【摘要】：香菇(Lentinula edodes(Berk.)Pegler)是世界上栽培范圍最廣的食用菌之一。香菇病毒是香菇生產(chǎn)上較重要的一類潛在隱患。本研究采用dsRNA和RT-PCR檢測技術(shù),首次系統(tǒng)分析了中國香菇野生種質(zhì)及栽培種質(zhì)中dsRNA/病毒攜帶情況,并對新發(fā)現(xiàn)dsRNA/病毒進(jìn)行了克隆和分子特征分析,在此基礎(chǔ)上,對其中主要病毒的分子變異和群體結(jié)構(gòu)進(jìn)行了分析。取得的具體研究結(jié)果如下:(1)以215個中國香菇種質(zhì)資源包括90株栽培菌株和125株野生菌株為試驗材料,采用dsRNA檢測技術(shù)對dsRNA/病毒攜帶情況進(jìn)行了調(diào)查。研究結(jié)果表明,分別在57個栽培菌株和84個野生菌株中檢測到dsRNA條帶,檢測率分別為63.33%(57/90)和67.20%(84/125)。共檢測出dsRNA帶型有10條,大小分別為12.0kb(dsRNA-1)、10.0 kb(dsRNA-2)、2.4 kb(dsRNA-3)、2.3 kb(dsRNA-4)、2.1 kb(dsRNA-5)、2.0 kb(dsRNA-6)、1.9 kb(dsRNA-7)、1.8 kb(dsRNA-8)、1.6 kb(dsRNA-9)、0.6 kb(dsRNA-10)。進(jìn)一步對這些條帶進(jìn)行分離與隨機克隆,除dsRNA-7外,其他9條dsRNA均獲得了其部分或全長基因組序列。序列分析結(jié)果表明,dsRNA-1為前人報道的L.edodes mycovirus HKB(LeV-HKB)病毒,dsRNA-2可能是LeV-HKB的一個變種或缺陷型,dsRNA-3和dsRNA-4為L.edodes partitivirus 1(LePV1)病毒,dsRNA-6為一種新發(fā)現(xiàn)雙分體病毒,dsRNA-5和dsRNA-9為一種新的雙節(jié)段病毒、dsRNA-7和dsRNA-8為一種新發(fā)現(xiàn)雙分體病毒。dsRNA-10具體屬性仍然未知。這10條dsRNA條帶在215個供試菌株中共組成12種帶型組合(帶型I~XII),其中帶型I(僅由ds RNA-1)、帶型II(dsRNA-1、dsRNA-3和dsRNA-4)和帶型XI(dsRNA-3和dsRNA-4)檢測率最高,分別為26.5%(57/215)、16.3%(35/215)、17.7%(38/215),其他帶型檢測率均低于0.1%。以上結(jié)果表明,中國香菇種質(zhì)資源中LeV-HKB和LePV1為2種主要病毒,以單獨或復(fù)合感染的方式存在。進(jìn)一步采用RT-PCR技術(shù)對香菇種質(zhì)資源中這2種主要病毒進(jìn)行了檢測。結(jié)果表明,除部分?jǐn)y帶有LeV-HKB的菌株和少數(shù)攜帶有LePV1的菌株dsRNA檢測和RT-PCR檢測結(jié)果不一致外,其他菌株用這2種方法檢測的結(jié)果基本一致。相比較而言,LeV-HKB在栽培菌株中檢測率高于野生菌株,而LePV1在野生菌株中檢測率要高于栽培菌株。此外,栽培菌株和野生菌株中dsRNA攜帶情況與菌株地理來源和遺傳背景沒有明顯相關(guān)性。(2)以香菇核心種質(zhì)資源中鑒定攜帶有LePV1病毒的27個香菇菌株為材料,根據(jù)LePV1基因組序列分別設(shè)計了能夠擴(kuò)增該病毒dsRNA-3和dsRNA-4的全長基因組引物,對這27個LePV1分離物進(jìn)行了全基因組克隆與測序。結(jié)果表明,dsRNA-3均克隆得到了其全長2380bp的序列,克隆得到的dsRNA-4由于3'端poly(A)尾腺嘌呤數(shù)目的差異導(dǎo)致得到的序列存在差異,分別為2225 bp-2231 bp。進(jìn)一步對這27個LePV1分離物和1個分離于生產(chǎn)上表現(xiàn)異常的香菇菌株SX12的LePV1分離物采用序列分析軟件Clustal X 2.0進(jìn)行了相似性比較,結(jié)果表明,這28個LePV1相似性非常高,其中dsRNA-3和dsRNA-4的核苷酸相似性分別為98.84%、98.57%,氨基酸相似性分別為99.61%、99.46%。dsRNA-3和dsRNA-4的核苷酸變異均在基因組上分布不均一,相比較而言,非翻譯區(qū)較編碼區(qū)更為保守;這28個分離物之間的變異主要為同義突變,非同義突變較低,RdRp和CP的非同義突變率分別為6.7%和5.3%;來源于SX 12的LePV1分離物與其他27個分離物僅在RdRp上存在1個氨基酸差異。系統(tǒng)進(jìn)化分析結(jié)果表明,這28個菌株聚為2類,其中大部分LePV1分離物與來源于SX12的分離物共24個聚為亞型I,另外4個菌株(EFISAAS0351、YAASM3334、L12、Hunong-1)聚為亞型II,相比較而言,亞型II比亞型I遺傳多樣性更為豐富。此外,這些分離物的分子聚類結(jié)果與地理來源不存在相關(guān)性。本項研究為從源頭(菌種)上控制香菇病毒病害發(fā)生提供重要信息,也為追蹤類似病毒病害的發(fā)生、流行監(jiān)控等發(fā)面奠定重要理論基礎(chǔ)。
【圖文】：

華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018 屆碩士研究生學(xué)位（畢業(yè)）論文3 結(jié)果與分析3.1 中國香菇種質(zhì)資源中 dsRNA 的檢測結(jié)果3.1.1 中國香菇種質(zhì)資源中 dsRNA 的攜帶情況中國香菇種質(zhì)資源中 dsRNA 檢測結(jié)果見表 3-1 和圖 3-1，栽培菌株和野生菌株中的 dsRNA 檢出率分別是 63.33%（57/90）和 67.20%（84/125），該結(jié)果表明中國香菇種質(zhì)資源中普遍攜帶有 dsRNA。此外， 涉及供試菌株來源的任意一個區(qū)域中都能在來源于該區(qū)域的至少 1 個樣品中檢測到 dsRNA（圖 3-2）。

分別將其命名為帶型 I~ XII（表 3-2，圖3-2）。帶型 I 由 ds RNA-1 組成，，攜帶有該帶型的菌株有 57 個；帶型 II 由 dsRNA-1、dsRNA-3 和 dsRNA-4 組成，攜帶有該帶型的菌株數(shù)有 35 個；帶型 III 有 dsRNA-1、dsRNA-2、dsRNA-3、dsRNA-4、dsRNA-5 和 dsRNA-9 組成，攜帶有該帶型的菌株數(shù)有 1 個；帶型 IV 由 dsRNA-1、dsRNA-3、dsRNA-4、dsRNA-5 和 dsRNA-9組成，攜帶有該帶型的菌株數(shù)有 1 個；帶型 V 由 dsRNA-1、dsRNA-3、dsRNA-4、
【學(xué)位授予單位】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類號】：S436.46

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號：2634491