng)黃參多糖含量最高,達(dá)到了51.168 mg/g,因而在品質(zhì)方面各指標(biāo)有所差異,難以形成統(tǒng)一的定論。在骨片研究中,結(jié)果顯示共有4種類型的骨片,這4種骨片在8個群體中皆有分布,但可根據(jù)疣足、觸手和背部體壁穿孔板的有無以及管足、觸手和腹部體壁扣狀體的有無將不同群體來源的刺參區(qū)分開。本研究依據(jù)微衛(wèi)星和線粒體DNA擴(kuò)增分析對來自中國、韓國和俄羅斯沿海的8個刺參群體進(jìn)行種群遺傳結(jié)構(gòu)解析。結(jié)果顯示:13個微衛(wèi)星均能穩(wěn)定擴(kuò)增8個群體的樣本,在8個群體中共檢測出252個等位基因,平均有效等位基因數(shù)為6.5。對不同群體進(jìn)行UPGMA聚類分析圖顯示,中國青島群體、煙臺群體與韓國木浦黑參群體聚為一支,而俄羅斯刺參、韓國浦項(xiàng)黃參群體、韓國群山黑參群體和韓國浦項(xiàng)黑參群體聚為一支,而韓國浦項(xiàng)紅參群體作為外群,單獨(dú)聚為一支。mtDNA分析發(fā)現(xiàn)16S rRNA基因存在高度保守性,變異較低,COI和D-loop序列遺傳多樣性較為豐富,利用COI基因?qū)Σ勺云猪?xiàng)的3種體色刺參進(jìn)行遺傳分化分析,遺傳分化系數(shù)F_(st)0.05,不存在遺傳分化。對所采集的群體構(gòu)建基于COI基因的系統(tǒng)進(jìn)化樹結(jié)果顯示,青島海參群體與煙臺海參群體聚為一支,再與韓國群山黑參群體聚為一支,然后與韓國木浦黑參群體聚在一起,向外依次為俄羅斯群體及韓國浦項(xiàng)的三個群體;谖⑿l(wèi)星及COI基因的系統(tǒng)進(jìn)化分析均表明不同群體的刺參遺傳結(jié)構(gòu)及遺傳分化情況不僅與地理位置相關(guān),還受洋流及體色等因素影響。2深海重要棘皮動物物種鑒定及種質(zhì)分析本研究對采自西太平洋海山的一個深海海參樣本(編號Y30071)進(jìn)行了線粒體全基因組分析,并基于COI基因進(jìn)行分子進(jìn)化分析。利用高通量測序及相關(guān)軟件分析,得到了15,920 bp的線粒體基因組數(shù)據(jù),經(jīng)基因注釋獲得37個基因,包括13個蛋白質(zhì)編碼基因、2個核糖體RNA基因和22個轉(zhuǎn)運(yùn)RNA基因。多數(shù)基因位于H鏈,僅有1個蛋白編碼基因(ND6)和5個tRNA基因位于L鏈。本研究構(gòu)建了該樣本核糖體RNA和轉(zhuǎn)運(yùn)RNA的二級結(jié)構(gòu)圖,并對注釋得到的37個基因在線粒體上基因組的排序與6個已知物種進(jìn)行了分析比較,結(jié)果表明Y30071與仿刺參及海膽綱基因排布一致,但與海參綱的Cucumaria miniata存在差異。利用COI基因構(gòu)建的系統(tǒng)進(jìn)化樹顯示Y30071與Synallactes sp.聚為一支,表明該樣本屬于辛那參科,辛那參屬。3刺參不同月齡階段骨片形態(tài)及組成的差異分析采集同一批次所培育的不同月齡刺參進(jìn)行骨片形態(tài)及種類組成研究,結(jié)果發(fā)現(xiàn),在刺參1月齡時期就已出現(xiàn)骨片,但種類單一,主要是桌形體和桿狀體;到6月齡時期,刺參個體已具備成體形態(tài),桌形體、桿狀體、扣狀體、穿孔板均有出現(xiàn);10月齡和12月齡刺參骨片進(jìn)一步完善;20月齡骨片桌形體已出現(xiàn)退化現(xiàn)象,桌形體底盤外緣由光滑的圓形逐漸變得參差不齊。在刺參各組織中,除觸手外,桌形體數(shù)量最多,所占比例為78%-94%不等。而在觸手中,桿狀體含量較高,分別在6月齡、10月齡、12月齡、20月齡中占比為100%、19%、78%、76%?蹱铙w和穿孔板在各組織中分布較少,所占比例分別為0-17%、0-8%。在不同月齡階段,桌形體出現(xiàn)一定程度退化現(xiàn)象,主要變現(xiàn)為桌形體底盤孔數(shù)的減少及外緣由參差不齊變得圓滑,再到圓周逐步退化變得凹凸不平的過程。相應(yīng)結(jié)果將為刺參年齡鑒定提供科學(xué)的數(shù)據(jù)基礎(chǔ)及理論依據(jù)。
【學(xué)位單位】:上海海洋大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位年份】:2019
【中圖分類】:S917.4
【部分圖文】:

刺參,采樣地點(diǎn)


參體色的差異,韓國浦項(xiàng)采集的刺參又分為紅參、黃集 6 個海域 8 個不同地理群體刺參 225 頭。采集的刺取。不同群體的采樣地點(diǎn)及信息見表 2-1 和圖 2-1。表 2-1 不同地理種群刺參樣本采樣信息Tab.2-1 Information of Apostichopus japonicus sampling稱 采樣時間 位置 Name Collection Date Location 參(QD) 2017.05.26 36°02′N, 120°21′E (SK-PX-B) 2017.06.09 36°05′N, 129°27′E (SK-PX-R) 2017.06.09 36°05′N, 129°27′E (SK-PX-Y) 2017.06.10 36°05′N, 129°27′E (SK-QS-B) 2017.06.09 36°34′N, 126°23′E (SK-MP-B) 2017.06.09 34°07′N, 126°17′E (YT) 2017.07.03 38°17′N, 120°49′E RU) 2018.04.19 35°39′N,119°49′E

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圖 2-2 新鮮刺參處理流程Fig 2-2.Processing flow of fresh Apostichopus japonicas1.3 表觀特征結(jié)果所采集的海參種群,青島太平角海參體色為青綠色,體表帶黑斑,棘刺列數(shù)多數(shù)群體為 4 列,所采集樣本中,僅有一頭海參為 6 列棘刺;煙臺海參體色為黃褐色,所采集樣本均為 4 列棘刺;俄羅斯海參體色為黑褐色,棘刺列數(shù)除一頭為4 列外,其余均為 6 列;韓國各群體是冰凍海參快遞送來,化凍后均出現(xiàn)不同程度的化皮現(xiàn)象,所以難以數(shù)出棘刺列數(shù)及棘刺總數(shù),韓國群山黑參群體為青褐色,韓國木浦黑參群體為青褐色,韓國浦項(xiàng)黑參群體為褐色,韓國浦項(xiàng)黃參群體為黃褐色,韓國浦項(xiàng)紅參個體為紅褐色,且個體較大,其體重是所采集各群體中最重的。表 2-2 表觀特征結(jié)果Tab.2-2 Apparent feature results群體來源樣本數(shù)量體色棘刺列數(shù)棘刺總數(shù)體重(g)體長(cm)

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圖 2-3 不同地理種群海參照片F(xiàn)ig.2-3 Pictures of sea cucumbers from different geographical populations(QD)②煙臺(YT)③韓國群山黑參(SK-QS-B)④韓國木浦黑參(SK浦項(xiàng)黑參(SK-PX-B)⑥韓國浦項(xiàng)黃參(SK-PX-Y)⑦韓國浦項(xiàng)紅參(SK⑧俄羅斯海參(RU)質(zhì)研究與方法材料同 1.1 所采集樣本,實(shí)驗(yàn)方法如下::率是指海參體壁重與海參體重的比值。稱取放置 10 min 吐水,然后將刺參解剖,去除性腺、腸道、呼吸樹等內(nèi)臟及體腔液壁重與體重的比值即為出皮率。
【相似文獻(xiàn)】

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本文編號:2856849

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