甘藍染色體片段替換系的構建和黑腐病抗性QTL定位及候選基因分析
發(fā)布時間:2021-09-24 01:25
結球甘藍(Brassica oleracea var.capitata)是一種在世界范圍內廣泛種植的葉菜類蔬菜。近年來,由于復種指數(shù)的提高、不合理栽培方式與大量引種,黑腐病在我國甘藍產區(qū)普遍發(fā)生且逐年加重,嚴重影響了甘藍的品質和產量,造成巨大的經濟損失。了解甘藍黑腐病遺傳機理、選育抗病品種是防治黑腐病最經濟有效的辦法。本研究以野生抗黑腐病甘藍自交系R4-P1與感病骨干自交系R2-P2為雜交組合構建的重組自交系繪制了甘藍遺傳圖譜;通過連續(xù)多代回交與自交策略,結合遺傳圖譜上均勻分布的分子標記進行輔助選擇的方法構建了一套以R2-P2為背景、R4-P1為供體的甘藍染色體片段替換系;利用構建的染色體片段替換系與繪制圖譜所用的重組自交系,進行了甘藍黑腐病抗性QTL定位,對主效定位區(qū)段內的9個候選基因進行測序比對與接病后不同時間段表達量與瞬時表達分析;并對甘藍全基因組NBS-LRR類型抗病基因進行了鑒定與基因分析,為甘藍抗黑腐病品種的分子選育提供幫助。主要研究結果如下:1.選用野生甘藍高代純合自交系R4-P1和結球甘藍骨干自交系R2-P2構建的重組自交系,構建了一張包含303對SSR與In Del標...
【文章來源】:甘肅農業(yè)大學甘肅省
【文章頁數(shù)】:125 頁
【學位級別】:博士
【部分圖文】:
圖2-1雙親R4-P1與R2-P2形態(tài)特征
1 對 InDel)條帶清晰單一、差異明顯標記且重復性好的標記,標記 20.1%。高密度遺傳圖譜的構建09 對 RIL8 群體的多態(tài)性進行統(tǒng)計整理 (圖 2-2),整理數(shù)據(jù)導入 JoinMap擇軟件中的“Individual genot.freq.”命令,挑選出在這些標記中出現(xiàn)雜合基型)較多的株系,利用“individuals”命令中的“Exclude”按鈕共刪除 2 個單株鎖分析時,以 α=0.05 水平上的 LOD 值作為閾值 (LOD 閾值=5.0),在 LO,共有 303 個 SSR 標記進入 9 個連鎖群 (LG1-LG9),各連鎖群的重組頻有連鎖群上的所有 LOD 得分均>0.6。最終得到的連鎖群數(shù)與染色體[B.ole8,CC)]數(shù)目一致,連鎖率為 98.15%,其余 6 個標記由于結果統(tǒng)計不準確重與偏分離等原因未進入 9 條連鎖群。群的染色體定位與標記分布
L-Finder (0.9a14) (http://mapdisto.free.fr/CSSLFinder/) 程序譜上,從 C1-C9 依次選擇出均勻分布于甘藍 9 條染色體上的片段替換系的構建,并根據(jù)各標記的位置以及各標記間的圖軟件繪制替換系構建所用分子標記遺傳圖譜。計與技術路線體片段替換系的構建流程如圖 3-1 所示,具體流程如下: R4-P1 和 R2-P2 雜交產生 F1代,隨后以 R2-P2 為輪回親本C2F1代材料。從 BC2F1開始進行,于 2015 年利用從各圖譜上選擇的分系共計 126 個單株進行全基因組分子標記跟蹤和人工選擇F1世代中選擇最佳單株分別進行回交與自交,最佳單株選擇 的染色體替換片段數(shù)盡可能少,受體 R2-P2 的遺傳背景回全基因組的覆蓋率要盡可能的高,對BC3F1單株沒有覆蓋到
本文編號:3406818
【文章來源】:甘肅農業(yè)大學甘肅省
【文章頁數(shù)】:125 頁
【學位級別】:博士
【部分圖文】:
圖2-1雙親R4-P1與R2-P2形態(tài)特征
1 對 InDel)條帶清晰單一、差異明顯標記且重復性好的標記,標記 20.1%。高密度遺傳圖譜的構建09 對 RIL8 群體的多態(tài)性進行統(tǒng)計整理 (圖 2-2),整理數(shù)據(jù)導入 JoinMap擇軟件中的“Individual genot.freq.”命令,挑選出在這些標記中出現(xiàn)雜合基型)較多的株系,利用“individuals”命令中的“Exclude”按鈕共刪除 2 個單株鎖分析時,以 α=0.05 水平上的 LOD 值作為閾值 (LOD 閾值=5.0),在 LO,共有 303 個 SSR 標記進入 9 個連鎖群 (LG1-LG9),各連鎖群的重組頻有連鎖群上的所有 LOD 得分均>0.6。最終得到的連鎖群數(shù)與染色體[B.ole8,CC)]數(shù)目一致,連鎖率為 98.15%,其余 6 個標記由于結果統(tǒng)計不準確重與偏分離等原因未進入 9 條連鎖群。群的染色體定位與標記分布
L-Finder (0.9a14) (http://mapdisto.free.fr/CSSLFinder/) 程序譜上,從 C1-C9 依次選擇出均勻分布于甘藍 9 條染色體上的片段替換系的構建,并根據(jù)各標記的位置以及各標記間的圖軟件繪制替換系構建所用分子標記遺傳圖譜。計與技術路線體片段替換系的構建流程如圖 3-1 所示,具體流程如下: R4-P1 和 R2-P2 雜交產生 F1代,隨后以 R2-P2 為輪回親本C2F1代材料。從 BC2F1開始進行,于 2015 年利用從各圖譜上選擇的分系共計 126 個單株進行全基因組分子標記跟蹤和人工選擇F1世代中選擇最佳單株分別進行回交與自交,最佳單株選擇 的染色體替換片段數(shù)盡可能少,受體 R2-P2 的遺傳背景回全基因組的覆蓋率要盡可能的高,對BC3F1單株沒有覆蓋到
本文編號:3406818
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