骨髓移植是一種針對血液惡性腫瘤和原發(fā)性免疫疾病治療的主要方法,現(xiàn)已廣泛應(yīng)用于臨床中。移植前接受大劑量放化療對人體腸道造成破壞,并且降低患者本身免疫防御能力,極易引發(fā)各種感染。骨髓移植后,免疫系統(tǒng)發(fā)生重建,在免疫系統(tǒng)重建過程中,腸道微生物群落組成也存在重建問題。本研究對骨髓移植后免疫系統(tǒng)重建過程中腸道微生物群落組成的變化規(guī)律進(jìn)行研究,以期對骨髓移植后免疫系統(tǒng)重建與腸道微生物重建的相關(guān)性進(jìn)行分析,為相關(guān)的臨床提供理論支持。本研究以供體、骨髓移植患者各個(gè)時(shí)期的糞便為實(shí)驗(yàn)材料,其中患者選擇了預(yù)處理前、移植后兩周、移植后四周、移植后六周四個(gè)時(shí)間點(diǎn)。利用高通量測序技術(shù)對供體與患者不同時(shí)期糞便樣品進(jìn)行測序,在OTU的基礎(chǔ)上,通過α-多樣性、群落組成、樣本組間差異等對腸道微生物群落進(jìn)行分析。我們發(fā)現(xiàn)與健康供體相比,患者預(yù)處理前微生物多樣性降低,移植后兩周時(shí)腸道微生物的多樣性處于最低狀態(tài),在移植后四周腸道微生物多樣性開始呈現(xiàn)增長趨勢,移植后六周時(shí)多樣性接近預(yù)處理前。進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn),門水平上不同時(shí)期具有一定的變化但是均沒有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義;在屬水平上,不同時(shí)期具有一定的變化,Enterococcus(腸球菌屬)、Bacteroides(擬桿菌屬)、Alistipes、Faecalibacterium、Roseburia、Dorea等十五株菌屬在患者不同時(shí)期與供體相比有明顯的差異。對健康供體和患者不同時(shí)期的共有微生物進(jìn)行分析,供體組具有Faecalibacterium、Blautia、Streptococcus(鏈球菌屬)等16種共有微生物,在患者預(yù)處理前以及移植后兩周兩個(gè)時(shí)期所有樣本中未發(fā)現(xiàn)共有的腸道微生物,移植后四周和六周均出現(xiàn)了一個(gè)共有的菌屬Enterococcus(腸球菌屬),結(jié)果表明從移植后四周開始患者體內(nèi)可能逐步形成一個(gè)相對較穩(wěn)定的微生物群落。本研究還對腸道微生物多樣性與患者臨床數(shù)據(jù)進(jìn)行了相關(guān)性分析,發(fā)現(xiàn)腸道微生物多樣性變化趨勢與淋巴細(xì)胞/單核細(xì)胞比值(LMR)的變化趨勢相同,表明腸道微生物的多樣性與免疫細(xì)胞之間可能存在一定的相關(guān)性。綜上所述,本論文通過高通量測序技術(shù)對健康供體、骨髓移植患者不同時(shí)期腸道微生物進(jìn)行研究,通過研究我們得到患者不同時(shí)期腸道微生物群落的變化規(guī)律,并且初步推測腸道微生物多樣性與免疫細(xì)胞可能存在著相關(guān)性,這為減少及預(yù)防患者移植后相關(guān)的臨床感染提供了一定的實(shí)驗(yàn)基礎(chǔ)。
【學(xué)位單位】：山東師范大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位年份】：2018
【中圖分類】：R457.7
【部分圖文】：

山東師范大學(xué)碩士學(xué)位論文上機(jī)要求；另外 3 個(gè)樣品 P9-1、P6-3、P6-4 經(jīng)過兩次擴(kuò)增以后，文庫濃度均偏低無法滿足上機(jī)要求。經(jīng)過重新送樣，樣品 P9-1、P6-3、P6-4 還是擴(kuò)增失敗，我們初步判定可能在取樣或者樣品保存期間出現(xiàn)了問題，所以在后續(xù)的分析中我們將這三個(gè)樣本去掉，具體擴(kuò)增結(jié)果如圖 3-1。

22在 430-470bp，存在 450-470bp 之間的序列數(shù)所占的比重最高。圖3-2 有效序列長度分布圖。橫坐標(biāo)為序列長度，縱坐標(biāo)為以5bp為單位統(tǒng)計(jì)的序列數(shù)。Figure 3-2 Distribution of effective sequence length.The X axis was the sequence length, and the Y axiswas the number of the sequences counted based on 5bp.3 測序數(shù)據(jù)的生物信息學(xué)分析3.1 OTU聚類在生物信息分析中，我們通常在一定的相似水平下（本文采用的是 97%）對所有測序得到的序列進(jìn)行 OTU 劃分，并在此基礎(chǔ)上進(jìn)行相關(guān)的生物信息統(tǒng)計(jì)分析。各個(gè)樣本的 OTU 數(shù)統(tǒng)計(jì)見表 3-3。

41 4 8 9 17 20 17 5 7 9 11 12 34 4 9 10 19 23 57 5 11 15 23 38 庫質(zhì)量的評定本實(shí)驗(yàn)中，所有樣本的 Good's Coverage 值除 P9-d、P10-1、P10-4 接近于本的 Good's Coverage 值均等于 1（Good's Coverage 值詳細(xì)信息見表 3-4）蓋率很高，即樣本中的所有序列幾乎能夠全部被檢測到。我們以樣本抽為橫坐標(biāo)，以有效序列歸類的 OTU 數(shù)目為縱坐標(biāo)做稀釋性曲線（rarefacti樣本量是否充分，如圖 3-3，我們發(fā)現(xiàn)隨著測序深度的增加，OTU 數(shù)量隨TU 到達(dá)一定量后曲線趨于平緩，說明隨著測序深度的加深，檢測到的 O加，說明此時(shí)的測序數(shù)據(jù)量較為合理，能夠反映樣本中幾乎所有的微生
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本文編號：2871908