發(fā)布時(shí)間：2021-05-08 00:33

　　CircRNA是一類(lèi)在生物體內(nèi)普遍存在的內(nèi)源性非編碼RNA。近幾年的研究表明,circRNA能夠吸附miRNA從而間接調(diào)控基因表達(dá),而miRNA已經(jīng)被充分證實(shí)能通過(guò)作用于m RNA從而在植物生長(zhǎng)發(fā)育和抵御生物及非生物脅迫中起重要的調(diào)節(jié)作用。番茄作為一種世界范圍內(nèi)廣泛種植的雙子葉茄科模式植物,晚疫病會(huì)給其生產(chǎn)帶來(lái)較大的經(jīng)濟(jì)損失。另外目前還缺少番茄病害相關(guān)circRNA的報(bào)道,而且對(duì)其功能特性的分析,特別是對(duì)circRNA-miRNA-m RNA調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的研究還不系統(tǒng)。本研究挖掘到番茄中與病害密切相關(guān)的circRNA,并通過(guò)實(shí)驗(yàn)初步探究circRNA的功能,具體研究?jī)?nèi)容如下:首先,通過(guò)分析實(shí)驗(yàn)室前期所建的轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)庫(kù),挖掘到了68個(gè)番茄晚疫病相關(guān)的circRNA,其中存在27個(gè)下調(diào)表達(dá)circRNA和9個(gè)上調(diào)表達(dá)circRNA。結(jié)合基因表達(dá)量和親本基因的GO功能注釋結(jié)果,得到了2個(gè)與番茄晚疫病密切相關(guān)的外顯子circRNA。之后構(gòu)建了EcircRNA-miRNA的關(guān)系網(wǎng)絡(luò),通過(guò)對(duì)共同靶向的11個(gè)miRNA靶基因進(jìn)行分析,初步篩選得到2個(gè)抗病相關(guān)miRNA作為后續(xù)實(shí)驗(yàn)對(duì)象,它們分別是miR4... 

【文章來(lái)源】：大連理工大學(xué)遼寧省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：72 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
引言
1 文獻(xiàn)綜述
    1.1 番茄晚疫病的研究進(jìn)展
        1.1.1 晚疫病菌
        1.1.2 番茄晚疫病的研究現(xiàn)狀
    1.2 circRNA概述
        1.2.1 circRNA的發(fā)現(xiàn)和再發(fā)展
        1.2.2 circRNA的形成機(jī)制
        1.2.3 circRNA的特征
        1.2.4 circRNA功能
        1.2.5 circRNA挖掘和驗(yàn)證方法
    1.3 miRNA的研究進(jìn)展
        1.3.1 miRNA的產(chǎn)生
        1.3.2 miRNA的作用原理
        1.3.3 miRNA在植物脅迫應(yīng)答中的功能研究
    1.4 本研究的目的及意義
2 番茄晚疫病相關(guān)circRNA的挖掘和功能預(yù)測(cè)
    2.1 實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)與分析軟件
        2.1.1 實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)
        2.1.2 實(shí)驗(yàn)分析網(wǎng)站和軟件
    2.2 番茄晚疫病相關(guān)circRNA數(shù)據(jù)分析
        2.2.1 原始數(shù)據(jù)的篩選
        2.2.2 reads的線(xiàn)性比對(duì)和非共線(xiàn)性比對(duì)
        2.2.3 circRNA的分類(lèi)
        2.2.4 circRNA的功能注釋
        2.2.5 circRNA的表達(dá)水平檢測(cè)
        2.2.6 circRNA-miRNA互作網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建
    2.3 結(jié)果
        2.3.1 原始reads的質(zhì)量評(píng)估
        2.3.2 參考基因組的線(xiàn)性分析
        2.3.3 染色體上的reads的分布
        2.3.4 Tophat-fusion的分析結(jié)果
        2.3.5 circRNA在染色體上的數(shù)量統(tǒng)計(jì)
        2.3.6 circRNA的分類(lèi)
        2.3.7 circRNA的GO功能注釋
        2.3.8 circRNA的差異表達(dá)分析
        2.3.9 circRNA-miRNA互作網(wǎng)絡(luò)預(yù)測(cè)分析
    2.4 討論
    2.5 小結(jié)
3 番茄晚疫病密切相關(guān)circRNA的鑒定及其功能特性分析
    3.1 實(shí)驗(yàn)材料及試劑
        3.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        3.1.2 實(shí)驗(yàn)試劑及儀器
        3.1.3 分析軟件
    3.2 實(shí)驗(yàn)方法
        3.2.1 番茄核酸的提取
        3.2.2 番茄RNA和miRNA的反轉(zhuǎn)錄
        3.2.3 EcircRNA45和EcircRNA47的引物篩選
        3.2.4 實(shí)時(shí)定量檢測(cè)EcircRNA的組織差異表達(dá)量
        3.2.5 實(shí)時(shí)定量檢測(cè)病原菌處理下EcircRNA的表達(dá)量
        3.2.6 實(shí)時(shí)定量檢測(cè)菌處理下circRNA、miRNA和mRNA的變化
    3.3 結(jié)果與分析
        3.3.1 番茄的DNA和RNA
        3.3.2 EcircRNA45和EcircRNA47的鑒定
        3.3.3 EcircRNA45和EcircRNA45的組織表達(dá)差異分析
        3.3.4 病原菌處理下EcircRNA45和EcircRNA47的表達(dá)特性分析
        3.3.5 晚疫病菌處理下circRNA的功能特性分析
    3.4 討論
    3.5 小結(jié)
4 circRNA的功能初探
    4.1 實(shí)驗(yàn)材料和試劑
        4.1.1 實(shí)驗(yàn)材料
        4.1.2 實(shí)驗(yàn)試劑及儀器
    4.2 實(shí)驗(yàn)方法
        4.2.1 目的基因的PCR擴(kuò)增
        4.2.2 目的基因的純化
        4.2.3 克隆載體的構(gòu)建
        4.2.4 克隆載體轉(zhuǎn)化大腸桿菌
        4.2.5 EcircRNA和MIRNA過(guò)表達(dá)載體構(gòu)建
        4.2.6 根癌農(nóng)桿菌工程菌的獲得
        4.2.7 瞬時(shí)轉(zhuǎn)化番茄體系的建立
        4.2.8 瞬時(shí)表達(dá)體系下circRNA、miRNA和mRNA的表達(dá)特性分析
    4.3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
        4.3.1 EcircRNA和MIRNA克隆基因的獲得
        4.3.2 構(gòu)建的EcircRNA和MIRNA基因的表達(dá)載體
        4.3.3 瞬時(shí)表達(dá)體系中EcircRNA和miRNA的變化
        4.3.4 瞬時(shí)表達(dá)體系中菌處理下EcircRNA和miRNA的表達(dá)分析
        4.3.5 瞬時(shí)表達(dá)體系中菌處理下miR477-3p及其靶基因的表達(dá)分析
        4.3.6 瞬時(shí)表達(dá)體系中菌處理下miR9478-5p及其靶基因的表達(dá)分析
    4.4 討論
    4.5 小結(jié)
結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄A 本論文所用培養(yǎng)基配方
附錄B 質(zhì)粒圖譜
附錄C 序列
攻讀碩士學(xué)位期間發(fā)表學(xué)術(shù)論文情況
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]擬南芥中熱脅迫相關(guān)microRNA的差異表達(dá)[J]. 馮靜弦,汪啟明,胡琪,饒力群.  湖南農(nóng)業(yè)科學(xué). 2012(03)



本文編號(hào)：3174328