發(fā)布時(shí)間：2020-06-01 00:28

【摘要】：江豚(Neophocaena sp.)主要分布于印度和西太平洋沿岸狹長的淺水區(qū),從波斯灣到大多數(shù)印度-馬來西亞(Indo-Malay)地區(qū)的沿岸海洋,向北經(jīng)過中國海域到日本和韓國南部。本研究對窄脊江豚東亞亞種(N.asiaeorientalis sunameri)線粒體基因組全序列進(jìn)行了擴(kuò)增。同時(shí)還測定了11頭長江口江豚個(gè)體的線粒體控制區(qū)部分序列和Cyt b基因全序列,并結(jié)合Gen Bank已報(bào)道的其他不同水域的江豚的控制區(qū)和Cyt b序列,分析了不同江豚種群的遺傳多樣性、種群遺傳結(jié)構(gòu)以及種群歷史動態(tài)。結(jié)果主要如下:1.窄脊江豚東亞亞種線粒體基因組組成與結(jié)構(gòu)分析窄脊江豚東亞亞種線粒體基因組呈閉合環(huán)狀,全長16385bp,包括13個(gè)蛋白質(zhì)編碼基因(PCGs),22個(gè)tRNA基因,2個(gè)r RNA基因和兩段非編碼區(qū)(D-loop和輕鏈復(fù)制起點(diǎn)OL)。堿基組成為A(31.93%)、T(27.29%)、C(27.01%)、G(13.76%),并且(A+T)%大于(G+C)%。蛋白質(zhì)編碼基因的起始密碼子除了ND2的起始密碼子是ATT,ND3和ND5是ATA以外,其余基因起始密碼子都是ATG。COI的終止密碼子為AGG,Cyt b的終止密碼子為AGA,ND1和ATP8的終止密碼子為TAG,而ND4的終止密碼子為不完全的T,有三個(gè)基因(ND2,ND3,COIII)的終止密碼子為不完全的TA,其余基因的終止密碼子都是TAA。預(yù)測的22個(gè)tRNA二級結(jié)構(gòu),結(jié)果除tRNASer(AGY)的DHU臂缺失,其余所有tRNA均能形成典型的三葉草結(jié)構(gòu)。除了ND6基因和8個(gè)tRNA基因(tRNA~(Gln),tRNA~(Ala),tRNA~(Asn),tRNA~(Cys),tRNA~(Tyr),tRNA~(Ser),tRNA~(Pro)和tRNA~(Glu))是由輕鏈(L鏈)編碼,其余基因都是由重鏈(H鏈)編碼。基于24種近緣鯨豚類的線粒體基因組全序列,構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹結(jié)果顯示,鼠海豚科與一角鯨科和海豚科的親緣關(guān)系較近,且江豚與鼠海豚親緣關(guān)系最近。2.江豚的種群遺傳多樣性和種群遺傳結(jié)構(gòu)分析基于渤海種群(NYS)、長江口種群(YRE)、長江種群(YR)、南海北部種群(NSS)、臺灣種群(TS)及珠江口種群(PRE)的線粒體部分控制區(qū)序列分析,共發(fā)現(xiàn)26個(gè)變異位點(diǎn),定義了47種單倍型。臺灣種群(TS)的單倍型多樣性(Hd=0.625±0.093)和核苷酸多樣性相對較低(π=0.0021±0.0005),珠江口群體(YRE)的核苷酸多樣性最高(π=0.0047±0.0027)。6個(gè)地理種群間的FST值范圍為-0.02032~0.70277。AMOVA分析結(jié)果表明,當(dāng)6個(gè)江豚種群按地理組群劃分為[NYS];[YR,YRE];[NSS,TS];[PRE]時(shí),FCT值最大(0.42359),說明這種地理組群的劃分能較合理的體現(xiàn)出我國水域江豚種群的遺傳格局。基于渤海種群、長江口種群、長江種群、及珠江口種群的Cyt b全序列(1140bp)分析,共發(fā)現(xiàn)56個(gè)變異位點(diǎn),定義了44種單倍型。渤海種群單倍型多樣性(Hd=0.834±0.027)最高,而長江口群體的單倍型多樣性(Hd=0.286±0.196)和核苷酸多樣性(π=0.0015±0.0010)最低。AMOVA分析結(jié)果表明,按地理分不分組,種群內(nèi)存在顯著的遺傳分化(86.69%),而不同的地理區(qū)域之間和區(qū)域內(nèi)的遺傳變異分別只有0.67%和12.64%。基于江豚線粒體DNA控制區(qū)和Cyt b基因單倍型構(gòu)建的NJ樹和網(wǎng)絡(luò)圖結(jié)果顯示,單倍型沒有按照相應(yīng)的地理分布形成獨(dú)自的分支,不同地理種群的單倍型相互交叉。3.江豚中性檢測和種群歷史動態(tài)種群的中性檢驗(yàn)和錯(cuò)配分布的分析結(jié)果發(fā)現(xiàn)渤海種群(NYS),長江種群(YR)和臺灣種群(TS)的Tajima?s D0且P0.05,Fu?s Fs0且P0.05以及Fu and Li's D*和Fu and Li's F*呈負(fù)值且不顯著,這些都顯示三個(gè)種群經(jīng)歷了種群爆發(fā)和種群擴(kuò)張。珠江口種群(PRE)的Tajima?s D0且P0.05,Fu?s Fs0且P0.01及Fu and Li's D*和Fu and Li's F*呈負(fù)值且不顯著,錯(cuò)配曲線呈雙峰,說明珠江口種群處于動態(tài)平衡,歷史上沒有發(fā)生擴(kuò)張或明顯數(shù)量增長。
【圖文】：

1.3.2 系統(tǒng)進(jìn)化分析本研究下載了 GenBank 中已知鯨目等近緣物種的相應(yīng)線粒體基行分析，并以海象(Odobenus rosmarus rosmarus)為外群，采用 MEG鄰近法(neighbor-joining method, NJ)，最大似然法(maximum likeliho構(gòu)建了系統(tǒng)發(fā)育樹，，系統(tǒng)樹各分支的自舉檢驗(yàn)值(Bootstrap) 1000 次析了窄脊江豚東亞亞種在齒鯨亞目中的分類地位和它們之間的親緣關(guān)2 結(jié)果與分析2.1 PCR 和測序結(jié)果本實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)的 13 對 PCR 引物對窄脊江豚東亞亞種線粒體 DNA好，PCR 產(chǎn)物檢測均為單一的條帶，并且與預(yù)期的長度一致(見圖 2

各個(gè)基因的相對位置同其他哺乳動物相同[96-99](見圖2-2)。除了 ND6 基因和 8 個(gè) tRNA 基因(tRNAGln, tRNAAla, tRNAAsn, tRNACys, tRNATyr,tRNASer, tRNAPro和 tRNAGlu)是由輕鏈 (L 鏈)編碼其余基因都是由重鏈(H 鏈)編碼(見附件表 2-2)。圖 2-2 窄脊江豚東亞亞種線粒體基因組結(jié)構(gòu)圖Fig. 2-2 The gene map for complete mitochondrial genomeof the Neophocaena asiaeorientails sunameri2.3 基因間隔區(qū)與基因重疊區(qū)窄脊江豚東亞亞種線粒體基因組的各基因間隔區(qū)域共 13 處，間隔序列總長度為 36bp，tRNASer(UCN)和 tRNAAsp基因之間的間隔區(qū)最大，長度為 7bp�；蛑丿B區(qū)域共有9處，總長度為73bp。ATP8與ATP6基因之間重疊區(qū)最大，重疊大小為 31bp。其次是 ND5 與 ND6 基因之間，長度為 17bp。兩基因之間緊密排列，共有 16 處不存在間隔區(qū)也沒有重疊區(qū)域?
【學(xué)位授予單位】：上海海洋大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：S917.4

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8 蔡W

本文編號：2690687