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煙草野火病菌與角斑病菌LAMP快速檢測方法的建立與應(yīng)用

發(fā)布時間:2020-06-04 10:37
【摘要】:煙草野火病和煙草角斑病是煙草生產(chǎn)過程中兩種主要的細(xì)菌性病害,侵染煙草后會造成煙草葉片穿孔,變褐,烤后葉片易碎,工業(yè)使用性降低,對于煙農(nóng)的增產(chǎn)增收造成嚴(yán)重的影響。因此,建立一套煙草野火病和角斑病的精準(zhǔn)可視化檢測體系,能夠在煙草葉片中未顯癥之前進(jìn)行檢測和預(yù)警,可為病害的防治提供依據(jù),具有重要的理論和現(xiàn)實意義。環(huán)介導(dǎo)等溫擴增技術(shù)(Loop-mediated Isothermal Amplification,簡稱LAMP),具有檢測速度快、對檢測環(huán)境要求低、特異性高、靈敏性強等優(yōu)點,目前被廣泛應(yīng)用于醫(yī)學(xué),動植物病害檢測,轉(zhuǎn)基因食品檢測等領(lǐng)域。本試驗將LAMP技術(shù)用于煙草野火病和煙草角斑病的檢測,利用全基因組比對的手段,分別獲得了1組煙草野火病菌和角斑病菌的LAMP特異性檢測引物,在此基礎(chǔ)上,建立和優(yōu)化了兩種病原的LAMP快速檢測方法,并進(jìn)行了田間應(yīng)用,為病害發(fā)生預(yù)報提供了一種新的技術(shù)和手段。主要研究結(jié)果如下:(1)分離與純化了煙草野火病菌和煙草角斑病菌。分別對來自于不同地區(qū)的煙草病葉標(biāo)本進(jìn)行了病菌的分離、純化和鑒定,最終獲得純化的煙草野火病菌與煙草角斑病菌。(2)對煙草野火病菌進(jìn)行普通PCR引物設(shè)計,最終得到煙草野火病的特異性引物40429,并驗證其特異性。試驗利用mavue2.3.1軟件進(jìn)行全基因組的比對,根據(jù)篩選出來的特異性區(qū)段,利用Primer Premier 6.0軟件設(shè)計引物。將設(shè)計的引物與對照菌株進(jìn)行普通PCR擴增對照,最終獲得了一組特異性引物。(3)試驗分別獲得了一組煙草野火病菌和一組煙草角斑病菌的LAMP引物。根據(jù)普通PCR特異性引物對應(yīng)的特異性區(qū)段,利用LAMP在線設(shè)計網(wǎng)站LAMP primer designing software PrimerExplorer V5,設(shè)計了煙草野火病菌LAMP檢測引物并進(jìn)行了驗證;由于缺少煙草角斑病菌的全基因組數(shù)據(jù),試驗通過利用煙草野火病菌的普通PCR引物對于煙草角斑病菌進(jìn)行擴增,同時對于擴增產(chǎn)物測序,并與煙草野火病菌的擴增產(chǎn)物測序結(jié)果相比對,最終獲得了煙草野火病與煙草角斑病存在的差異片段;诖,設(shè)計了煙草角斑病菌的特異性引物378/379/380/381,并驗證了引物的特異性。(4)建立并優(yōu)化了煙草野火病與煙草角斑病LMAP快速檢測體系;贚AMP檢測體系中參與反應(yīng)的反應(yīng)物,對BST DNA Polymerase的使用量,dNTP的使用量,Mg~(2+)的使用濃度,甜菜堿的使用濃度,內(nèi)外引物的配比,反應(yīng)時長,反應(yīng)溫度等反應(yīng)條件進(jìn)行優(yōu)化,最終確定了最優(yōu)化的田間LAMP檢測工作濃度。(5)將建立的煙草野火病與煙草角斑病LAMP檢測體系與田間應(yīng)用相結(jié)合,驗證了檢測體系的可靠性。利用田間采樣的疑似染病葉片及健康葉片作為對照,通過和普通PCR、熒光定量PCR做對比,試驗最終確定了LAMP檢測體系的可靠性以及靈敏性。
【圖文】:

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1 2 3 4 M 5 6 7 8析斑病菌的分離與鑒定培養(yǎng)平板上取混合菌液進(jìn)行 PCR 擴增,如圖 1 所示,以煙草野火,其能夠在引物 421/422 的作用下產(chǎn)生大小為 423 bp 大小的目的 的作用下產(chǎn)生大小為 1263 bp 大小的目的條帶;而含有煙草角斑6-8)在引物 421/422 的作用下產(chǎn)生 423 bp 大小的目的條帶,但下未產(chǎn)生 1263 bp 大小的條帶。說明混合菌液中含有煙草角斑病菌。

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圖 2 煙草角斑病單斑 PCR 產(chǎn)物電泳圖Fig.2 Electrophoresis of PCR product of P. syringae pv. angulata single spot為煙草野火病菌;2/8,3/9,4/10,5/11,6/12 模板為疑似煙草角斑病菌單斑;1-6 使用引物為引物 421/4使用引物為引物 423/424;M 為 DL2000 marker,7 template is P. syringae pv. tabaci. 2/8,3/9,4/10,5/11,6/12 template is suspected single spot of P. syringaeangulata. 1-6 using primer is 421/422. 7-12 using primer is 423/424. M is DL2000 marker.草角斑病菌的接種驗證化后培養(yǎng)的煙草角斑病菌接種到煙草葉片后,7 天后觀察發(fā)病情況,如圖后,,煙草葉片已經(jīng)發(fā)病,葉片有不規(guī)則的角狀病斑,根據(jù)煙草角斑病的田確定病斑為煙草角斑病病斑,證明純化的病菌即為煙草角斑病菌。
【學(xué)位授予單位】:山東農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2018
【分類號】:S435.72

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3 張世s

本文編號:2696256


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