本文利用RNA-seq技術(shù)對環(huán)捕德氏霉Drechslerella brochopaga受線蟲提取物誘導(dǎo)三個(gè)關(guān)鍵時(shí)間點(diǎn)的RNA序列進(jìn)行測序分析并計(jì)算差異基因,對差異基因進(jìn)行聚類分析。D.brochopaga差異基因得到顯著性上調(diào)表達(dá)功能模塊。該模塊包含了細(xì)胞分裂,細(xì)胞伸長、細(xì)胞壁合成、轉(zhuǎn)錄因子相關(guān)基因、枯草桿菌蛋白酶基因,這些基因共同上調(diào)表達(dá),可能在捕食器官生成中發(fā)揮重要作用。通過對差異基因進(jìn)行GO注釋、KEGG注釋、富集分析以及比對各大功能數(shù)據(jù)庫(KOG、COG、PHI、CaZyme、Merops)推測,捕食器官形成過程與細(xì)胞過程、遺傳信息過程、氧化還原過程、催化活性有關(guān)。受到線蟲提取物誘導(dǎo)后,轉(zhuǎn)錄因子調(diào)控細(xì)胞分裂、細(xì)胞伸長、細(xì)胞壁合成相關(guān)基因例如含WSC結(jié)構(gòu)域基因及含SUR7結(jié)構(gòu)域基因、MAPK部分通路基因例如ste20、轉(zhuǎn)運(yùn)子MFS、ABC相關(guān)基因差異表達(dá),控制收縮環(huán)形成過程,同時(shí)幾丁質(zhì)酶(db0206152)、絲氨酸蛋白酶(db0207758,db02002051,b0201690,db0207140,db0202319)、機(jī)械敏感性離子通道相關(guān)基因(MscS-likeprote...

【文章頁數(shù)】：82 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
第一章 前言
    1.1 植物寄生線蟲的農(nóng)業(yè)危害
    1.2 防治植物寄生線蟲
        1.2.1 化學(xué)防治
        1.2.2 生物防治
    1.3 食線蟲真菌
        1.3.1 食線蟲真菌
        1.3.2 捕食線蟲真菌
    1.4 捕食線蟲真菌的捕食器官
        1.4.1 捕食器官概述
        1.4.2 收縮環(huán)
        1.4.3 收縮環(huán)的超微結(jié)構(gòu)
    1.5 RNA-seq技術(shù)
第二章 實(shí)驗(yàn)材料與方法
    2.1 實(shí)驗(yàn)部分
        2.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        2.1.2 實(shí)驗(yàn)方法
    2.2 數(shù)據(jù)分析部分
        2.2.1 序列質(zhì)控
        2.2.2 序列比對
        2.2.3 計(jì)算基因表達(dá)量
        2.2.4 基因差異表達(dá)分析
        2.2.5 功能注釋
        2.2.6 富集分析
        2.2.7 與各數(shù)據(jù)庫進(jìn)行序列比對
        2.2.8 同源聚類分析
第三章 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
    3.1 誘導(dǎo)形成捕食器官
        3.1.1 誘導(dǎo)D.brochopaga形成捕食器官
        3.1.2 Dactylella tenuis不產(chǎn)生任何捕食器官
    3.2 序列質(zhì)控
    3.3 序列比對
    3.4 計(jì)算基因表達(dá)量
    3.5 基因差異表達(dá)分析
        3.5.1 計(jì)算差異表達(dá)基因
        3.5.2 連續(xù)變化的差異基因
        3.5.3 倍性變化(FoldChange)的top10基因分析
        3.5.4 差異基因聚類
    3.6 GO注釋
        3.6.1 差異基因GO注釋分析
        3.6.2 GO富集分析
    3.7 KEGG注釋
        3.7.1 KEGG注釋
        3.7.2 KEGG酶釋
        3.7.3 KEGG富集分析
    3.8 COG/KOG比對
    3.9 D.brochopaga差異基因病源性分析
    3.10 D.brochopaga碳水化合物活性酶類差異表達(dá)功能分析
    3.11 D.brochopaga肽酶類差異表達(dá)功能分析
第四章 討論
    4.1 收縮環(huán)的功能可能與機(jī)械感應(yīng)有關(guān)
    4.2 收縮環(huán)的功能可能與NoxA基因有關(guān)
    4.3 收縮環(huán)識別線蟲可能不依賴于表面凝集素
    4.4 收縮環(huán)的功能可能與細(xì)胞壁生成和酪氨酸代謝有關(guān)
    4.5 收縮環(huán)功能與酶有關(guān)
第五章 結(jié)論
附錄
    附圖
    附表
參考文獻(xiàn)
攻讀博士/碩士學(xué)位期間完成的科研成果
致謝



本文編號：3779993