【摘要】：縊蟶具有很高的經(jīng)濟(jì)價(jià)值,其養(yǎng)殖的歷史悠久。分子標(biāo)記輔助育種較傳統(tǒng)養(yǎng)殖模式,能大大提高縊蟶養(yǎng)殖的效率。建立高密度縊蟶遺傳連鎖圖譜,能對(duì)縊蟶分子輔助育種起到有效的幫助。本實(shí)驗(yàn)在開發(fā)了微衛(wèi)星標(biāo)記和SLAF標(biāo)記的基礎(chǔ)上,建立了縊蟶家系親子鑒定技術(shù),構(gòu)建了縊蟶遺傳圖譜。主要研究?jī)?nèi)容如下:1.通過(guò)磁珠富集對(duì)微衛(wèi)星文庫(kù)進(jìn)行構(gòu)建,設(shè)計(jì)并開發(fā)400對(duì)引物,篩選并合成了30對(duì)微衛(wèi)星引物,用12個(gè)縊蟶個(gè)體對(duì)18個(gè)微衛(wèi)星引物進(jìn)行多態(tài)性分析。18對(duì)微衛(wèi)星引物在12個(gè)個(gè)體中等位基因?yàn)?~6,平均每對(duì)等位基因?yàn)?.00,位點(diǎn)G_ScSSR110等位基因最多,為6個(gè);觀測(cè)雜合度在0.000~1.000之間,平均值為0.5813;期望雜合度0.290~0.779,平均值為0.5284;多態(tài)信息含量為0.239~0.703,平均值0.4322。選取其中8對(duì)多態(tài)性較高的引物,對(duì)作圖家系進(jìn)行親子鑒定,8個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)的親子標(biāo)記排除率,當(dāng)兩個(gè)親本基因型未知的情況下,單個(gè)親本排除率(E-1P)為0.583~0.916,平均值為0.7900;當(dāng)一個(gè)親本基因型已知的情況下,另一個(gè)親本的排除率(E-2P)為0.406~0.830,平均值為0.6539。排除錯(cuò)配在1對(duì)引物以上的子代個(gè)體,鑒定出其中154個(gè)個(gè)體屬于同一家系。2.通過(guò)磁珠富集法開發(fā)并了400對(duì)引物,通過(guò)篩選得到30個(gè)多態(tài)性標(biāo)記;同時(shí)搜索EST庫(kù)得到2010個(gè)微衛(wèi)星引物序列,篩選五核苷酸、四核苷酸、三核苷酸序列得429個(gè)標(biāo)記,對(duì)其基因組位點(diǎn)分析得到144個(gè)多態(tài)性標(biāo)記。整合磁珠富集法和EST庫(kù)中得到的微衛(wèi)星引物共174對(duì),剔除純合微衛(wèi)星標(biāo)記,作圖標(biāo)記129個(gè),上圖標(biāo)記70個(gè),圖遺傳圖譜長(zhǎng)度為400.94 cM,連鎖群長(zhǎng)度范圍0.91~60.66 cM;平均距離為10.97 cM,譜覆蓋率為8.8%。3.利用SLAF-seq技術(shù)建立SLAF文庫(kù),開發(fā)315533個(gè)SLAF標(biāo)記,多態(tài)性SLAF標(biāo)記共有144920個(gè),多態(tài)性比例達(dá)到45.93%。根據(jù)基因型編碼規(guī)則對(duì)本實(shí)驗(yàn)獲得的144920個(gè)多態(tài)性SLAF標(biāo)記編碼基因型,有96655個(gè)標(biāo)記成功編碼。篩選出的8212個(gè)SLAF標(biāo)記,共上圖7516個(gè),上圖率為91.52%,最終得到總圖距2383.85 cM的遺傳圖譜,每條連鎖群上標(biāo)記的遺傳平均距離為0.27 cM。19條連鎖群的雄性遺傳圖譜,上圖標(biāo)記4189個(gè),平均每個(gè)連鎖群包含220個(gè)標(biāo)記,連鎖群標(biāo)記范圍61~389個(gè);圖譜總長(zhǎng)度1815.64 cM,連鎖群上標(biāo)記的遺傳平均距離為0.44 cM。雌性圖譜上圖標(biāo)記4180個(gè),平均每個(gè)連鎖群包含220個(gè)標(biāo)記,連鎖群標(biāo)記范圍55~427個(gè);圖譜總長(zhǎng)度2731.31 cM,連鎖群長(zhǎng)度范圍在90.30~207.10 cM,連鎖群上標(biāo)記的遺傳平均距離為0.78cM。將SSR標(biāo)記與SNP標(biāo)記進(jìn)行整合得到縊蟶中性高密遺傳連鎖圖譜,共上圖7637個(gè),總圖距為2345.50 cM,連鎖群長(zhǎng)度范圍在65.53~167.41 cM,連鎖群上標(biāo)記的遺傳平均距離為0.31 cM。雄性遺傳圖譜,上圖標(biāo)記4281個(gè),圖譜總長(zhǎng)度1693.33 cM,連鎖群長(zhǎng)度范圍在82.68~211.15 cM,連鎖群上標(biāo)記的遺傳平均距離為0.40 cM。雌性圖譜上圖標(biāo)記4266個(gè),圖譜總長(zhǎng)度2884.64 cM,連鎖群長(zhǎng)度范圍在82.68~211.15 cM,連鎖群上標(biāo)記的遺傳平均距離為0.68 cM。
【圖文】：

圖 2-1 基因組 DNA 凝膠電泳圖Fig.2-1 Genomic DNA2.2.2 引物設(shè)計(jì)結(jié)果經(jīng)過(guò)磁珠富集，在縊蟶微衛(wèi)星文庫(kù)中得到605個(gè)陽(yáng)性克隆并測(cè)序，再PrimerSelect軟件對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行引物設(shè)計(jì)，最后設(shè)計(jì)得到微衛(wèi)星引物400對(duì)。2.2.3 微衛(wèi)星引物篩選結(jié)果用 Sequencher 軟件對(duì)五核苷酸、四核甘酸、三核苷酸重復(fù)微衛(wèi)星序列，進(jìn)去除接頭及載體序列的操作，設(shè)計(jì)并合成引物 50 對(duì)。用 3 個(gè)縊蟶基因組 DNA 普通引物進(jìn)行 PCR 擴(kuò)增，PCR 產(chǎn)物用 2%瓊脂糖凝膠電泳對(duì)進(jìn)行檢測(cè)，結(jié)果其20 對(duì)引物有明顯清晰的條帶。送上海邁浦生物有限公司，用 FAM 和 HEX 兩種光基團(tuán)對(duì)這 20 對(duì)引物 5 端進(jìn)行修飾，合成熒光引物。得到的 20 對(duì)熒光引物，

圖 2-2 部分微衛(wèi)星引物初步篩選凝膠電泳圖Fig.2-2 Microsatellite primers gel electrophoresis2.2.4 微衛(wèi)星多態(tài)性引物對(duì)群體遺傳評(píng)估分析用 Cervus 3.0 對(duì)這 18 對(duì)引物進(jìn)行進(jìn)行遺傳多樣性分析。 結(jié)果顯示，18 對(duì)衛(wèi)星引物在 12 個(gè)個(gè)體中等位基因?yàn)?2～6，平均每對(duì)等位基因?yàn)?3.00，位G_ScSSR110 等位基因最多，為 6 個(gè)；觀測(cè)雜合度在 0.000～1.000 之間，平均值0.5813；期望雜合度 0.290～0.779，平均值為 0.5284；多態(tài)信息含量為 0.239～0.70平均值 0.4322。并且當(dāng)兩個(gè)親本基因型未知的情況下，單個(gè)親本排除率（E-1為 0.658～0.961，，平均值為 0.8409；當(dāng)一個(gè)親本基因型已知的情況下，另一個(gè)親排除率（E-2P）為 0.479～0.880，平均值為 0.7291。當(dāng)一個(gè)微衛(wèi)星標(biāo)記在各個(gè)位的親緣排除率越高時(shí)，則說(shuō)明該標(biāo)記適合用于家系的親子鑒定。引物信息見表 218 對(duì)縊蟶微衛(wèi)星引物遺傳參數(shù)見表 2-2。
【學(xué)位授予單位】：上海海洋大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：S917.4

【相似文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 梁軍;;不做親子鑒定也須負(fù)撫養(yǎng)之責(zé)[J];農(nóng)村百事通;2008年11期

2 ;瞞著妻子做親子鑒定證據(jù)無(wú)效[J];云南農(nóng)業(yè);2009年07期

3 王同翠;;怎樣申請(qǐng)親子鑒定[J];農(nóng)家科技;2005年01期

4 王景龍;;拒絕親子鑒定可否推定其有親子關(guān)系[J];農(nóng)家科技;2006年03期

5 王子;;“生父”拒做親子鑒定，法律能拿他怎么辦?[J];農(nóng)村.農(nóng)業(yè).農(nóng)民(A版);2007年12期

6 李東;初芹;王雅春;;單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記在牛親子鑒定中的應(yīng)用與展望[J];中國(guó)畜牧雜志;2011年07期

7 王桂蘭;“動(dòng)物DNA親子鑒定技術(shù)的建立及其應(yīng)用”獲云南省2000年科學(xué)技術(shù)三等獎(jiǎng)[J];動(dòng)物學(xué)研究;2001年05期

8 潘家永;怎樣申請(qǐng)做親子鑒定?[J];中國(guó)農(nóng)村科技;2003年03期

9 潘家永;;怎樣申請(qǐng)做親子鑒定[J];農(nóng)家科技;2003年02期

10 李毅;吳明星;;親子鑒定鑒出一個(gè)腐敗縣長(zhǎng)(一)[J];農(nóng)業(yè)知識(shí);2001年17期

相關(guān)會(huì)議論文 前10條

1 魯滌;常林;;從親子鑒定的問(wèn)題看標(biāo)準(zhǔn)化規(guī)范化管理的重要性[A];加入WTO和中國(guó)科技與可持續(xù)發(fā)展——挑戰(zhàn)與機(jī)遇、責(zé)任和對(duì)策（下冊(cè)）[C];2002年

2 程大霖;;332例親子鑒定資料的回顧性研究[A];全國(guó)第六次法醫(yī)學(xué)術(shù)交流會(huì)論文摘要集[C];2000年

3 呂時(shí)銘;朱宇寧;;親子鑒定介紹[A];2006年浙江省檢驗(yàn)醫(yī)學(xué)學(xué)術(shù)年會(huì)論文匯編[C];2006年

4 程大霖;嚴(yán)品華;柳燕;陳捷;;親子鑒定中的連鎖與重組[A];第二次全國(guó)法醫(yī)物證學(xué)學(xué)術(shù)交流會(huì)論文集[C];1998年

5 賀建寧;許尚忠;李俊雅;高雪;高會(huì)江;陳金寶;;牛親子鑒定方法及研究進(jìn)展[A];2010中國(guó)牛業(yè)進(jìn)展[C];2010年

6 梅善宗;;血型檢驗(yàn)在法醫(yī)學(xué)親子鑒定中的應(yīng)用[A];第五次全國(guó)法醫(yī)學(xué)術(shù)交流會(huì)論文集[C];1996年

7 楊榮芝;楊慶恩;余純應(yīng);陳慧;;610例親子鑒定回顧性分析——探討親子鑒定與家庭社會(huì)問(wèn)題的微妙關(guān)系[A];全國(guó)第六次法醫(yī)學(xué)術(shù)交流會(huì)論文摘要集[C];2000年

8 魯滌;;早孕期活檢絨毛親子鑒定的研究現(xiàn)狀[A];第二次全國(guó)法醫(yī)物證學(xué)學(xué)術(shù)交流會(huì)論文集[C];1998年

9 張丹妍;;羊水DNA親子鑒定12例分析[A];中國(guó)法醫(yī)學(xué)理論與實(shí)踐創(chuàng)新成果精選——全國(guó)第九次法醫(yī)學(xué)術(shù)交流會(huì)論文集[C];2013年

10 趙中銀;;精液檢驗(yàn)否定親子關(guān)系一例[A];第二次全國(guó)法醫(yī)物證學(xué)學(xué)術(shù)交流會(huì)論文集[C];1998年

相關(guān)重要報(bào)紙文章 前10條

1 編譯 風(fēng)來(lái);親子鑒定引發(fā)家庭危機(jī)[N];北京科技報(bào);2005年

2 吳志剛 本報(bào)記者 張清林;南昌“親子鑒定”熱線繁忙[N];中國(guó)婦女報(bào);2001年

3 吳玉蓉;親子鑒定，斷送了誰(shuí)[N];中國(guó)婦女報(bào);2004年

4 朱旭東 姜帆 楚青;“親子鑒定熱”折射家庭信任危機(jī)[N];中國(guó)老年報(bào);2004年

5 沈非;親子鑒定熱凸顯信任危機(jī)[N];中國(guó)審計(jì)報(bào);2004年

6 吳學(xué)安;親子鑒定升溫的背后[N];中國(guó)文化報(bào);2005年

7 本報(bào)記者 劉垠;親子鑒定 須慎之又慎[N];大眾科技報(bào);2005年

8 特約記者張路;親子鑒定在上海頻繁“上演”[N];工人日?qǐng)?bào);2003年

9 本報(bào)記者　丁國(guó)元;親子鑒定：讓人歡喜讓人憂[N];工人日?qǐng)?bào);2003年

10 宋海英 本報(bào)記者 盧軍;“親子鑒定”升溫的背后[N];黑龍江日?qǐng)?bào);2000年

相關(guān)博士學(xué)位論文 前1條

1 曾昭書;HLA-B基因多態(tài)性在法醫(yī)學(xué)中的應(yīng)用研究[D];中國(guó)醫(yī)科大學(xué);2005年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前10條

1 張惠亮;法律視角下的親子鑒定研究[D];南京師范大學(xué);2008年

2 周揚(yáng);論親子鑒定的法律規(guī)制[D];南京師范大學(xué);2012年

3 田海軍;親子鑒定在司法實(shí)務(wù)中的應(yīng)用研究[D];內(nèi)蒙古大學(xué);2015年

4 鄧彥麗;朱瀗德清種群的親子鑒定及MHC與子代死亡的相關(guān)性分析[D];浙江大學(xué);2015年

5 余國(guó)春;微衛(wèi)星與SNP標(biāo)記技術(shù)在豬親子鑒定中的有效性研究[D];四川農(nóng)業(yè)大學(xué);2014年

6 王澤;縊蟶親子鑒定技術(shù)及遺傳連鎖圖譜的構(gòu)建[D];上海海洋大學(xué);2016年

7 伍鑫;論我國(guó)親子鑒定法律適用[D];華中科技大學(xué);2011年

8 閆小淵;親子鑒定的法律規(guī)制研究[D];廣東商學(xué)院;2013年

9 孫玉龍;我國(guó)親子鑒定的法律適用研究[D];揚(yáng)州大學(xué);2014年

10 李民杰;親子鑒定的若干法律問(wèn)題探析[D];西南政法大學(xué);2015年

本文編號(hào)：2611042