為更好破譯煙草甲全基因組信息,基于Illumina高通量測(cè)序平臺(tái)對(duì)煙草甲基因組進(jìn)行了調(diào)查分析。預(yù)測(cè)了其基因組大小,同時(shí)分析了基因組的雜合度、重復(fù)序列、GC含量等基因組基本特征,并在此基礎(chǔ)上對(duì)煙草甲基因組進(jìn)行了初步組裝。研究表明:①煙草甲預(yù)估基因組大小為242.25 Mb,雜合率為0.77%,重復(fù)序列比率為42.95%,GC含量為44.61%。②基因組組裝后,得到418 693條scaffolds,拼接序列總長(zhǎng)為211.10 Mb,N50為1 864 bp。通過(guò)基因組調(diào)查分析為后續(xù)的煙草甲全基因組測(cè)序提供了重要的理論依據(jù)。 

【文章來(lái)源】：煙草科技. 2020,53(11)北大核心CSCD

【文章頁(yè)數(shù)】：6 頁(yè)

【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 實(shí)驗(yàn)材料
    1.2 實(shí)驗(yàn)方法
        1.2.1 DNA提取及檢測(cè)
        1.2.2 建庫(kù)測(cè)序
        1.2.3 K-mer分析
        1.2.4 GC含量分布及分析
        1.2.5 基因組初步組裝
        1.2.6 基因預(yù)測(cè)及評(píng)估
2 結(jié)果與分析
    2.1 測(cè)序數(shù)據(jù)量及質(zhì)量評(píng)估
    2.2 K-mer分析
    2.3 基因組初步組裝
    2.4 GC含量分布分析
    2.5 基因預(yù)測(cè)及組裝質(zhì)量評(píng)估
    2.6 鞘翅目昆蟲(chóng)基因組比較
3 討論
4 結(jié)論


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]煙草甲蟲(chóng)為害損失調(diào)查[J]. 宋紀(jì)真,周漢平,奚家勤,楊軍,楊述元,紀(jì)文章.  煙草科技. 2006(07)



本文編號(hào)：3155562