【摘要】：壯體長春鳊(Parabramis pekinensis strenosoma)與團頭魴(Megalobrama amblycephala)都是我國生長快、抗病強、營養(yǎng)價值高的人工養(yǎng)殖優(yōu)質(zhì)草食性魚類。壯體長春鳊作為長春鳊的一個亞種,具有優(yōu)良的肥滿度等生長特性,因此有著更大的經(jīng)濟價值和淡水養(yǎng)殖潛力。與此同時,壯體長春鳊的這種形態(tài)學(xué)變異是研究遺傳變異與表型差異的理想生物材料。團頭魴天然群體由于其生境被人為污染破壞和不合理的捕撈,已顯現(xiàn)出種群生物量驟減、體形驅(qū)小等狀況;另外,其養(yǎng)殖群體由于近親交配,也出現(xiàn)了生長速度變慢、性成熟個體變小和抗病力變差等情況。為了長春鳊和團頭魴種業(yè)的科學(xué)發(fā)展,其種質(zhì)資源保護和遺傳改良等相關(guān)研究工作已顯得非常重要。然而目前對壯體長春鳊的線粒體基因組分子數(shù)據(jù)報道甚少,團頭魴甚至魚類基因組學(xué)層面的密碼子偏好模型研究分析也沒有報道。(1)基于近源物種長春鳊設(shè)計14對引物,對壯體長春鳊線粒體全基因進行了擴增和序列分析,其全長16,623bp,A+T堿基占55.93%,表現(xiàn)一定A+T堿基偏好性,共含有37個基因和2個主要的非編碼區(qū),其的位置排列與已公布的其他大部分鯉科魚類基本相一致,通過比較分析其與長春鳊核苷酸相似度高,屬內(nèi)分化不明顯;基于13個蛋白編碼基因的湆亞科系統(tǒng)發(fā)育樹基本可靠,屬內(nèi)物種聚類較好與形態(tài)學(xué)分類基本一致。(2)基于14種湆亞科線粒體基因組數(shù)據(jù),分析了團頭魴密碼子使用偏好性及與其它湆亞科魚類使用的差異,團頭魴對密碼子的使用有著較強偏好性,發(fā)現(xiàn)了有25偏好性的密碼子,在同義密碼子使用中,團頭魴更偏好使用A結(jié)尾的密碼子;團頭魴與長春鳊、大眼華鳊密碼子使用偏好差異較小,與、海南湆、翹嘴湆、紅鰭原湆差異略大與寡鱗飄魚差異最大,差異大小與親緣關(guān)系相一致,密碼子的偏好較好的反映了湆亞科魚類的進化關(guān)系。(3)基于團頭魴RNA-seq數(shù)據(jù)對密碼子和密碼子對使用偏好進行了全面分析。識別出了5個高頻密碼子,而NUA和NCG密碼子使用頻率較低。此外還識別出了724個高頻密碼子對,其編碼335個氨基酸對;和14個偏好使用與199避免使用密碼子對。密碼子使用在基因不同位置有較大異質(zhì)性,靠近起始和終止密碼子附近的異質(zhì)性最大,且有保守的側(cè)翼序列或相鄰密碼子�；蜷g的密碼子使用偏好主要有GC3驅(qū)使,有6個GO分類和甲基化調(diào)節(jié)受基因GC3的影響。脊椎動物的密碼子模型都有著物種差異性且與進化地位有關(guān),使用密碼子對的偏好對脊椎動物的進化估計更加準確。本研究為評估利用壯體長春鳊種質(zhì)資源,探究屬內(nèi)遺傳變異及相關(guān)育種工作提供了分子資料;對團頭魴甚至魚類魚類密碼子生物學(xué),動物進化估計提供了重要參考和全新視角,對團頭魴轉(zhuǎn)基因密碼子優(yōu)化和育種方面的研究提供數(shù)據(jù)資料,為組學(xué)數(shù)據(jù)的挖掘與利用提供新思路。
【圖文】：

圖 2-1 壯體長春鳊線粒體基因組結(jié)構(gòu)圖Fig. 2-1 Gene map of P. pekinensis strenosoma mitochondrial genome序列分析表明，壯體長春鳊線粒體基因組堿基由 31.08%A，，24.85% T，27.76 16.31% G 組成，其中 A+T 占 55.93%，表現(xiàn)一定 A+T 堿基偏好性。在 13 個蛋

構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹，結(jié)果如圖 2-2 所示，魴屬的 4 個魚類首先聚在一起，然后與的 2 種魚類聚為一支，接著與華鳊屬聚為一大類后，再與湆屬和原湆屬聚為一后與 屬和飄魚屬的單系群相聚。其中青梢原湆與湆屬聚為一支，而不是原湆與形態(tài)學(xué)分類稍有不同，其他聚類結(jié)果所反映的親緣關(guān)系與現(xiàn)有的形態(tài)學(xué)分類，表明系統(tǒng)發(fā)育樹基本可靠。
【學(xué)位授予單位】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：S917.4

【參考文獻】

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本文編號：2711098