十字花科根腫病是由蕓薹根腫菌引起的一種土傳病害,對十字花科作物造成了嚴(yán)重的經(jīng)濟(jì)損失。蕓薹根腫菌是一種專性寄生于寄主內(nèi)的活體寄生菌,它屬于原生動物界亞組有孔蟲界。為了全面了解根腫菌的基因組特點,本研究對來自遼寧新民(LNXM-1)菌株進(jìn)行PacBio三代測序,結(jié)合生物信息學(xué)分析法,對根腫菌基因組進(jìn)行分析,使人們更深入的了解根腫菌,為控制根腫病提供準(zhǔn)確的理論依據(jù),主要取得結(jié)果如下:使用Williams生理小種鑒別體系對來自遼寧新民的菌株(LNXM-1)進(jìn)行生理小種鑒定,發(fā)現(xiàn)菌株LNXM-1為4號生理小種。使用3種方法對遼寧新民(LNXM-1)根腫菌進(jìn)行DNA提取,發(fā)現(xiàn)CTAB法提取的DNA易發(fā)生降解,試劑盒法提取的DNA不降解,但濃度達(dá)不到第三代測序的標(biāo)準(zhǔn),最后使用尿素法對根腫菌提取DNA,并進(jìn)行第三代全基因組測序,經(jīng)過組裝后的根腫菌基因組大小為25.25Mb,有28個scaffolds,GC含量比例為59.38%,共預(yù)測出13,036個編碼基因。在整個根腫菌基因組中,共有234個重復(fù)序列,占整個基因組序列的0.08%,短散在重復(fù)序列共有68個,長散在重復(fù)序列共有129個,DNA elem...

【文章頁數(shù)】：59 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
前言
1 蕓薹根腫菌及基因組測序研究進(jìn)展
    1.1 蕓薹根腫菌研究進(jìn)展
        1.1.1 根腫菌的生物學(xué)特性
        1.1.2 蕓薹根腫菌生理小種鑒定
        1.1.3 根腫菌基因組學(xué)研究進(jìn)展
    1.2 測序技術(shù)在基因組學(xué)方面的應(yīng)用
    1.3 微生物基因組學(xué)研究進(jìn)展
    1.4 目的與意義
2 材料與方法
    2.1 材料
        2.1.1 植物材料
        2.1.2 蕓薹根腫菌
    2.2 蕓薹根腫菌的擴(kuò)繁及生理小種鑒定
        2.2.1 蕓薹根腫菌的擴(kuò)繁
        2.2.2 菌株LNXM-1 生理小種鑒定
    2.3 蕓薹根腫菌孢子的提取
        2.3.1 根腫菌的處理方法
        2.3.2 根腫菌休眠孢子的提取
    2.4 蕓薹根腫菌DNA的提取
        2.4.1 改良CTAB法提取DNA
        2.4.2 試劑盒法提取DNA
        2.4.3 尿素法提取DNA
        2.4.4 根腫菌DNA的檢測
    2.5 蕓薹根腫菌DNA三代測序
3 結(jié)果與分析
    3.1 根腫菌的擴(kuò)繁及生理小種鑒定
    3.2 根腫菌DNA的檢測
        3.2.1 改良CTAB法提取的DNA檢測
        3.2.2 試劑盒法提取的DNA檢測
        3.2.3 尿素法DNA檢測
    3.3 三代測序結(jié)果統(tǒng)計
    3.4 基因組組分分析
        3.4.1 編碼基因預(yù)測
        3.4.2 重復(fù)序列預(yù)測
        3.4.3 非編碼RNA預(yù)測
        3.4.4 CRISPRs預(yù)測
    3.5 基因功能注釋
        3.5.1 COG注釋
        3.5.2 KEGG注釋
        3.5.3 GO注釋
        3.5.4 碳水化合物相關(guān)酶(CAZy)數(shù)據(jù)庫注釋
        3.5.5 分泌蛋白
        3.5.6 病原與宿主互作數(shù)據(jù)庫(PHI)注釋
4 討論
5 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝
攻讀研究生期間發(fā)表論文



本文編號：3792293