【摘要】：菲律賓蛤仔(Ruditapes philippinarum)是我國(guó)四大養(yǎng)殖貝類之一,目前我國(guó)北方蛤仔養(yǎng)殖海區(qū)的苗種90%以上來(lái)自南方。由于長(zhǎng)期地理隔絕,不同地理群體之間在形態(tài)、生物學(xué)及遺傳性狀存在差異。南方群體大量移養(yǎng)北方后,占領(lǐng)當(dāng)?shù)赝林后w蛤仔生態(tài)位,加之人類無(wú)序捕撈,導(dǎo)致當(dāng)?shù)赝林后w頻臨滅絕,對(duì)當(dāng)?shù)厝后w遺傳結(jié)構(gòu)產(chǎn)生影響,遺傳多樣性喪失。因此,蛤仔土著群體的種質(zhì)資源保護(hù)已迫在眉睫�；诟蜃蠸SR分子遺傳標(biāo)記,構(gòu)建不同群體蛤仔DNA指紋圖譜及數(shù)字化指紋數(shù)據(jù)庫(kù),實(shí)現(xiàn)不同群體蛤仔的種群識(shí)別、親子鑒定、品種純度和真?zhèn)舞b定的計(jì)算機(jī)化遺傳鑒定。對(duì)蛤仔土著群體種質(zhì)資源保護(hù)提供有力保障。本實(shí)驗(yàn)共篩選了微衛(wèi)星引物66對(duì),其中43對(duì)引物在實(shí)驗(yàn)的6個(gè)群體中有特異擴(kuò)增條帶,擴(kuò)增成功率達(dá)65.15%,20對(duì)微衛(wèi)星引物具有群體間相容性高、多態(tài)性良好的特征,對(duì)菲律賓蛤仔6群體共300個(gè)樣品進(jìn)行擴(kuò)增分析,共檢測(cè)到518個(gè)等位基因。在6個(gè)群體中,斑馬蛤、福建連江、廣西北海、遼寧營(yíng)口、山東萊州以及天津群體的平均等位基因數(shù)(Na)在4.75-5.7之間。平均期望雜合度(He)在0.7011-0.7539之間。在天津(0.8660)中檢測(cè)到20個(gè)位點(diǎn)的最高值,而在廣西北海(0.4446)中最低值。微衛(wèi)星位點(diǎn)的PIC值在0.3922~0.8444之間;在山東萊州群體中RPg15608的PIC最大,為0.8444;天津群體中RPg16975的PIC值最小,為0.3922。在山東萊州、遼寧營(yíng)口、福建連江、斑馬蛤群體中20個(gè)位點(diǎn)均表現(xiàn)為高度多態(tài),高度多態(tài)的位點(diǎn)百分率均為100%;在廣西北海群體中高度多態(tài)的位點(diǎn)百分率為95%;在天津群體中高度多態(tài)的位點(diǎn)百分率為90%。2個(gè)標(biāo)記(RPg15429,RPg15608)在6個(gè)群體中的PIC值均大于0.7,這2個(gè)標(biāo)記可作為有效的遺傳標(biāo)記。平均多態(tài)信息含量(PIC)在0.6421-0.7068之間。這六個(gè)群體的遺傳多樣性為山東萊州斑馬蛤福建連江廣西北海天津遼寧營(yíng)口。大部分存在顯著或極顯著偏離哈代-溫伯格定律,說(shuō)明微衛(wèi)星引物在種群中可能存在無(wú)效等位基因,同時(shí)也表明本文檢測(cè)的六個(gè)群體很可能存在近交現(xiàn)象。計(jì)算菲律賓蛤仔6個(gè)群體間的Nei's相似性以及遺傳距離,Nei's相似系數(shù)為0.6591-0.8472遺傳距離為01659-1.4169,福建連江和遼寧營(yíng)口相似性系數(shù)最高,為0.8472,福建連江和天津遺傳相似性最低,為0.6591。在此基礎(chǔ)上,首次構(gòu)建了不同地理群體的菲律賓蛤仔DNA指紋圖譜,開(kāi)發(fā)出兩種軟件:一種是網(wǎng)頁(yè)版軟件;另一種為單機(jī)版程序軟件。網(wǎng)頁(yè)版軟件的優(yōu)點(diǎn)是操作簡(jiǎn)單,不需要下載,有網(wǎng)絡(luò)即可進(jìn)行操作;缺點(diǎn)則是需要使用MATLAB軟件,修改文件格式,在沒(méi)有網(wǎng)絡(luò)的情況下不能夠進(jìn)行操作,有一定局限性。單機(jī)版軟件,使用者下載后可以在沒(méi)有網(wǎng)絡(luò)的情況下進(jìn)行操作,并且不需要使用MATLAB軟件將等位基因頻率數(shù)據(jù)庫(kù)的格式進(jìn)行更改,直接在EXCEL軟件中錄入數(shù)據(jù)庫(kù),最后導(dǎo)入到該程序中可立刻得到相似度矩陣,操作簡(jiǎn)單方便,精確到小數(shù)點(diǎn)后6位,得到結(jié)果更加準(zhǔn)確。
【圖文】：

圖 2-1 基因組 DNA 瓊脂糖電泳圖M：DL2000 分子量標(biāo)準(zhǔn)；1-24：基因組 DNA 樣品Fig 2-1 Genomic DNA samples detected on agarose gelM: DL2000 DNA marker; 1-24: genomic DNA samples4.2 6 個(gè)群體菲律賓蛤仔的 SSR 擴(kuò)增結(jié)果本實(shí)驗(yàn)共計(jì)篩選了微衛(wèi)星引物 66 對(duì)，其中 43 對(duì)引物在實(shí)驗(yàn)的 6 個(gè)群體中有特異擴(kuò)增條帶，擴(kuò)增成功率達(dá) 65.15%，其中 20 對(duì)微衛(wèi)星引物具有群體間相容性高、多態(tài)性良好的特征。微衛(wèi)星引物的特征性描述如表 2-1，利用這 20 對(duì)微衛(wèi)星引物對(duì)菲律賓蛤仔 6 群體共 300 個(gè)樣品進(jìn)行擴(kuò)增分析，，二十個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)共檢測(cè)到 518 個(gè)等位基因。4.2.1 等位基因數(shù)（Na）、期望雜合度（He）及多態(tài)信息含量（PIC）本研究采用 20 個(gè)微衛(wèi)星標(biāo)記，六個(gè)群體共監(jiān)測(cè)到等位基因 518 個(gè)。在 6 個(gè)

從微衛(wèi)星指紋圖譜(圖 1-1)中，我們篩選到 2 個(gè)特異的微衛(wèi)星標(biāo)記(RPg16260和 RPg15246)可用于菲律賓蛤仔群體的區(qū)分，通過(guò)多次相同引物對(duì)應(yīng)不同群體中隨機(jī)個(gè)體進(jìn)行實(shí)驗(yàn)，產(chǎn)生的特異性條帶 RPg16260 和 RPg15246 分別可將廣西北海菲律賓蛤仔群體和斑馬喴群體直接鑒定，其部分結(jié)果見(jiàn)圖 2-2。
【學(xué)位授予單位】：大連海洋大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號(hào)】：S917.4

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：2611258