柑橘黃龍�。–itrus Huanglongbing,HLB）是一種全球性的柑橘生產(chǎn)上的毀滅性病害,目前已在亞洲、非洲、南美洲、北美洲及大洋洲的近50個(gè)國家/地區(qū)發(fā)生流行。盡管HLB病原迄今尚未實(shí)現(xiàn)體外培養(yǎng),但有三種韌皮部桿菌屬細(xì)菌與該病緊密相關(guān),也被認(rèn)為是該病的病原,分別為:柑橘黃龍病菌亞洲種（′Candidatus Liberibacter asiaticus′,Las）、柑橘黃龍病菌非洲種（′Ca.L.africanus′,Laf）和柑橘黃龍病菌美洲種（′Ca.L.americanus′,Lam）。其中,Las發(fā)生流行最為廣泛,在我國發(fā)生流行的HLB病原也是該種細(xì)菌。我國HLB發(fā)生歷史已有一個(gè)世紀(jì),是該病的最早發(fā)生地之一,但其境內(nèi)的Las并未完成過全基因組測序。因此本研究主要對我國的Las進(jìn)行全基因組序列測定,并基于測定的基因組序列,挖掘多態(tài)性分子標(biāo)記并對來自全球的Las進(jìn)行遺傳多樣性研究。此外,基于遺傳多樣性研究中發(fā)現(xiàn)的一個(gè)長串聯(lián)重復(fù)位點(diǎn)的序列特性,建立一種Las的高靈敏性分子檢測技術(shù)。取得的主要結(jié)果如下:1.完成了首個(gè)中國Las（gxpsy分離物）全基因組序列的測定。該分離物... 

【文章來源】：西南大學(xué)重慶市 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：144 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
中文摘要
Abstract
縮略詞與中英文對照表
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1.1 柑橘黃龍病發(fā)生及分布
    1.2 柑橘黃龍病病原認(rèn)識(shí)歷程
    1.3 柑橘黃龍病病原生物學(xué)特性
        1.3.1 黃龍病癥狀
        1.3.2 寄主范圍
        1.3.3 傳播途徑
        1.3.4 熱敏感性
    1.4 柑橘黃龍病病原分子生物學(xué)
        1.4.1 基因組學(xué)
        1.4.2 致病機(jī)理
        1.4.3 遺傳多樣性
    1.5 柑橘黃龍病診斷方法
        1.5.1 田間鑒定
        1.5.2 電鏡觀察
        1.5.3 血清學(xué)檢測
        1.5.4 生化指標(biāo)鑒定和高光譜檢測
        1.5.5 核酸檢測
    1.6 柑橘黃龍病防控
        1.6.1 苗木脫毒
        1.6.2 抗生素治療
        1.6.3 抗病育種
        1.6.4 綜合防控
第二章 引言
第三章 柑橘黃龍病菌亞洲種gxpsy分離物全基因組測序與分析
    3.1 材料
        3.1.1 植物和木虱
        3.1.2 主要試劑和儀器
        3.1.3 主要緩沖液和培養(yǎng)基配制
        3.1.4 本章使用的引物和探針
    3.2 方法
        3.2.1 基因組DNA提取
        3.2.2 木虱體內(nèi)黃龍病菌相對含量測定
        3.2.3 木虱基因組DNA擴(kuò)增
        3.2.4 全基因組測序
        3.2.5 基因組數(shù)據(jù)拼接、注釋及可視化
        3.2.6 基因組比較分析
        3.2.7 進(jìn)化分析
        3.2.8 常規(guī)PCR、長距離PCR及基因組步行
        3.2.9 PCR產(chǎn)物純化、克隆及測序
    3.3 結(jié)果與分析
        3.3.1 單頭木虱中黃龍病菌相對含量
        3.3.2 基因組測序、序列組裝及拼接
        3.3.3 柑橘黃龍病菌亞洲種gxpsy分離物基因組特征及比較分析
        3.3.4 進(jìn)化分析
    3.4 討論
    3.5 小結(jié)
第四章 柑橘黃龍病菌亞洲種多位點(diǎn)可變數(shù)量串聯(lián)重復(fù)序列分析
    4.1 材料
        4.1.1 感菌植物和木虱
        4.1.2 主要試劑和儀器
        4.1.3 主要緩沖液和培養(yǎng)基配制
        4.1.4 本章使用的引物
    4.2 方法
        4.2.1 變性PAGE膠電泳及快速銀染
        4.2.2 VNTR位點(diǎn)的篩選
        4.2.3 MLVA分析
        4.2.4 MLVAPCR穩(wěn)定性測試
    4.3 結(jié)果與分析
        4.3.1 VNTR位點(diǎn)篩選
        4.3.2 MLVA分析
    4.4 討論
    4.5 小結(jié)
第五章 基于兩個(gè)大片段DNA插入缺失位點(diǎn)的柑橘黃龍病菌亞洲種遺傳多樣性分析
    5.1 材料
        5.1.1 柑橘黃龍病菌亞洲種分離物
        5.1.2 本章使用的引物
    5.2 方法
        5.2.1 LF-InDel位點(diǎn)鑒定
        5.2.2 LF-InDel位點(diǎn)擴(kuò)增
        5.2.3 序列分析和數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)
    5.3 結(jié)果和分析
        5.3.1 InDel位點(diǎn)鑒定
        5.3.2 LF-InDel-3位點(diǎn)插入缺失多態(tài)性
        5.3.3 LF-InDel-4位點(diǎn)插入缺失多態(tài)性
        5.3.4 LF-InDel-3位點(diǎn)和LF-InDel-4位點(diǎn)插入缺失連鎖分析
    5.4 討論
    5.5 小結(jié)
第六章 串聯(lián)重復(fù)序列在柑橘黃龍病菌亞洲種高靈敏性檢測中的應(yīng)用
    6.1 材料
        6.1.1 植物材料
        6.1.2 主要試劑和儀器
        6.1.3 主要緩沖液和培養(yǎng)基配制
        6.1.4 本章使用的引物
    6.2 方法
        6.2.1 實(shí)時(shí)熒光定量PCR
        6.2.2 串聯(lián)重復(fù)序列位點(diǎn)的篩選
        6.2.3 基于串聯(lián)重復(fù)序列的聚合酶鏈?zhǔn)街脫Q反應(yīng)引物的設(shè)計(jì)
        6.2.4 基于串聯(lián)重復(fù)序列的聚合酶鏈?zhǔn)街脫Q反應(yīng)
        6.2.5 擴(kuò)增子克隆與測序
        6.2.6 質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品模板制備
        6.2.7 檢測靈敏度比較
        6.2.8 田間樣品檢測
    6.3 結(jié)果與分析
        6.3.1 基于串聯(lián)重復(fù)序列的聚合酶鏈?zhǔn)街脫Q反應(yīng)引物的設(shè)計(jì)及驗(yàn)證
        6.3.2 靈敏度測定及比較
        6.3.3 田間樣品檢測
    6.4 討論
    6.5 小結(jié)
第七章 主要結(jié)論、創(chuàng)新點(diǎn)及研究展望
    7.1 主要結(jié)論
        7.1.1 黃龍病菌亞洲種gxpsy分離物全基因組測序與分析
        7.1.2 黃龍病菌亞洲種多位點(diǎn)可變數(shù)量串聯(lián)重復(fù)序列分析
        7.1.3 基于大片段DNA插入缺失位點(diǎn)的黃龍病菌亞洲種遺傳多樣性
        7.1.4 串聯(lián)重復(fù)序列在黃龍病菌亞洲種高靈敏性檢測中的應(yīng)用
    7.2 創(chuàng)新點(diǎn)
    7.3 研究展望
參考文獻(xiàn)
附錄Ⅰ附表
致謝
攻讀學(xué)位期間發(fā)表的論文、主持科研項(xiàng)目、專利申報(bào)及獲獎(jiǎng)情況


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
[1]韌皮部桿菌亞洲種簡單重復(fù)序列（SSR）多態(tài)性及其侵染甜橙后轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究[D]. 黃愛軍.西南大學(xué) 2014
[2]柑橘宿主對黃龍病病原菌侵染的應(yīng)答機(jī)制[D]. 樊晶.重慶大學(xué) 2010

碩士論文
[1]中國八省柑桔黃龍病病原菌種類和種內(nèi)分化的初步研究[D]. 婁兵海.西南大學(xué) 2008



本文編號：3169530