【摘要】：靈長類動(dòng)物的腸道菌群與其營養(yǎng)和健康密切相關(guān),不同食性靈長類動(dòng)物的腸道菌群存在不同程度的差異。獼猴(Macaca mulatta)是中國二級(jí)保護(hù)動(dòng)物屬于雜食性靈長類,具有分布廣、適應(yīng)性強(qiáng)、與人類關(guān)系密切等特征,對(duì)其腸道菌群的研究有助于加深對(duì)靈長類動(dòng)物食性適應(yīng)、動(dòng)物個(gè)體及其自身腸道微生物的協(xié)同進(jìn)化等方面的理解。黔靈山公園獼猴種群是一個(gè)主要依靠人工投食而發(fā)展起來的孤立種群,在過去的35年主要取食人類食物,本文以黔靈山獼猴種群為研究對(duì)象,采集了12個(gè)個(gè)體新鮮糞便樣本,其中成年個(gè)體(n=4)、青年個(gè)體(n=4)、幼年個(gè)體(n=4)進(jìn)行高通量測(cè)序研究分析,然后,再從每個(gè)年齡段的四個(gè)樣本中篩選出兩個(gè)樣本,進(jìn)行宏基因組測(cè)序研究分析。同時(shí)結(jié)合黔靈山獼猴固定取食土壤的地點(diǎn),采集土壤進(jìn)行宏基因組測(cè)序研究分析。為進(jìn)一步了解腸道放線菌功能,采集獼猴成年個(gè)體(n=2)、青年個(gè)體(n=2)、幼年個(gè)體(n=2)6個(gè)新鮮糞便樣本進(jìn)行抗生素定性分析。取得的主要研究結(jié)論:1)對(duì)不同年齡階段的獼猴腸道菌群高通量測(cè)序結(jié)果分析,得到在反映物種多樣性指數(shù)的Shannon指數(shù)和Simpson指數(shù)差異不顯著(p0.05);反映物種豐富度指數(shù)的Ace和Chao指數(shù)具有顯著性差異,物種豐富度指數(shù)Ace在幼體與青年個(gè)體間差異顯著(p=0.02)、青年個(gè)體與成體間差異顯著(p=0.01),成體與幼體間差異極顯著(p0.01);物種豐富度指數(shù)Chao在幼體與青年個(gè)體間差異顯著(p=0.03)、青年個(gè)體與成體間差異顯著(p=0.03),成體與幼體間差異極顯著(p0.01)�？赏茰y(cè)黔靈山獼猴腸道菌群在1~1.5歲后,腸道內(nèi)的菌群結(jié)構(gòu)趨于穩(wěn)定的群落組成結(jié)構(gòu)。2)隨著個(gè)體的生長發(fā)育分析不同年齡段間菌群結(jié)構(gòu)差異,得到青年和成年階段具有較幼年階段富集與纖維素降解有關(guān)的菌群,如:纖維桿菌科Fibrobacteraceae、瘤胃菌科Ruminococcaceae;同時(shí)具有較高豐度的潛在致病菌群,如:腸球菌屬Enterococcus、鏈球菌屬Streptococcus;成體階段腸道菌群結(jié)構(gòu)穩(wěn)定,且具有較高豐度與纖維素降解有關(guān)的瘤胃菌科。3)與野生植食性、雜食性靈長類相比,受人工投食影響的黔靈山公園獼猴腸道菌群表現(xiàn)出了與人類的腸道菌群結(jié)構(gòu)趨同,如:在門水平上優(yōu)勢(shì)門類為厚壁菌門和擬桿菌門且兩者豐度比例之和達(dá)到90%以上兩者相似、在屬水平上優(yōu)勢(shì)屬為能分解果膠、淀粉等多糖類食物相關(guān)的普氏菌屬Prevotella。4)通過腸道微生物宏基因組測(cè)序結(jié)果、土壤微生物宏基因的測(cè)序結(jié)果及代謝組學(xué)分析,揭示了食土靈長類的食土行為與其腸道菌群的來源有直接的聯(lián)系,如:兩者在種水平上有74.18%的物種重疊;靈長類從土壤中獲得的放線菌菌群,具有代謝產(chǎn)物具有抑菌作用,尤其在腸道中富集的雙歧桿菌屬微生物參與了多條與抗生素生物合成相關(guān)的代謝通路,且這些抗生素對(duì)引起宿主腸道疾病感染的病原菌具有抗菌活性,如:萬古霉素對(duì)腸球菌和金黃色葡萄球菌有較強(qiáng)的抑制作用;鏈霉素為廣譜抗生素對(duì)大腸桿菌,幽門螺桿菌等具有抑制作用。
【學(xué)位授予單位】：貴州師范大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號(hào)】：S865.3
【圖文】：

qn_04 4.25 0.03 418.43 414.50 99.89yt_01 4.17 0.04 401.65 404.25 99.87yt_02 3.87 0.05 300.18 299.77 99.96yt_03 4.32 0.03 413.61 411.61 99.98yt_04 3.97 0.04 410.47 401.20 99.97A BC D

圖 2-2 12 個(gè)樣本的稀釋曲線Fig.2-2 Dilution curve of 12 samples基因組測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)控因組測(cè)序在每個(gè)樣本中平均得到 54631417.33±2823633.71 條去宿主后得到 54324467.00±2796560.00 條高質(zhì)量序列。將得到的拼接組裝。門水平上兩種測(cè)序方法統(tǒng)計(jì)結(jié)果測(cè)序在門水平上分類學(xué)分析結(jié)果見圖 2-3A，共得到 12 個(gè)門，菌門 Firmicute（s73.21±14.11%），擬桿菌門 Bacteroidete（s18.1余門依次是放線菌門 Actinobacteria（4.50±4.69%）、teria（1.48±1.34%）、螺旋菌門 Spirochaetae（1.31±2.65%）、es（0.94±0.87%）。因組測(cè)序分析結(jié)果見圖 2-3B，共得到 38 個(gè)門（其中去除了非定門），主要由厚壁菌門 Firmicutes（67.45±7.85%）、etes（28.63±7.97%）、變形菌門 Proteobacteria（1.63±0.21%）

菌科 Eubacteriaceae（4.95±0.80%）、瘤胃球菌科 Ruminococcaceae（4.55±0.33%）、顫螺旋菌科 Oscillospiraceae（3.32±0.30%）；擬桿菌門的理研菌科 Rikenellaceae（10.39±3.42%）、擬桿菌科 Bacteroidaceae（10.19±2.50%）、紫單胞菌科Porphyromonadaceae（2.68±1.96%）組成。(A)

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本文編號(hào)：2771546