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我國棗食芽象甲種群遺傳結(jié)構(gòu)、適生性及種群歷史動態(tài)研究

發(fā)布時間:2020-11-09 12:38
   棗食芽象甲Scythropus yasumatsui Kono et Morimoto又名棗飛象,屬鞘翅目象甲科(Coleoptera:Curculionidae),是我國棗樹上一種重要的災(zāi)害性害蟲。該蟲1977年首次在我國河南新鄭、濮陽等地區(qū)被報(bào)道,近幾十年來,受全球氣候變化、棗樹栽培面積增加、人類活動等因素的影響,其種群密度不斷增加,分布區(qū)域逐漸北移,目前已在新疆、寧夏部分地區(qū)發(fā)生,為害程度日趨嚴(yán)重。本研究以采自我國5個省份12個地理種群的棗食芽象甲樣本為材料,利用微衛(wèi)星、線粒體基因與核基因分子標(biāo)記的方法,分析棗食芽象甲不同地理種群的遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu),預(yù)測棗食芽象甲在我國的適生區(qū)域和適生關(guān)鍵環(huán)境因子,分析棗食芽象甲不同種群的歷史動態(tài),并預(yù)測其種群擴(kuò)散來源及潛在擴(kuò)散路徑。主要研究結(jié)果如下:一、基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的棗食芽象甲微衛(wèi)星位點(diǎn)篩選利用二代測序技術(shù)對棗食芽象甲成蟲進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序,并篩選適用于棗食芽象甲種群遺傳學(xué)研究的微衛(wèi)星位點(diǎn)。在棗食芽象甲轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的171322條Unigene中發(fā)現(xiàn)2613個微衛(wèi)星位點(diǎn),二核苷酸與三核苷酸重復(fù)為主要重復(fù)類型,分別占微衛(wèi)星位點(diǎn)總數(shù)的48.22%和46.12%。在二核苷酸重復(fù)微衛(wèi)星中,AT/TA為優(yōu)勢重復(fù)基元;在三核苷酸重復(fù)微衛(wèi)星中,AAT/ATT為優(yōu)勢重復(fù)基元類型,且微衛(wèi)星重復(fù)單元的重復(fù)次數(shù)主要分布在5-12次之間。基于篩選得到的微衛(wèi)星位點(diǎn),利用Primer Premier 5設(shè)計(jì)出50對微衛(wèi)星引物,最終開發(fā)出16個具有多態(tài)性的微衛(wèi)星位點(diǎn),可用于棗食芽象甲的種群遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)研究。二、棗食芽象甲線粒體基因組全序列測定與系統(tǒng)發(fā)育研究利用二代測序技術(shù)測定出棗食芽象甲線粒體基因組全序列,序列全長16472bp,DNA為閉合雙鏈,包括13個PCGs基因、22個tRNA基因和2個rRNA基因,另外含有2段較長的非編碼區(qū)。利用13個蛋白質(zhì)編碼基因核苷酸序列建立貝葉斯系統(tǒng)發(fā)育樹,明確棗食芽象甲與其它近緣的7個亞科12個物種的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系,結(jié)果表明棗食芽象甲與同屬于粗喙象亞科Entiminae的大灰象甲親緣關(guān)系最近。三、基于微衛(wèi)星的棗食芽象甲種群遺傳多樣性與遺傳結(jié)構(gòu)研究利用8個微衛(wèi)星位點(diǎn)對我國5個省份(山西、陜西、寧夏、河北和河南)12個地理種群的371頭棗食芽象甲樣本進(jìn)行種群遺傳多樣性和遺傳結(jié)構(gòu)分析。結(jié)果表明我國棗食芽象甲種群具有較高的遺傳多樣性,各位點(diǎn)的有效等位基因數(shù)(N_e)為2.113~8.016,等位基因豐富度(A_r)為2.648~5.665,多態(tài)信息含量(PIC)為0.561~0.908,期望雜合度(H_e)為0.476~0.865;種群間遺傳分化系數(shù)(F_(st))平均值為0.151;基因流(N_m)平均值為1.594;赨PGMA和NJ系統(tǒng)進(jìn)化樹、主成分分析與STRUCTURE分析3種方法均支持將12個地理種群分為3組,組1包括陜西神木、陜西佳縣、陜西清澗、陜西延川、山西臨縣、山西柳林與山西永和種群,組2包括河北滄縣與河南新鄭種群,組3包括陜西閻良、河南靈寶與寧夏同心種群。各組之間受太行山脈、黃土高原等地理隔離的影響,存在明顯的遺傳結(jié)構(gòu)。其中組1這7個種群間的N_m平均值為6.258,表明它們具有高度的基因交流。Mantel檢驗(yàn)結(jié)果表明,棗食芽象甲各種群間的遺傳距離與地理距離之間呈顯著正相關(guān)關(guān)系。四、基于線粒體與核基因的棗食芽象甲種群遺傳多樣性與遺傳結(jié)構(gòu)研究利用線粒體(COI、COII和Cytb)和核基因(ITS1和ITS2)分子標(biāo)記分析9個地理種群的棗食芽象甲樣本的遺傳多樣性,計(jì)算得出各種群的線粒體單倍型多樣性平均值為0.527,核苷酸多樣性平均值為0.0018;ITS序列單倍型多樣性平均值為0.318,核苷酸多樣性平均值為0.0005,單倍型多樣性高(H_d0.5),核苷酸多樣性低(π0.005)的特征表明棗食芽象甲為古老群體,可能在第四紀(jì)冰期時曾經(jīng)歷過瓶頸效應(yīng);趩伪缎蛿(shù)據(jù),通過系統(tǒng)進(jìn)化樹、鄰接網(wǎng)絡(luò)圖和BAPS 3種方法分析棗食芽象甲種群的遺傳結(jié)構(gòu),結(jié)果表明,棗食芽象甲各種群間形成了明顯的系統(tǒng)地理結(jié)構(gòu)。線粒體單倍型支持將棗食芽象甲9個地理種群分為5個分支,而ITS單倍型結(jié)果與微衛(wèi)星相同,支持將不同種群分為3個分支。各地理種群的遺傳分化與基因流分析結(jié)果表明,陜西和山西黃河谷地區(qū)域的各種群間不存在遺傳分化,黃河沒有成為種群間基因交流的地理障礙,這與微衛(wèi)星的研究結(jié)果相同。五、棗食芽象甲在我國的適生性與適生環(huán)境因子分析利用MaxEnt生態(tài)位模型,結(jié)合棗食芽象甲在我國的分布區(qū)域,以及末次間冰期(LIG)、末次盛冰期(LGM)、現(xiàn)代和未來4個時期的Worldclim全球氣象環(huán)境數(shù)據(jù),預(yù)測棗食芽象甲在我國不同歷史時期的潛在適生區(qū),并預(yù)測出末次盛冰期前后的太行山脈東部華北平原地區(qū)、陜西渭河谷地和山西汾河谷地這3個區(qū)域始終為棗食芽象甲的適生區(qū)域,推測這些區(qū)域可能為棗食芽象甲在第四紀(jì)冰期的避難所。利用2070年的氣候環(huán)境因子進(jìn)行棗食芽象甲的適生性分析表明該蟲的適生區(qū)域有在未來繼續(xù)北移的趨勢,內(nèi)蒙、遼寧、新疆、甘肅和寧夏等地都將成為棗食芽象甲的適生區(qū)。通過Jackknife分析法得出影響棗食芽象甲分布最重要的環(huán)境因子是溫度,冬夏溫差較大且氣候干燥的環(huán)境條件最適宜棗食芽象甲的發(fā)生。六、棗食芽象甲種群歷史動態(tài)及擴(kuò)散路徑分析利用BEAST估算出棗食芽象甲種群的最初分歧時間在2.54 Ma(百萬年)左右,錯配分布分析和中性檢驗(yàn)結(jié)果表明,棗食芽象甲有5個地理種群的錯配分布為單峰模式,Tajima′s D和Fu′s Fs中性檢驗(yàn)值在這幾個種群達(dá)到顯著水平(P0.05),證明棗食芽象甲曾經(jīng)歷過種群擴(kuò)張,擴(kuò)張時間從末次間冰期開始,到末次冰期后結(jié)束(0.012-0.15 Ma),貝葉斯天際線分析(BSP)也得到相似的結(jié)論。使用Migrate-n對種群間的歷史遷移率進(jìn)行分析,推測出可能的擴(kuò)散起源地有2個:山西呂梁和河南靈寶,目前已擴(kuò)散至河北滄縣、陜西榆林和寧夏同心等種群所在地區(qū)。使用ArcGIS的SDMtoolbox工具中的最低成本路徑法(LCP),結(jié)合棗食芽象甲分子標(biāo)記數(shù)據(jù)和地理分布數(shù)據(jù),預(yù)測棗食芽象甲在我國的潛在擴(kuò)散路徑。結(jié)果表明,黃河中下游谷地區(qū)域是棗食芽象甲種群最可能的擴(kuò)散通道。本研究為闡明我國棗食芽象甲的種群遺傳結(jié)構(gòu),了解其在我國的分布和擴(kuò)散趨勢提供了理論依據(jù),為揭示其成災(zāi)規(guī)律和制定綜合防治策略提供了重要參考,同時也為研究其對環(huán)境、寄主及人類活動的適應(yīng)性和進(jìn)化機(jī)制提供了幫助。
【學(xué)位單位】:西北農(nóng)林科技大學(xué)
【學(xué)位級別】:博士
【學(xué)位年份】:2019
【中圖分類】:S436.65
【部分圖文】:

棗園,棗樹,食芽象甲


食芽象甲成蟲體長 4.0~4.7mm,體壁褐色,頭黑色,觸角和足紅褐色,密褐色鱗片,腹部和足覆有灰色略帶銅色的鱗片。頭寬大于長,喙寬略大于長的 1.5 倍,比喙背面略寬。前胸寬與長之比約為 3:2,鞘翅長與寬之比質(zhì),會飛,具有假死性。雌蟲體型略大于成蟲,雌蟲肛門小而扁,雄蟲肛長橢圓形,初產(chǎn)時為乳白色,后變?yōu)樽厣;幼蟲體長 5mm 左右,乳白色長約 4 mm,灰白色(高犁牛等 1977; 楊星科 2018)。食芽象甲在我國每年發(fā)生 1 代,是棗樹上出現(xiàn)最早的害蟲。該蟲以幼蟲在,每年 4 月上旬當(dāng)各地氣溫達(dá)到 10℃以上時,成蟲羽化出土危害。4 月上旬為該蟲發(fā)生高峰期,成蟲上樹啃食棗芽和嫩葉,嚴(yán)重時可將嫩芽全 1-1),造成棗樹二次萌芽并延遲開花,導(dǎo)致紅棗大幅減產(chǎn)及品質(zhì)下降,生產(chǎn)造成巨大經(jīng)濟(jì)損失(杜仙當(dāng) 2007)。該蟲除了為害棗樹外,還為害核、蘋果、梨、棉、大豆、玉米等多種作物(王妍妍等 2011)。因此,國家省林業(yè)局分別在 2013 年(http://www.forestry.gov.cn/ portal/main/s/3600/c3.html)和 2018 年(http://www.sxsfz.cn/detail. php?id=8822)將其列入林單。

序列,轉(zhuǎn)錄組,序列分布,微衛(wèi)星位點(diǎn)


圖 2-1 棗食芽象甲轉(zhuǎn)錄組中 Unigene 序列分布Fig. 2-1 Distribution of Unigenes in Scythropus yasumatsui transcriptome 微衛(wèi)星位點(diǎn)在轉(zhuǎn)錄組中的分布特征芽象甲轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)共 171322 個 Unigene,在其中 2527 個 Unigene 序列13 個微衛(wèi)星位點(diǎn)。在含有微衛(wèi)星位點(diǎn)的 Unigene 中,2448 個 Unigene 星位點(diǎn),剩余 79 個 Unigene 包含 2 個及以上的微衛(wèi)星位點(diǎn)。微衛(wèi)星位點(diǎn) 2613/171233×100%=1.53%。其中完美型和復(fù)合型微衛(wèi)星位點(diǎn)分別為 2分別占微衛(wèi)星位點(diǎn)總數(shù)的 97.8%和 2.2%。2613 個微衛(wèi)星位點(diǎn)中,具有二、三、四、五和六核苷酸重復(fù)的微衛(wèi)星位 個、1205 個、134 個、12 個和 2 個,分別占微衛(wèi)星位點(diǎn)總數(shù)的 48.22%、40.46%和 0.08%(表 2-1),說明二核苷酸和三核苷酸重復(fù)為棗食芽象甲星位點(diǎn)的主要重復(fù)類型。通過對轉(zhuǎn)錄組中微衛(wèi)星不同重復(fù)基元的重復(fù)次二、三、四、五和六核苷酸重復(fù)基元的最多重復(fù)次數(shù)分別為 12 次、11 次 6 次,它們的核心重復(fù)次數(shù)分別為 6-12 次、5-11 次,5-7 次、5 次和

電泳圖,微衛(wèi)星位點(diǎn),電泳圖,引物


第二章 基于轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)的棗食芽象甲微衛(wèi)星位點(diǎn)信息分析2.2.3 微衛(wèi)星引物 PCR 擴(kuò)增以 2.1.6 中提取的陜西佳縣地區(qū)單頭棗食芽象甲成蟲基因組 DNA 為模板,利用Primer Premier 5 軟件設(shè)計(jì)的 50 對引物進(jìn)行 PCR 擴(kuò)增。擴(kuò)增結(jié)果如圖 2-2 所示。這 50對引物中有 19 對引物能穩(wěn)定擴(kuò)增得到與目的片段長度接近的條帶,剩余 31 對引物無法擴(kuò)增出目的條帶或者擴(kuò)增條件不穩(wěn)定,在某些樣本中無法擴(kuò)增。
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本文編號:2876443

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