【摘要】：魚類皮膚和鰓黏膜免疫系統(tǒng)在抵抗病原微生物感染過程中發(fā)揮重要作用。本研究以嗜水氣單胞菌(Aeromonas hydrophila)浸泡感染鯽魚(Carassius auratus)為實驗動物模型,通過Illumina Hiseq2000高通量測序結(jié)合實時熒光定量PCR(qRT-PCR)技術(shù),對誘導(dǎo)前后鯽皮膚和鰓轉(zhuǎn)錄組測序分析。結(jié)果表明,鯽皮膚轉(zhuǎn)錄組獲得13290171480 nt個讀序,共組裝Unigene118111個基因,平均長度958nt,其中有94776個基因注釋;鯽鰓獲得9776335500 nt個讀序,共組裝Unigene104213個基因,平均長度928 nt,其中有84259個基因注釋�；贕O、KEGG數(shù)據(jù)庫分析等發(fā)現(xiàn)主要有抗原加工和呈遞、吞噬小體、細胞粘附分子、趨化因子、細胞周期、補體和凝血系統(tǒng)、NK細胞介導(dǎo)細胞毒作用、細胞凋亡、TLR、NF-κB、BCR、TCR、NLR、JAK-STAT、MAPK、TGF-β、p53、Wnt、VEGF、Notch和mTOR等信號通路參與皮膚和鰓黏膜免疫應(yīng)答過程。根據(jù)嗜水氣單胞菌誘導(dǎo)鯽皮膚和鰓差異表達基因(DEGs),篩選獲得11個皮膚、12個鰓免疫相關(guān)基因并設(shè)計特異性引物,以鯽β-Actin為內(nèi)參基因,采用qRT-PCR方法對皮膚和鰓轉(zhuǎn)錄組測序結(jié)果進行基因表達水平驗證分析。結(jié)果表明,鯽皮膚免疫相關(guān)基因包括C反應(yīng)蛋白(CRP-2)、主要組織相容性復(fù)合體Ι(MHC-Ι)、主要組織相容性復(fù)合體II(MHC-II)、補體(C7)基因差異表達高于5倍以上,并且MHC-Ι、CRP-2、核轉(zhuǎn)錄因子抑制蛋白(IkBα)、腫瘤壞死因子(TNFβ)、S-腺苷甲硫氨酸基區(qū)域蛋白2(RSAD2)、腫瘤壞死因子受體相關(guān)因子(TRAF6)等基因表達水平在嗜水氣單胞菌感染6h上調(diào)表達顯著;MHC-II、C7、白細胞介素(IL-22)、干擾素誘導(dǎo)GTP結(jié)合蛋白(Mx1)基因在感染12h差異表達倍數(shù)較高,結(jié)果顯示qRT-PCR檢測結(jié)果與鯽皮膚轉(zhuǎn)錄組測序分析基本一致。對嗜水氣單胞菌誘導(dǎo)鯽鰓免疫相關(guān)基因進行基因表達水平驗證分析,其中發(fā)現(xiàn)MHC-I基因、白細胞介素(IL-17C)基因差異表達高于5倍以上,結(jié)果顯示與鰓轉(zhuǎn)錄組測序分析結(jié)果基本一致,并且qRT-PCR值偏高。本研究首次對嗜水氣單胞菌感染誘導(dǎo)鯽皮膚和鰓免疫應(yīng)答轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析,有助于了解魚類皮膚和鰓黏膜免疫系統(tǒng)的分子機制。
【學(xué)位授予單位】：江蘇師范大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：S917.4
【圖文】：

技術(shù)路線圖

嗜水氣單胞菌Zf1感染鯽魚皮膚和鰓的總RNA電泳圖

皮膚Unigene的長度分布統(tǒng)計

【參考文獻】

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本文編號：2765512