【摘要】：菲律賓蛤仔(Ruditapes philippinarum)是我國四大養(yǎng)殖貝類之一,目前我國北方蛤仔養(yǎng)殖海區(qū)的苗種90%以上來自南方。由于長期地理隔絕,不同地理群體之間在形態(tài)、生物學(xué)及遺傳性狀存在差異。南方群體大量移養(yǎng)北方后,占領(lǐng)當?shù)赝林后w蛤仔生態(tài)位,加之人類無序捕撈,導(dǎo)致當?shù)赝林后w頻臨滅絕,對當?shù)厝后w遺傳結(jié)構(gòu)產(chǎn)生影響,遺傳多樣性喪失。因此,蛤仔土著群體的種質(zhì)資源保護已迫在眉睫�；诟蜃蠸SR分子遺傳標記,構(gòu)建不同群體蛤仔DNA指紋圖譜及數(shù)字化指紋數(shù)據(jù)庫,實現(xiàn)不同群體蛤仔的種群識別、親子鑒定、品種純度和真?zhèn)舞b定的計算機化遺傳鑒定。對蛤仔土著群體種質(zhì)資源保護提供有力保障。本實驗共篩選了微衛(wèi)星引物66對,其中43對引物在實驗的6個群體中有特異擴增條帶,擴增成功率達65.15%,20對微衛(wèi)星引物具有群體間相容性高、多態(tài)性良好的特征,對菲律賓蛤仔6群體共300個樣品進行擴增分析,共檢測到518個等位基因。在6個群體中,斑馬蛤、福建連江、廣西北海、遼寧營口、山東萊州以及天津群體的平均等位基因數(shù)(Na)在4.75-5.7之間。平均期望雜合度(He)在0.7011-0.7539之間。在天津(0.8660)中檢測到20個位點的最高值,而在廣西北海(0.4446)中最低值。微衛(wèi)星位點的PIC值在0.3922~0.8444之間;在山東萊州群體中RPg15608的PIC最大,為0.8444;天津群體中RPg16975的PIC值最小,為0.3922。在山東萊州、遼寧營口、福建連江、斑馬蛤群體中20個位點均表現(xiàn)為高度多態(tài),高度多態(tài)的位點百分率均為100%;在廣西北海群體中高度多態(tài)的位點百分率為95%;在天津群體中高度多態(tài)的位點百分率為90%。2個標記(RPg15429,RPg15608)在6個群體中的PIC值均大于0.7,這2個標記可作為有效的遺傳標記。平均多態(tài)信息含量(PIC)在0.6421-0.7068之間。這六個群體的遺傳多樣性為山東萊州斑馬蛤福建連江廣西北海天津遼寧營口。大部分存在顯著或極顯著偏離哈代-溫伯格定律,說明微衛(wèi)星引物在種群中可能存在無效等位基因,同時也表明本文檢測的六個群體很可能存在近交現(xiàn)象。計算菲律賓蛤仔6個群體間的Nei's相似性以及遺傳距離,Nei's相似系數(shù)為0.6591-0.8472遺傳距離為01659-1.4169,福建連江和遼寧營口相似性系數(shù)最高,為0.8472,福建連江和天津遺傳相似性最低,為0.6591。在此基礎(chǔ)上,首次構(gòu)建了不同地理群體的菲律賓蛤仔DNA指紋圖譜,開發(fā)出兩種軟件:一種是網(wǎng)頁版軟件;另一種為單機版程序軟件。網(wǎng)頁版軟件的優(yōu)點是操作簡單,不需要下載,有網(wǎng)絡(luò)即可進行操作;缺點則是需要使用MATLAB軟件,修改文件格式,在沒有網(wǎng)絡(luò)的情況下不能夠進行操作,有一定局限性。單機版軟件,使用者下載后可以在沒有網(wǎng)絡(luò)的情況下進行操作,并且不需要使用MATLAB軟件將等位基因頻率數(shù)據(jù)庫的格式進行更改,直接在EXCEL軟件中錄入數(shù)據(jù)庫,最后導(dǎo)入到該程序中可立刻得到相似度矩陣,操作簡單方便,精確到小數(shù)點后6位,得到結(jié)果更加準確。
【圖文】：

圖 2-1 基因組 DNA 瓊脂糖電泳圖M：DL2000 分子量標準；1-24：基因組 DNA 樣品Fig 2-1 Genomic DNA samples detected on agarose gelM: DL2000 DNA marker; 1-24: genomic DNA samples4.2 6 個群體菲律賓蛤仔的 SSR 擴增結(jié)果本實驗共計篩選了微衛(wèi)星引物 66 對，其中 43 對引物在實驗的 6 個群體中有特異擴增條帶，擴增成功率達 65.15%，其中 20 對微衛(wèi)星引物具有群體間相容性高、多態(tài)性良好的特征。微衛(wèi)星引物的特征性描述如表 2-1，利用這 20 對微衛(wèi)星引物對菲律賓蛤仔 6 群體共 300 個樣品進行擴增分析，，二十個微衛(wèi)星位點共檢測到 518 個等位基因。4.2.1 等位基因數(shù)（Na）、期望雜合度（He）及多態(tài)信息含量（PIC）本研究采用 20 個微衛(wèi)星標記，六個群體共監(jiān)測到等位基因 518 個。在 6 個

從微衛(wèi)星指紋圖譜(圖 1-1)中，我們篩選到 2 個特異的微衛(wèi)星標記(RPg16260和 RPg15246)可用于菲律賓蛤仔群體的區(qū)分，通過多次相同引物對應(yīng)不同群體中隨機個體進行實驗，產(chǎn)生的特異性條帶 RPg16260 和 RPg15246 分別可將廣西北海菲律賓蛤仔群體和斑馬喴群體直接鑒定，其部分結(jié)果見圖 2-2。
【學(xué)位授予單位】：大連海洋大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號】：S917.4

【參考文獻】

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本文編號：2611258