薇甘菊(Mikania micrantha H.B.K)是入侵我國華南地區(qū)的主要外來有害植物之一。目前,控制薇甘菊生物入侵的方法主要有人工清除、化學(xué)防治和生物防治。但這些方法成本高且使用范圍小、將其真正應(yīng)用到實(shí)踐中仍需做大量深入的研究工作;隨著近年來新一代高通量測序技術(shù)的發(fā)展,利用轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)研究不同條件或不同細(xì)胞類型樣品中基因表達(dá)情況正成為重要的實(shí)驗(yàn)手段。本研究以外來入侵雜草薇甘菊為研究對象,通過摩擦接種薇甘菊萎蔫病毒(Mikania micrantha wilt virus,MMWV)侵染薇甘菊葉片不同時間的轉(zhuǎn)錄組測序分析,闡明薇甘菊對MMWV侵染的分子響應(yīng)機(jī)制,揭示與MMWV致病相關(guān)的功能基因,為更深入地了解、利用和控制MMWV奠定基礎(chǔ),同時為利用MMWV研發(fā)防控薇甘菊入侵的新方法提供重要的理論依據(jù)。本研究主要研究結(jié)果如下:1.MMWV侵染薇甘菊不同時間測序文庫構(gòu)建及高通量測序和組裝本研究將MMWV侵染薇甘菊分別15天、30天、正常對照(不侵染)處理后,以Illumina Hi Seq 2000為測序平臺進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序分析,最終得到的C lean Reads約有1.39×108...

【文章頁數(shù)】：82 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
abstract
1 前言
    1.1 薇甘菊研究進(jìn)展
        1.1.1 薇甘菊的特性
        1.1.2 薇甘菊的分布、擴(kuò)散、危害
        1.1.3 薇甘菊防治現(xiàn)狀
    1.2 薇甘菊萎蔫病毒概述
    1.3 生物入侵的轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究
        1.3.1 轉(zhuǎn)錄組學(xué)簡介
        1.3.2 第二代測序技術(shù)在入侵生物轉(zhuǎn)錄組學(xué)的應(yīng)用
    1.4 本研究的目的、內(nèi)容及意義
2 薇甘菊萎蔫病毒侵染薇甘菊不同時間測序文庫構(gòu)建及高通量測序和組裝
    2.1 實(shí)驗(yàn)材料
        2.1.1 材料采集和病毒毒源
        2.1.2 病毒接種
    2.2 實(shí)驗(yàn)方法
        2.2.1 薇甘菊個體總RNA的提取及檢測
        2.2.2 文庫構(gòu)建和上機(jī)測序
        2.2.3 原始數(shù)據(jù)整理、過濾及質(zhì)量評估
            2.2.3.1 下機(jī)數(shù)據(jù)統(tǒng)計
            2.2.3.2.原始數(shù)據(jù)的過濾及質(zhì)量評估
        2.2.4 組裝
        2.2.5 Unigene功能注釋
        2.2.6 Unigene功能聚類分析
    2.3 結(jié)果與分析
        2.3.1 表型鑒定
        2.3.2 薇甘菊RNA質(zhì)量檢測
        2.3.3 薇甘菊原始數(shù)據(jù)整理、過濾及質(zhì)量評估
        2.3.4 組裝與評估
        2.3.5 編碼蛋白框的預(yù)測
        2.3.6 薇甘菊unigene功能分類
    2.4 小結(jié)
3 薇甘菊感染薇甘菊萎蔫病毒不同時間段后基因差異表達(dá)特征分析
    3.1 實(shí)驗(yàn)材料
    3.2 實(shí)驗(yàn)方法
        3.2.1 薇甘菊Unigene的表達(dá)量及表達(dá)差異分析
        3.2.2 薇甘菊差異表達(dá)Unigene的富集分析
        3.2.3 實(shí)時定量熒光PCR分析
    3.3 結(jié)果與分析
        3.3.1 薇甘菊Unigene序列表達(dá)豐度分析
        3.3.2 薇甘菊感染MMWV不同時間段差異表達(dá)基因篩選
        3.3.3 薇甘菊差異表達(dá)基因聚類分析
        3.3.4 實(shí)時熒光定量PCR結(jié)果分析
    3.4 小結(jié)
4 結(jié)論
5 展望
致謝
參考文獻(xiàn)
附錄



本文編號：3759095