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建立鯽魚(Carassius auratus)微衛(wèi)星標(biāo)記Multiplex PCR系統(tǒng)分析群體與家系的遺傳結(jié)構(gòu)

發(fā)布時(shí)間:2020-03-31 00:26
【摘要】:鯽魚(Carassius auratus)是我國重要的淡水養(yǎng)殖種類。其品種資源豐富,遺傳方式復(fù)雜。生產(chǎn)上主要采用異種精子刺激雌核發(fā)育來生產(chǎn)和選育苗種形成了經(jīng)濟(jì)性狀良好的品系,如中科3號(hào)等。但累代雌核發(fā)育后代的變異率低,對(duì)環(huán)境變化的適應(yīng)性降低,或?qū)?dǎo)致種質(zhì)資源衰退。此外異種精子刺激雌核發(fā)育的低變異率,可能導(dǎo)致優(yōu)良品種的存續(xù)期受限。為了嘗試提高親本群體的多樣性,以提高培育優(yōu)良性狀的潛力,本研究首先建立了高通量的鯽魚鯽魚微衛(wèi)星標(biāo)記Multiplex PCR體系,以此探查了不同來源的商業(yè)品系和自然群體的遺傳多樣性,并從中選擇親本,以同種三倍體鯽魚精卵受精的方式產(chǎn)生家系;利用微衛(wèi)星標(biāo)記的共顯性特征,以經(jīng)濟(jì)高效的Multiplex PCR體系探查不同來源和遺傳背景的雌雄親本遺傳物質(zhì)在子代中的傳遞規(guī)律及其對(duì)子代性狀的影響,為鯽魚優(yōu)良品種的培育探索新途徑。本研究通過系統(tǒng)檢測(cè)已有的微衛(wèi)星標(biāo)記,并且根據(jù)產(chǎn)物區(qū)間的需要,重新設(shè)計(jì)了部分引物。通過多重PCR擴(kuò)增測(cè)試,分別建立了 2套6個(gè)位點(diǎn),1套13個(gè)位點(diǎn)及1套15個(gè)位點(diǎn)的熒光標(biāo)記多重PCR反應(yīng)體系。對(duì)來自江蘇、河南、湖北和江西的7個(gè)鯽魚良種場(chǎng)的15個(gè)商業(yè)品系(A、D、E標(biāo)稱為中科3號(hào),B、F、G、H、I、J、K、L、M標(biāo)稱為異育銀鯽,N、P、R標(biāo)稱為彭澤鯽)和1個(gè)黑龍江方正銀鯽野生群體(C)進(jìn)行遺傳結(jié)構(gòu)和親緣關(guān)系分析。結(jié)果顯示方正銀鯽C (平均等位基因和基因型數(shù)目及觀測(cè)雜合度分別是7.0, 5.4,0.68),洪澤異育銀鯽F( 6.5, 5.1,0.80)和大豐異育銀鯽G (5.3, 3.6,0.90)的遺傳多樣性較高,其它群體遺傳多樣性均較低(平均3.9, 2.3, 0.31)。聚類分析表明:野生群體C與商業(yè)品系均保持較大遺傳距離,處于外群;標(biāo)稱為彭澤鯽的群體N、P、R間遺傳距離較近,并與M間聚為一支;而標(biāo)稱為中科3號(hào)的A和E、D并沒有聚為一支,而是分別與標(biāo)稱為異育銀鯽的群體B;和群體H以及K、L、I等群體呈現(xiàn)出較近的親緣關(guān)系。這說明,同樣采用異種精子刺激雌核發(fā)育形成的中科3號(hào)系群可能在民間也被稱為“異育銀鯽”或其個(gè)體被用于親本生產(chǎn)雌核發(fā)育子代。導(dǎo)致地方苗種場(chǎng)“中科3號(hào)”與“異育銀鯽”界限不清。用Multiplex PCR體系掃描13個(gè)鯽魚同種精卵受精產(chǎn)生的有性繁殖家系(n=20/家系)的親本與個(gè)體,檢測(cè)親本在13個(gè)位點(diǎn)上的等位基因基因型在子代中的傳遞和分離模式。結(jié)果表明,13個(gè)家系在13個(gè)檢測(cè)位點(diǎn)上均表現(xiàn)出不同程度的雄性DNA的插入,平均插入率達(dá)22.2%,顯著高于異種精子刺激雌核發(fā)育形成的家系。親本的基因型在子代中并不呈現(xiàn)孟德爾分離比,而是表現(xiàn)為雌核發(fā)育(完全與母本基因型相同,占比77.8%)與雄性遺傳物質(zhì)插入(表現(xiàn)為三種結(jié)果:一是僅有部分母本等位基因,占比16.5%;二是含有母本與父本等位基因,占比2.9%;三是含有親本基因型之外的等位基因,占比2.8%)并存的現(xiàn)象。雄性DNA插入的比例在不同位點(diǎn)上介于0.59 (HLJY16)-0.01 (YJ30),在不同家系中介于 0.361 -0.09,均差異顯著(p0.05),但雌核發(fā)育的比例,13個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)在各家系的比均無顯著性差異(p0.05)。此外,家系的三齡子代中通過性腺觀察檢出相當(dāng)比例的雄性個(gè)體,對(duì)其中2個(gè)家系的親本和子代(n=5♀+5♂/家系)進(jìn)行同樣的基因型檢測(cè),發(fā)現(xiàn)與雌性子代相比,雄性子代的基因型中雄性親本DNA插入率較低。這是受檢測(cè)樣品數(shù)較少的影響還是其他原因,尚待進(jìn)一步研究。
【圖文】:

P群,退火溫度,微衛(wèi)星引物,鯽魚


注:Marker邋DL2000邋的條帶邋bp邋是(自上而下):2000,邋1000,750邋(最亮),500,250,邋100逡逑Fig.2-1邋DNA邋detection邋of邋20邋individuals邋in邋P邋population邋with邋1%邋agarose邋gel邋electrophoresi2.3.2微衛(wèi)星引物篩選結(jié)果逡逑通過對(duì)來自全國各鯽魚良種場(chǎng)和野生水庫的16個(gè)鯽魚群體在所有引物進(jìn)行擴(kuò)篩選、擴(kuò)增兼容和實(shí)際產(chǎn)物大小檢測(cè),不同退火溫度進(jìn)行PCR擴(kuò)增嘗試,最終選了產(chǎn)物大小分別分布在90-200bp,邋200-300bp,300-400bp,400-500bp四個(gè)區(qū)間的18具有特異性強(qiáng)擴(kuò)增的微衛(wèi)星引物并標(biāo)記上熒光,具體信息見表2-2.逡逑由A、B、C、N四個(gè)群體DNA池在退火溫度分別為50°C和55°C篩選微衛(wèi)星物的電泳檢測(cè)見圖2-2,可以看到,提高退火溫度,提高了引物特異性,例如:CCA1在50°C的多態(tài)性比55°C高,提高退火溫度的同時(shí)也提高了引物的特異性。逡逑

電泳圖,微衛(wèi)星位點(diǎn),組合篩選,電泳圖


邐海南大學(xué)碩士學(xué)位論文邐逡逑多個(gè)微衛(wèi)星位點(diǎn)前后端引物組合在一起,進(jìn)行不同退火溫度和循環(huán)次數(shù)的擴(kuò)增逡逑嘗試,,篩選出符合構(gòu)成Multiplex邋PCR體系的微衛(wèi)星位點(diǎn),Multiplex邋PCR微衛(wèi)星位點(diǎn)逡逑組合進(jìn)行篩選的電泳圖見圖2-3。逡逑
【學(xué)位授予單位】:海南大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2017
【分類號(hào)】:S917.4

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1 劉文海;;魚類人工雌核發(fā)育的研究進(jìn)展[J];安徽農(nóng)業(yè)科學(xué);2008年35期

2 戴華煒;程曉勝;蔣曉艷;;遷移對(duì)雌核發(fā)育生殖系統(tǒng)空間分布的影響[J];蘭州大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版);2012年05期

3 吳清江,陳榮德,葉玉珍,柯鴻文;鯉魚人工雌核發(fā)育及其作為建立近交系新途徑的研究[J];遺傳學(xué)報(bào);1981年01期

4 葛偉;單仕新;蔣一s

本文編號(hào):2608284


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