發(fā)布時(shí)間：2021-03-30 08:46

　　植物根部的分泌物作為植物防御反應(yīng)的隱藏部分,可以看作是一類信號(hào)分子,這類信號(hào)分子能夠影響微生物在根際的生態(tài)位構(gòu)建,進(jìn)而影響其基因表達(dá)。不同的病菌應(yīng)答不同物種的信號(hào)可能根據(jù)特定的根際種群來(lái)選擇。但是,目前關(guān)于植物分泌物影響細(xì)菌基因表達(dá)的模式很少。尤其是在馬鈴薯與青枯菌在根際生態(tài)位的互作的分子機(jī)制研究鮮見(jiàn)報(bào)道。本文利用茄科植物馬鈴薯的植物根部分泌物侵染青枯菌PO41,通過(guò)基因芯片技術(shù),獲得青枯菌PO41的基因表達(dá)譜。同時(shí)利用茄科植物番茄的根部侵染青枯菌T518,十字花科植物擬南芥的根部侵染青枯菌GMI1000,獲得T518和GMI1000的基因表達(dá)譜。利用生物信息學(xué)分析,進(jìn)行差異基因分析,GO功能分析,聚類分析以及Pathway途徑分析,目的在于尋找病菌致病基因及與致病基因緊密相關(guān)的其他基因。這樣能夠從基因表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的上游甚至是源頭上揭示其表達(dá)調(diào)控的分子機(jī)理。在處理后8h,16h,24h分別取樣,通過(guò)分析芯片數(shù)據(jù)發(fā)現(xiàn),青枯菌的致病因子主要集中在毒性蛋白的輸出（Sec途徑,Tat途徑以及T3SS）,胞外多糖的聚合與轉(zhuǎn)運(yùn),鞭毛的趨化運(yùn)動(dòng)性以及粘附性。在蛋白質(zhì)輸出途徑中,非典型輸出途徑的致病因子主... 

【文章來(lái)源】：山西師范大學(xué)山西省

【文章頁(yè)數(shù)】：57 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

基因芯片實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)流程圖

結(jié)果與分析3 結(jié)果與分析3.1 青枯菌馬鈴薯根際生態(tài)位基因表達(dá)譜分析我們得到了聚類圖譜，差異基因以及基因表達(dá)平均值的散點(diǎn)圖。下圖即為基因表達(dá)平均值散點(diǎn)圖。直觀的反應(yīng)了基因的變化情況，紅色代表基因表達(dá)上調(diào)，綠色代表基因表達(dá)下調(diào)。與其他芯片散點(diǎn)圖結(jié)果相對(duì)照[67-70]，我們的數(shù)據(jù)符合基本要求，可以進(jìn)行下一步分析。Log-Log Scatter Plot

3-2 青枯菌 PO41 差異表達(dá)基因的 GO 分類圖。青枯菌的基因組由兩部分組成，稱之為染色體和質(zhì)粒，NC_95 表示染色體，NC_96 表示大質(zhì)粒。MF：分子功能；CC：細(xì)胞組分； BP：生物學(xué)過(guò)程Fig.3-2 Genes of the R. solanacearum PO41 expression changed in the primary classification of the GOmap. The R. solanacearum genome consists of two circular replicons, commonly referred to aschromosomes and megaplasmid, NC_95 for the genome on the chromosome, and NC_96 for the genomon the large plasmid. MF: molecular function; CC: cellular component; BP: biological process..1.3 聚類在這項(xiàng)研究中，我們發(fā)現(xiàn)許多基因參與了青枯菌的致病過(guò)程。這些基因參與了病 Sec 途徑輸出蛋白、鞭毛的趨化性和運(yùn)動(dòng)性、胞外多糖的合成以及 III 型分泌系統(tǒng)物學(xué)過(guò)程（Table 2 and Fig.2）。P<0.05 被認(rèn)為是存在顯著差異的途徑，根據(jù)這項(xiàng)原則們共得到參與上述代謝途徑的 28 個(gè)明顯表達(dá)的基因(Fig. 3-3 and Table 3-2)。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
[1]致病細(xì)菌三型分泌系統(tǒng)（T3SS）高度保守的ATPase結(jié)構(gòu)與功能研究[D]. 牟志霞.北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院 2015



本文編號(hào)：3109236